Tatsächlich wird das Holodeck später zu einer zentralen Story-Grundlage; eine ganze Reihe von Episoden basieren darauf, dass die Handlung teilweise oder ganz auf dem Holodeck spielt, zum Beispiel in {{TNG|Sherlock Data Holmes}}; {{VOY|Fair Haven|Chaoticas Braut|Das Tötungsspiel, Teil I}}; {{ENT|Dies sind die Abenteuer}}. Meist verschärfen Fehlfunktionen des Holodecks die Situation, zum Beispiel in {{TNG|Der große Abschied}}, {{TAS|Wüste Scherze}} oder {{VOY|Helden und Dämonen}}.