Im Laufe ihrer Dienstzeit bestand der primäre Auftrag der ''Enterprise'' vor allem darin, nach und nach die Regionen des Alls zu erforschen und dorthin zu gelangen, wo nie ein Mensch zuvor gewesen ist. Dennoch gibt es verschiedene Spezialaufträge, welche die Crew der ''Enterprise'' bewältigt:

[[Bild:Enterprise_StuKa.jpg|thumb|Unterwegs, um die Zeitlinie wiederherzustellen.]]

Im [[Temporaler Kalter Krieg|temporalen kalten Krieg]] spielt die ''Enterprise'' offenbar eine große Rolle. Die Crew des Schiffs verhindert dabei mehrfach aktiv, dass die Zeitlinie von zwei Fraktionen geändert wird. Mit der Zerstörung von [[Vosk]]s Zeitreiseportal im veränderten [[1943]] ist der Kalte Krieg für die Crew der ''Enterprise'' allerdings beendet. (''[[ENT]]: "[[Sturmfront, Teil II]]"'')

Obwohl die Feindschaft zwischen den beiden Völkern seit Jahrzehnten besteht, gelingt es der Crew des Schiffs, insbesondere Captain Archer und Commander Tucker, die angespannte Lage zwischen den Kontrahenten nach und nach zu entspannen und einen erneuten Waffenstillstand ausrufen zu lassen. (''[[ENT]]: "[[Waffenstillstand]]"'')

Als jedoch die Spannungen von seiten der Vulkanier erneut zunehmen, sieht man sich genötigt, die Andorianer vor einer Invasion zu warnen, während Captain Archer auf Vulkan das [[Kir'Shara]] sucht, um das Vulkanische Oberkommando von seinem Plan abzubringen. (''[[ENT]]: "[[Kir'Shara (Episode)|Kir'Shara]]"'')

Auch wenn die Spezies bis ins [[24. Jahrhundert]] unbekannt bleibt, so ist die ''Enterprise'' das einzige Schiff der Sternenflotte, dass die entführte ''"[[Arctic One]]"'' abfangen kann. (''[[ENT]]: "[[Regeneration]]"'')

Da die ''Enterprise'' nach wie vor das einzige Schiff der Sternenflotte ist, mit dem man Warp 5 erreichen kann, wird die Crew ein eine der gefährlichsten Regionen des Alls geschickt - in die [[Delphische Ausdehnung]]. Nicht nur, dass sie es schafft, die Gefahren der Region zu meistern - sie schaffen es auch, die Bedrohung durch die [[Xindi]] zu stoppen und einen ersten diplomatischen Kontakt zu zumindest dreien der fünf Xindi-Spezies herzustellen. Darüber hinaus klären sie noch das unbekannte Schicksal des vulkanischen Schiffes ''[[Seleya]]'' auf.

Schon kurz nachdem die ''Enterprise'' wieder nach der überstandenen Xindi-Krise instandgesetzt ist, muss man sich einer Gruppe genetisch verbesserter Menschen - den [[Augment]]s - annehmen, die einen Krieg zwischen [[Erde]] und [[Qo'nos]] anzuzetteln drohen. (''[[ENT]]: "[[Borderland (Episode)|Borderland]]", "[[Cold Station 12 (Episode)|Cold Station 12]]", "[[Die Augments]]")

Infolge der Augment-Krise beginnen die Klingonen mit der Manipulation ihrer eigenen Gene und versuchen sie mit der gefundenen Augment-[[DNS|DNA]] aufzuwerten. Dabei entsteht jedoch ein agressives mutagenes [[Virus]], das schnell große Teile der klingonischen Bevölkerung infiziert. Die Bedrohung kann lediglich durch Doktor Phlox und Captain Archer abgewandt werden. (''[[ENT]]: "[[Die Abweichung]]"'')

Die ''Enterprise'' ist auf einer diplomatischen Mission unterwegs und bringt [[tellarit]]ische Delegierte nach [[Babel (Planet)|Babel]], als sie einen alten Bekannten - [[Shran]] - an Bord holen, dessen Schiff von einem unbekannten Angreifer zerstört wurde. Nach einigen Querelen einigen sich schließlich die Andorianer und die Tellariten darauf, mit den Menschen und den Vulkaniern nach dem Angreifer zu suchen und ihn zu stellen. (''[[ENT]]: "[[Babel (ENT)|Babel]]", "[[Vereinigt]]"'')