Bereits nach wenigen Wochen scheinen Dukats [[Versprechen]] eingehalten: Die Klingonen haben sich aus [[Cardassianischer Raum|cardassianischem Gebiet]] zurückziehen müssen und der Maquis ist zerschlagen. Doch die Bedrohung durch das Dominion veranlasst die Föderation, den Nachschubweg [[Nachschub]]weg durch das Wurmloch zu [[Mine (Sprengkörper)|verminen]]. Das Dominion erklärt daraufhin der Föderation und dem Klingonischen Reich [[Dominion-Krieg|den Krieg]], kurz darauf greift eine Flotte aus Cardassianern und [[Jem'Hadar]] unter Kommando von Dukat Deep Space 9 an. Sie können zwar die Station erobern, aber die Aktivierung des Minenfeldes nicht verhindern. ({{DS9|Zu den Waffen!}})

Sisko erfährt jedoch von diesem Plan und führt die [[Zweite Flotte|Zweite]] und [[Fünfte Flotte]] nach Deep Space 9. Dukat entsendet eine Streitmacht, um sie aufzuhalten, doch durch einen überraschenden Flankenangriff der Klingonen gelingt es zunächst der [[USS Defiant(NX-74205)|USS ''Defiant'']] die Linie des Dominion zu durchbrechen. Als die ''Defiant DS9 '' Deep Space 9 erreicht, wird das Minenfeld gerade deaktiviert. Sisko kann jedoch die Flotte des Dominion im Wurmloch mithilfe der [[Propheten]] vernichten. Da die Waffensysteme [[Waffensystem]]e von Terok Nor von bajoranischen Rebellen unter Führung von Kira Nerys [[Sabotage|sabotiert wurden]] worden sind, kann sich die Station nicht gegen die ''Defiant '' verteidigen und wird evakuiert. Als Dukat seine Tochter Ziyal holen will, [[Geständnis|gesteht ]] sie ihm, Kira geholfen zu haben. Damar, der die Szene beobachtet, erschießt daraufhin Ziyal als Verräterin. Dukat kann das nicht akzeptieren, liebte liebt er doch seine Tochter und war ist bereitgewesen, ihr zu verzeihen. Er widersetzt sich der Evakuierung und wird von den eintreffenden Koalitionstruppen unter [[Arrest ]] gestellt. ({{DS9|Sieg oder Niederlage}})

Dukats Vater wird vom Zentralkommando wegen eines Waffenhandel-Vorfalls Waffenhandelvorfalls gefangen genommen und [[Hinrichtung|exekutiert]]. Dukat macht dafür den [[Obsidianischer Orden|Obsidianischen Orden]] und speziell [[Elim Garak]] verantwortlich. Er ordnet mindestens zwei Mal seine Exekution an. ({{DS9|Das Implantat|Der geheimnisvolle Garak, Teil I|Im Lichte des Infernos}})

Offiziell verehrt er seine cardassianische [[Familie]], die aus seiner Frau und sieben Kindern besteht, darunter sein Sohn [[Mekor]]. Jedoch unterhält er zahlreiche [[Affäre|uneheliche Beziehungen]], so unter anderem zu [[Kira Meru]]. Später entwickelt er auch ein Verlangen für deren Tochter, [[Kira Nerys]], die dieses jedoch entschieden ablehnt. ({{DS9|Tiefes Unrecht}}, et al.)

Kurz vor Ende der Besetzung Besatzung führt Dukat eine [[Beziehung ]] mit [[Tora Naprem]], aus der seine Tochter [[Tora Ziyal]] hervorgeht. Wissend, dass deren Existenz seine Karriere gefährden wird, schickt er beide nach [[Lissepia]], doch ihr Schiff wird von den [[Breen]] angegriffen. Ziyal überlebt und wird [[Sklaverei|versklavt]], bis sie von Dukat und Kira Nerys gerettet wird. Seine Liebe zu Ziyal ist aber zu groß, um sie zu töten. Er akzeptiert sie als Tochter und wird daraufhin von seiner Familie und der cardassianischen Gesellschaft geächtet. ({{DS9|Indiskretion|Zu neuer Würde}}) Den späteren Tod Ziyals kann Dukat nicht verkraften und wird wahnsinnig. ({{DS9|Sieg oder Niederlage}})

Als er 2375 die [[Sekte ]] der [[Pah-Geister]] auf [[Empok Nor]] anführt, zeugt er ein weiteres Kind mit der Bajoranerin [[Mika]]. ({{DS9|Entscheidung auf Empok Nor}})

Dukat hat intensiven Kontakt zu einigen der bedeutensten bedeutendsten Persönlichkeiten seiner Zeit. In vieler Hinsicht gilt [[Benjamin Sisko]] als sein Gegenspieler, dennoch empfindet er immer den höchsten Respekt vor Sisko. Dass Sisko Dukat vor dem [[Maquis]] rettet, zeigt, dass Sisko ihn ebenfalls respektiert. Der [[Putsch|Coup d'état]] Dukats 2373 stellt jedoch einen Wendepunkt in vielen Beziehungen Dukats dar, so auch in der zu Sisko. Dieser betrachtet ihn nun als [[Feind]], die Situation gipfelt in den Kampf in den Feuerhöhlen, bei dem Dukat sein Leben verliert. ({{DS9|Der Maquis, Teil I|Das Gute und das Böse|Das, was du zurückläßt, Teil II}})

Rechte Hand Dukats ist seit seinem Kommando über die [[''Groumall]] '' [[Damar]]. Zwischen ihnen entwickelt sich die starke Beziehung eines [[Mentor|Mentors]] zu seinem Protegé. Selbst seinen Mord an Ziyal verzeiht ihm Dukat. Nach dem Beitritt Cardassias hat Dukat engen Kontakt zu dem [[Vorta]] [[Weyoun]]. Zwischen beiden bildet sich eine respektvolle Arbeitsbeziehung aus. Auch wenn Dukat de facto unter Weyoun steht, ist er überzeugt, dass die Cardassianer später ihre Unabhängigkeit zurückfordern können. ({{DS9|Tränen der Propheten|Im Ungewissen|Bis daß der Tod uns scheide}})

Auf [[Bajor]] gilt Dukat als einer der schlimmsten Kriegsverbrecher der [[BesetzungKriegsverbrecher]]der Besatzung. Er selbst sieht sich eher als ein fürsorgender Vater, der die Bajoraner beschützt hat. Er verweist oft auf bajoraner-freundliche Maßnahmen seinerseits, dennoch bleiben [[Mord]], [[Folter ]] und Mißhandlungen auf Bajor an der Tagesordung. Er sieht diese Maßnahmen als nötig an, denn die Bajoraner würden sich sich mit ihrem [[Bajoranischer Widerstand|Widerstand]] selbst schaden. ({{DS9|Tiefes Unrecht}})

In den ersten Jahren nach Ende der Besetzung Besatzung ist er bestrebt, die Sicht Bajors und vor allem die von Kira Nerys auf ihn zu korrigieren. Möglich ist auch, dass er deswegen seine halb-bajoranische Tochter Tora Ziyal überhaupt anerkennt. ({{DS9|Indiskretion}})

Als die Cardassianer [[Schlacht um Deep Space 9(2373)|2373 ins bajoranische System zurückkehren]], will Dukat den Planeten erneut besetzen, jedoch hindert ihn der [[Nichtangriffspakt ]] zwischen Bajor und dem Dominion. In den folgenden Wochen bemüht sich Dukat um ein neues Bild in der [[Bajoranische Geschichte|bajoranischen Geschichte]], dennoch begrüßen die Bajoraner die zurückkehrende [[Föderation]] später als Befreier. ({{DS9|Zu den Waffen!|Sieg oder Niederlage}})