In den folgenden Wochen werden auf Deep Space 9 Simulation durchgeführt, wie schnell das Dominion die Station übernehmen kann. Doch die Ergebnisse fallen alle sehr schlecht aus. Zu der Zeit begibt sich Sisko, wegen der Gefahr des Dominions zur [[Erde]]. Zum besseren Schutz [[Bajor]]s und Deep Space 9 bekommt Sisko [[2371]] das experimentelle Kampfschiff [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'']] zugewiesen. Die ''Defiant'' verfügt über eine vertraglich zugesicherte [[Tarnvorrichtung]] der [[Romulaner]], die im Gegenzug mit allen gesammelten Informationen bezüglich des Dominion versorgt werden. Sisko bekommt von der Sternenflotte den Auftrag mit der ''Defiant'' in den Gamma-Quadrant zu fliegen, um Kontakt mit den Gründern auf zu nehmen. Da Quark bereits Verhandlungen mit den Karemma, einem Mitglied des Dominions durch geführt hat, zwingt Sisko ihn auf dieser Mission zu begleiten, um so Kontakt mit den Dominion herstellen zu können. Mit Hilfe der Karemma erfährt Sisko von einer [[Kommunikation]]srelaisstation auf [[Callinon VII]], mit der die Karemma Kontakt mit den Gründern auf nehmen. Jadizia Jadiza Dax und [[Chief]] [[Miles O'Brien]] beamen darauf auf die Relaisstation, allerdings werden diese dort gefangen genommen. Da sich mehre Jem'Hadar-Angriffsjäger dem Planeten nähren, ist Sisko gezwungen Dax und O'Brien auf den Planeten zurück zulassen. Wenig später wird die ''Defiant'' von drei Jem'Hadar-Angriffsjäger angegriffen und wird schwer beschädigt. Die Jem'Hadar beamen an Bord und überwältigen die Crew. Nur [[Kira Nerys]] und [[Odo]] können mit einem Shuttle entkommen. Odo steuert das Shuttle zu einem Planeten im [[Omarion-Nebel]]. Auf der Oberfläche trifft Odo zum ersten Mal auf seine Spezies. ({{DS9|Die Suche, Teil I}})

=== Die Allianz zwischen der Föderation und den Klingonen zerbricht ===

Zu der Zeit werden auch seltsame Aktivitäten am bajoranischen Wurmloch beobachtet und die Föderation vermutet eine getarnte Flotte des Dominions. Die Föderation sieht eine große Bedrohung und nach dem Anschlag auf der Erde, werden Captain Sisko und Odo auf die Erde beordert, um die Formwandler auf der Erde auf zu spührenspüren. Captain Sisko, Odo und [[Admiral]] [[Leyton]] versuchen die Sicherheit auf der Erde zu bessern und ihnen gelingt es auch Jaresh-Inyo von ihren Plänen zu überzeugen. Es finden nun überall auf der Erde Bluttest bei Angehörigen der Sternenflotte statt, allerdings sieht Jaresh-Inyo die Gefahr, dass dadurch der Frieden auf der Erde gestört wird. Als Odo auf Commander [[Erika Benteen]] und Admiral Leyton trifft, bemerkt Odo ein seltsames Verhalten an dem Admiral. Odo bemerkt, dass dies gar nicht Leyton ist, sondern ein Gründer, welcher Leytons Gestalt angenommen hat. Dem Gründer gelingt es allerdings zu entkommen, doch Odo ist verwundert über das ihm gegenüber gezeigte feindseelige Verhalten, welches bisher nicht mit ihm und seinen Volk bestanden hat. ({{DS9|Die Front}})

Einige Zeit später kommt es zu einem kompletten Energieausfall auf der Erde. Sisko vermutet eine Sabotage der Gründer auf das Hauptenergierelais der Erde. Durch diesen Systemausfall ist die Erde wehrlos, da auch sämtliche Verteidigungssystem des Planeten ausgefallen sind. Admiral Leyton fordert Jaresh-Inyo auf, dass [[Kriegsrecht]] auf der Erde auf zu rufen und die Verantwortung des Planeten unter die Kontrolle der Sternenflotte zu legen. Jaresh-Inyo stimmt dem nur wiederwillig widerwillig zu und übergibt nun die Kontrolle an Leyton und wenig später werden Truppen der Sternenflotte überall auf die Erde gebeamt. ({{DS9|Die Front}})

Für Sisko gibt es allerdings einige WiedersprücheWidersprüche, wie es den Gründern gelungen ist das Energierelais zu sabotieren. Sisko verwundert es, da außerdem die Invasion des Dominions ausgeblieben ist und stattdessen nun die Sternenflotte die Kontrolle über die Erde übernommen hat. Darauf Sisko beginnt diesen Vorfall zu untersuchen und findet heraus, dass eine Eliteeinheit der [[Sternenflottenakademie]] namens [[Red Squad]] in diesen Vorfall verwickelt ist. Sisko findet Beweise, dass die Red Squad die Energierelais sabotiert haben. Anhand weiter Untersuchungen findet Sisko heraus, dass Admiral Leyton in diesen [[Militärputsch (2372)|Mitlitärputsch]] verwickelt ist und somit die Erde radikal schützen will. Nachdem Leyton von Siskos Nachforschungen erfährt, schickt er Sisko zurück nach Deep Space 9, da Sisko nicht Leytons Autorität achtet. Als Sisko am Abend nachdenken will, trifft dieser auf Miles O'Brien, doch diers dieser ist in Wirklichkeit ein Gründer, welcher O'Briens Gestalt angenommen hat. Sisko erfährt, dass sich gerademal gerade mal vier Gründer auf der Erde befinden. Der Gründer erklärt, dass vier Gründer genug sind, um Chaos auf der Erde an zurichten und das sie noch nicht einmal richtig begonnen haben. ({{DS9|Das verlorene Paradies}})

[[Datei:Kilana und die Jem'Hadar.jpg|thumb|Kilana und Jem'Hadar vernehmen den Tod des Gründers.]]Während einer Mission auf [[Torga IV]] im Gamma-Quadrant stürzt ein Jem'Hadar-Angriffsjäger auf den Planeten und Sisko und sein Außenteam wollen dieses bergen. Doch auch das Dominion zeigt Interesse an diesem Schiff, da sich ein verletzter Gründer darin befindet. Die Jem'Hadar zerstören das Runabout , welches sich im Orbit des Planeten befindet und greifen das Außenteam auf der Planetenoberfläche an. Darauf begibt sich die Vorta [[Kilana]] auf die Oberfläche, um mit Sisko über die Herausgabe des Schiffes zu verhandeln, doch Sisko will das nicht zu lassen und besteht auf sein Bergungsrecht. Das Außenteam verschanzt sich darauf auf dem Schiff und lernt so wie ein Jem'Hadar-Angriffsjäger funktioniert. Sisko ist gezwungen auf die Ankunft der ''Defiant'' zu warten, während die Jem'Hadar weiter auf das Schiff feuern, um das Außenteam einzuschüchtern. Nach einigen Stunden mit Dauerbeschuss der Jem'Hadar auf das Schiff, finden Sisko und seine Crew einen verletzten Gründer an Bord des Schiffes, doch dieser stirbt kurz darauf. Als der Gründer stirbt, begehen die Jem'Hadar [[Selbstmord]] und Kilana sieht ihre Mission den Gründer zu retten als gescheitert an und verlässt darauf den Planeten. Mit der ''Defiant'' wird der Jem'Hadar-Angriffsjäger in den Alpha-Quadrant gebracht und dort vom [[Geheimdienst der Sternenflotte]] untersucht. ({{DS9|Das Schiff}})

Bereits Anfang des Jahres 2373 werden erste geheime [[Datei:Sisko_warnt_Bajor_vor_Heuschrecken.jpg|thumb|left|Sisko warnt Bajor vor Beitritt zur Föderation.]] Zu der Zeit sieht Dukat sein Volk dem Untergang geweiht, es ist besiegt durch den Krieg mit den Klingonen und durch die ständigen Kämpfe mit dem [[Maquis]] in der [[Entmilitarisierte Zone|Entmilitarisierten Zone]]. Darauf sieht Dukat nur einen Weg sein Volk zu retten. Dukat beginnt heimliche Verhandlungen zwischen seiner Regierung und dem Dominion zu führen. ({{DS9|Im Lichte des Infernos}})  Ungefähr zur gleichen Zeit reist Doktor Bashir zu einer [[Medizinische Konferenz auf Meezan IV|medizinischen Konferenz]] auf [[Meezan IV]], doch dort wird dieser vom Dominion entführt und in das Internierungslager 371 gebracht. Ein [[Julian Bashir (Gründer)|Wechselbalg]] übernimmt Bashirs Gestalt und kehrt nach Deep Space 9 zurück. ({{DS9|Die Schatten der Hölle}}) Einige Zeit später steht Bajor kurz davor der Föderation bei zu treten. Auf Deep Space 9 wird dazu die Unterzeichnung geplant. Zu der Zeit bekommt Sisko von den Propheten einige Visionen und auch Warnungen über die Zukunft. Sisko sieht einen Heuschreckenschwarm, welcher auf Bajor den [[Himmel (Planet)|Himmel]] verdunkelt, doch dieser fliegt plötzlich nach Cardassia etabliert. Schließlich tritt Cardassia offiziell dem Dominion Sisko versteht diese Botschaft, Bajor darf noch nicht der Föderation beitreten, da es ansonsten Untergehen wird. Während der Unterzeichnung erklärt Sisko, dass Bajor noch nicht bereit ist der Föderation beizu treten. Die Bajoraner hören auf ihren Abgesandten und wollen vorerst nicht der Föderation beitreten. ({{DS9|Heilige Visionen}}) [[Datei:Defiant gegen Borg-Kubus.jpg|thumb|Der Angriff der Borg schwächt die Sternenflotte.]] Durch ein Wechselbalgbaby erhält Odo einige Wochen später wieder Kontakt zu seinem Volk, doch das Baby stirbt trotz der liebevolle Behandlung von Odo. Bevor das Baby stirbt vereinigt es sich mit Odo und Odo wird somit wieder zu einem Wechselbalg. Mitte des Jahres ({{DS9|Das Baby}}) Zur selben Zeit dringen die [[Borg]] in den Föderationsraum ein und planen die Erde zu [[Assimilation|assimilieren]]. Die Sternenflotte schickt viele Schiffe darunter auch die ''Defiant'' und [[USS Enterprise (NCC-1701-E)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-E)]] in den Kampf, um die [[Borg-Invasion (2373)|Borg-Invasion]] zu stoppen. Bei der [[Schlacht von Sektor 001]] werden die Borg zwar besiegt, allerdings werden dabei viele Schiffe der Sternenflotte zerstört bzw. stark beschädigt. Dadurch wird die ersten Kriegsschiffe durch den Kampf mit den Klingonen eh schon geschwächte Sternenflotte noch mehr geschwächt. ({{Film|8}}; {{DS9|Die Schatten der Hölle}}) {{Siehe auch|Borg-Invasion (2373)|Schlacht von Sektor 001}} [[Datei:Dominion_Invasion.jpg|thumb|left|Die Flotte des Dominion am Dominions fliegt durch das Wurmloch zusammengezogen.]]Kurz darauf empfängt Deep Space 9 eine verschlüsselte cardassianische Botschaft aus dem Gamma-Quadrant. Garak erkennt, die bei einer Rettungsmission der Sternenflotte dass diese Botschaft von Enabran Tain stammt. Sisko erlaubt darauf Garak, dass dieser Tain im Gamma-Quadranten Quadrant suchen darf. Bei dieser Suche begleitet Worf Garak in den Gamma-Quadrant. Doch während der Suche dringt das Runabout der beiden in den Raum des Dominions ein. Damit die beiden nicht entdeckt wirdwerden durchfliegt das Runabout einen Nebel. Doch dort trifft das Runabout auf eine Invasionsstreitmacht des Dominions, welche auf das Wurmloch zufliegt. Das Rettungsteam sendet Worf schickt noch schnell eine Botschaft nach zur Station, dass eine Invasion bevorsteht und darauf werden die beiden von den Jem'Hadar gefangen genommen und ins Internierungslager 371 gebracht.  Auf Deep Space 9empfängt man die Botschaft von Worf nur bruchstückhaft, doch als ein Abhörposten nach dem anderen im Gamma-Quadrant ausfällt erkennt Sisko, dass die Invasion des Dominions beginnt. Kira fliegt mit der getarnten ''Defiant'' in den Gamma-Quadrant und kann Bestätigen, dass eine Invasion große Flotte des Dominions sich dem Wurmloch nähert. Um den Alpha-Quadrant zu schützen plant Sisko das Wurmloch zu verschließen, damit die Flotte nicht in den Alpha-Quadranten bevorsteheeindringen kann.  [[Datei:Dukat_Ansprache_2373. Als die Flotte des jpg|thumb|Dukats Ansprache zum Beitritt Cardassias ins Dominion schließlich .]] Währenddessen treffen Worf und Garak auf einige Gefangene im Internierungslager 371, darunter auch Martok, Julian Bashir und der im sterben liegende Tain. Garak und Worf sind entsetzt zu erfahren, dass Bashir durch einen Wechselbalg ersetzt wurde und sie planen nun die Flucht aus dem Internierungslager. Kurz darauf stirbt Tain und Garak setzt seine Tains Arbeit fort eine Flucht aus dem Internierungslager zu ermöglichen.  Währenddessen sabotiert der falsche Bashir die Technik der Station und als Sisko das Wurmloch versiegeln will, kommtes zu einem Systemausfall. Statt nun das Wurmloch zu verschließen, wird dieses noch mehr stabilisiert. Kurz darauf muss die Besatzung von Deep Space 9 hilflos mit Ansehen wie die Flotte des Dominions in den Alpha-Quadrant eindringt. ({{DS9|Die Schatten der Hölle}}) Um die Station zu verteidigen werden die ''Defiant'', greift sie aber nicht die verbleibenden Runabouts und Dukats Bird-of-Prey, welcher sich zu der Zeit bei der Station anbefindet, sondern eingesetzt um Deep Space 9 zu verteidigen. Doch die Flotte fliegt direkt plötzlich wie in Siskos Vision in Richtung Cardassia ab und Dukat folgt der Flotte. Dukat erklärt darauf, dass seine Verhandlungen mit dem Dominion erfolgreich gewesen sind und sich Cardassia nun dem Dominion angeschlossen hat. [[Datei:Gowron unterzeichnet Khitomer-Abkommen.jpg|thumb|left|Gowron unterzeichnet das Khitomer-Abkommen.]] Das Dominion beginnt nun Cardassia systematisch aufzurüsten und Dukat wird unter der Herrschaft des Dominions zum neuen Führer der cardassianischen Regierung ernannt. Als erste Aktion werden die Klingonen aus dem [[Cardassianischer Raum|cardassianischen Raum]] zurückgedrängt. Die Klingonen haben bei diesen Kämpfen sehr schwere Verluste und diese ziehen sich nach Deep Space 9 zurück. Danach wird der Maquis fast völlig ausgerottet und es gibt nur wenige Überlebende die fliehen können. Dukat plant nun alles zurück zu erobern, was Cardassia Primeverloren hat, dazu gehört auch Deep Space 9. ({{DS9|Die Schatten der Hölle|Im Lichte des Infernos}}; {{VOY|Jäger|Extreme Risiken}})