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Wenige Wochen später benutzen Tom Paris, Seven of Nine und [[Naomi Wildman]] den ''Delta Flyer'', um nach neuen [[Deuterium]]vorräten für die ''Voyager'' zu suchen. Für Naomi Wildman ist es die erste [[Außenmission]]. Tom Paris lässt sie sogar kurzzeitig den ''Flyer'' fliegen und Naomi übernimmt darauf das Steuer. ({{VOY|Euphorie}})
Kurz darauf wird der ''Flyer'' benutzt, um die von den Borg [[Entführung|entführte]] Seven of Nine zu befreien. Für die weite Strecke zum Borg-[[Unikomplex]] wird das Schiff mit einer geborgenen [[Transwarpspule]], sowie mit einem [[Multiadaptiver Schild|multiadaptivem Schild]] ausgerüstet. Es gelingt Captain Janeway Seven of Nine zu befreien, aber der ''Flyer'' wird von den Borg entdeckt. Die [[Borg-Königin]] verfolgt den ''Flyer'' mit [[Borg-Diamant~/Raumschiff/VOY/5x15/1|ihrem Schiff]] durch den [[Transwarpkanal]]. Es kommt in den Kanal zu einem Kampf zwischen beiden Schiffen, bei dem der ''Flyer'' unterlegen ist. Der ''Delta Flyer'' erreicht im letzten Moment die ''Voyager'' und der ''Voyager'' gelingt es das Borgschiff zu vernichten. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil II}})
Tuvok verwendet den ''Delta Flyer'' dazu, um nach Harry Kim und [[Derran Tal]] zu suchen, welche sich mit einem Shuttle unerlaubt von der ''Voyager'' entfernt haben. Tuvok gelingt es mit dem ''Flyer'' die beiden aufzuspüren. ({{VOY|Das Generationenschiff}})