Das Honshu-Shuttle ist ein Shuttle vom Typs 6 und ist auf der USS Honshu stationiert.
2374 bringt die Honshu Dukat als Kriegsgefangenen zur Sternenbasis 621. Dort soll ihm der Prozess für seine Kriegsverbrechen gemacht werden. Captain Benjamin Sisko begleitet ihn, um als Zeuge auszusagen. Wenig später wird die Honshu von den Cardassianern angegriffen und zerstört. Dukat bringt dabei den bewustlosen Sisko an Bord eines Shuttles und bringt ihn auf Planetoiden in Sicherheit. Dort kümmert sich Dukat um Sisko und versucht sich für seine Taten bei Sisko zurechtfertigen. Als Sisko erkennt, wie wahnsinnig und gefährlich Dukat wirklich ist, versucht er zu fliehen und gelangt zu dem Shuttle. Sisko versucht mit dem Shuttle zu fliehen, allerdings kann Dukat an Bord des Shuttles eindringen. Dort schlägt Dukat Sisko nieder und flieht mit dem Shuttle. Dukat sendet darauf einen Notruf an die USS Defiant und verrät wo sich Sisko befindet, allerdings kann Dukat mit dem Shuttle entkommen. (DS9: Das Gute und das Böse)
Einige Wochen später nimmt Dukat vom Shuttle aus, Kontakt mit Kira Nerys auf und informiert diese, dass er eine Beziehung mit ihrer Mutter Kira Meru gehabt hat. (DS9: Tiefes Unrecht)
In dieser Zeit studiert Dukat an Bord des Shuttles die alten bajoranischen Texte und lernt viel über die Pah-Geister. (DS9: Tränen der Propheten)