Der bajoranische Sektor oder auch bajoranische Raum genannt, ist der komplette Raum um das bajoranische System. Dieser Sektor liegt sowohl am Rande des Föderationsraumes wie auch an der cardassianischen Grenze und wurde nach dem Planeten Bajor benannt. In dem Sektor befindet sich auch der Föderationsaußenposten Deep Space 9 und das Bajoranische Wurmloch.
Die Antares-Flottenwerft befindet sich in diesem Sektor. (DS9: Die Suche, Teil I, Valiant)
In dem Sektor gibt es außerhalb des bajoranischen Systems neben Draylon II noch weitere unbewohnte Planeten. Auch das Argaya-System befindet sich in diesem Sektor. (TNG: Beförderung; DS9: Auge des Universums)
2369 ziehen die Cardassianer Truppen aus dem bajoranischen Sektor ab und verlegen sie an die Grenze zur Föderation. Diese sollen wenig später an einer Operation mitwirken, die zur Besetzung von Minos Korva führen soll. Der Angriff wird jedoch von der USS Enterprise (NCC-1701-D) gestoppt und die Cardassianer zum Rückzug gezwungen. (TNG: Geheime Mission auf Celtris Drei, Teil I)
Im Jahr 2370 kann der Cardassianer Joret Dal wichtige Informationen über die cardassianischen Aktivitäten an der Grenze zum bajoranischen Sektor der Föderation übermitteln. Diese Informationen dienen der Sicherheit von Bajor und dem bajoranischen Sektor. (TNG: Beförderung)
Anfang 2372 kommt eine klingonische Flotte nach Deep Space 9 und General Martok gibt Captain Sisko vor, dass die Klingonen der Föderation beim Kampf gegen das Dominion helfen wollen. Die Klingonen beginnen darauf sämtliche Nichtföderationsschiffe im bajoranischen Sektor nach Gründern zu durchsuchen. Obwohl Captain Benjamin Sisko die IKS M'Char mit der USS Defiant bedroht, setzen die Klinonen die Durchsuchung der Schiffe fort. Wenig später verlässt die Flotte den bajoranischen Sektor, um Cardassia anzugreifen. Später greift die Flotte auch Deep Space 9 an. Nach dem gescheiterten Angriff auf Deep Space 9 zieht sich die klingonische Flotte aus dem bajoranischen Raum zurück. (DS9: Der Weg des Kriegers, Teil I, Der Weg des Kriegers, Teil II)
Wenig später hat Kasidy Yates die Möglichkeit für die Bajoraner zu arbeiten und Fracht von Bajor im bajoranischen Sektor zu transportieren. Yates lebt auf Deep Space 9, um von dort aus ihre neue Arbeit auszuüben. (DS9: Indiskretion)
Einige Wochen später, nach einer Inspektionstour auf den bajoranischen Kolonien entlang der cardassianischen Grenze kehrt die USS Yukon 2372 nach Deep Space 9 zurück. Kurz vor Erreichen der Station bittet ihr Kommandant bei der Bajoranischen Kontrolle um Anfluggenehmigung. Diese meldet sich kurze Zeit später zurück und gewährt eine Erlaubnis in das System einzufliegen. plötzlich bemerken diese eine Explosion. Als die beiden diesen Vorfall untersuchen wollen, taucht plötzlich ein Bird-of-Prey auf und warnt das Runabout, dass die Klingonen eine Militär Übung durchführen und diese sich nicht einmischen sollen. Da die Klingonen mit einen Angriff auf das Runabout drohen, begeben sich Kira und O'Brien zurück zur Station und melden Captain Benjamin Sisko diesen Vorfall. Kira und O'Brien decken schließlich auf, dass die Klingonen das bajoranische System verminen wollen und verhindern dies. Worf und Kurn können die Codes für die Minen bekommen und Kira sprengt mit der Defiant das Minenfeld. (DS9: Die Söhne von Mogh)
Ende des Jahres bezeichnet Sisko Odo als besten Sicherheitsoffizier im Sektor. (DS9: Das Urteil)
2373 versammelt sich eine Flotte aus Raumschiffen der Föderation, Klingonen und Romulanern im bajoranischen System, um sich gegen einen Angriff der Cardassianer und des Dominion zu wehren. Dabei gibt die Flotte aus Cardassianern und dem Dominion vor, in den bajoranischen Raum einzudringen. In Wirklichkeit ist dies jedoch ein Ablenkungsmanöver, um es dem Wechselbalg, der sich als Doktor Julian Bashir ausgibt, zu ermöglichen, die bajoranische Sonne zu zerstören. Der USS Defiant unter Major Kira Nerys gelingt es im letzten Moment, dies zu verhindern. (DS9: Im Lichte des Infernos)
Im Dominion-Krieg ist der bajoranische Sektor von entscheidender strategischer Bedeutung. (DS9: Zu den Waffen!)
2374 gibt es im ganzen bajoranischen Sektor keine 200 Liter biomimetisches Gel. (DS9: In fahlem Mondlicht)