Bei vielen Spezies sind zur Zeugung von Kindern verschiedene Geschlechter nötig.
Die meisten Humanoiden haben zwei Geschlechter, weiblich und männlich, so z.B. auch Vulkanier, Menschen oder Ferengi. Die Angehörigen dieser Geschlechter werden Frau bzw. Mann genannt. Einige Spezies haben aber auch eine andere Geschlechterzahl, z.B. die Vissianer (Drei Geschlechter: Mann, Frau, Cogenitor (ENT: Cogenitor)), oder Spezies 8472 (mindestens fünf nach den Erkenntnissen des Doktors der USS Voyager (VOY: Liebe inmitten der Sterne)). Andere Spezies wiederum sind androgyn, haben also nur ein Geschlecht, wie z.B. die Axanar, die Talosianer, die Bynar (TNG: 11001001) oder die J'naii (TNG: Verbotene Liebe). Es ist bei einigen Spezies auch möglich, dass ein Individuum mehrere Geschlechter gleichzeitig oder wechselnd hat. Diese nennt man Hermaphroditen, ein Beispiel sind die Tholianer. Bei ungewöhnlichen Geschlechterkonstellationen ist Außenstehenden die genaue Situation meist nicht bekannt, was bei vielen Spezies auch an einer mehr oder weniger ausgeprägten Scham über ihre Geschlechtlichkeit zu sprechen liegt. So ist es selbst dem denobulanischen Arzt Dr. Phlox noch im 22. Jahrhundert nicht ganz klar, ob die Rigelianer vier oder fünf Geschlechter kennen. (ENT: Cogenitor)
Bei den Taresianern gibt es ein starkes Geschlechterungleichgewicht, 90% der Bevölkerung sind weiblich. Zum Ausgleich werden Männer „künstlich erzeugt“, indem Angehörige fremder Spezies genetisch verändert und in Taresianer verwandelt werden (VOY: Die neue Identität).
Neben dem biologischen Zweck der Fortpflanzung haben Geschlechter noch weitere, soziokulturelle Bedeutungen. Traditionell werden den Geschlechtern verschiedene Eigenschaften zugeschrieben. Diese Vorurteile sind teilweise falsch, wie beispielsweise die geringe Intelligenz der Cogenitoren, deren Gegenteil belegt ist, teilweise aber auch nachweisbar, wie z.B. die geringere körperliche Stärke weiblicher Menschen. Aufbauend auf diesen Eigenschaften haben sich eine ganze Reihe von verschiedenen Gesellschaften gebildet, darunter Patriarchien, in denen die Männer die Vorherrschaft haben, wie es z.B. lange in der Geschichte der Menschheit war, oder Matriarchiene, in denen die Frauen herrschen, z.B. die Paraaganer oder die Gesellschaft auf Angel I. (ENT: Die Schockwelle, Teil I; TNG: Planet Angel One, Illusion oder Wirklichkeit?)
Auf einem Planeten in der delphischen Ausdehnung, auf dem Menschen leben, die im 19. Jahrhundert von den Skagaranern dorthin gebracht wurden und die dann rebellierten und die Herrschaft übernahmen, würde in der Mitte des 22. Jahrhunderts kein Mensch einen Skagaraner als "Mann" bezeichnen. Stattdessen wird die abwertende Bezeichnung "Skag" verwendet. (ENT: Faustrecht)
Auf Sigma Draconis VI leben die männlichen Bewohner, welche Morg genannt werden, auf der kargen Oberfläche des Planeten und die weiblichen, Eymorgs genannt, unterirdisch in einer entwickelten Gesellschaft, die selbst Raumschiffe bauen kann. (TOS: Spocks Gehirn)
Die Borg sind geschlechtslos. (TNG: Zeitsprung mit Q)
Außerdem macht das Wissen um sein Geschlecht einen wichtigen Teil der Identität aus. Bei den eigentlich androgynen J'naii zum Beispiel gibt es durchaus einzelne Individuen, die sich mehr weiblich oder männlich „fühlen“. Eine Äußerung dieses Gefühls wird von der Regierung des Volkes verfolgt. (TNG: Verbotene Liebe)
In diesem Zusammenhang kann manchmal auch eine Geschlechtsumwandlung, das heißt die Änderung des Geschlechts, gewünscht werden. (Star Trek IV: Zurück in die Gegenwart)
Im 23. Jahrhundert werden die Männer des 20. Jahrhunderts von einigen Frauen in der Föderation als abenteuerlustiger angesehen, als die Männer der Gegenwart. Marla McGivers geht bei ihrer Verehrung so weit, dass sie Khan Noonien Singh, einen aus dem Kälteschlaf geweckten Augment, der ein Viertel der Erde diktatorisch regierte, bei der Übernahme des Kommandos über die USS Enterprise (NCC-1701) unterstützt. Nachdem die Augments überwältigt werden können, folgt McGivers Khan in sein Exil nach Ceti Alpha V. (TOS: Der schlafende Tiger; Star Trek II: Der Zorn des Khan)
Captain Kirk definiert gegenüber Akuta das Verhältnis der Geschlechter so, dass Männer und Frauen gut zueinander sind, füreinander sorgen, sich glücklich machen und das Leben mittels Kindern erhalten. (TOS: Die Stunde der Erkenntnis)
Die USS Enterprise (NCC-1701-D) wird 2364 im Orbit von Delphi Ardu IV durch einen Wächter des Tkon-Imperiums mit einem Kraftfeld festgehalten und dem Schiff langsam die Energie entzogen. Als Captain Jean-Luc Picard gegenüber Beverly Crusher meint, dass auch ihr Sohn Wesley Crusher das Recht habe, dem Tod mit allen Sinnen entgegenzutreten, bezeichnet diese das als typisch männliche Einstellung. Picard erwidert lakonisch Typisch, Frau
. (TNG: Der Wächter)
Im Roman Hotel Royale von Todd Matthews sagt Mickey D nachdem er den Pagen ermordet hat, dass keine Frau es wert sei, dass man für sie tötet oder für sie stirbt. (TNG: Hotel Royale)
Bei den Mintakanern gehen die Frauen stets vor den Männern. Das ist ein Signal für alle anderen Frauen: Wenn ihr seine Dienste in Anspruch nehmen wollt, müsst ihr mit mir verhandeln. (TNG: Der Gott der Mintakaner)
Bei den Talarianern können Frauen keinen höheren Rang im Militär bekleiden, als Männer. (TNG: Endars Sohn)
Dem Klingonischen Hohen Rat dürfen Frauen nicht angehören. (TNG: Der Kampf um das klingonische Reich, Teil I)
Die Cardassianerin Gilora Rejal ist der Meinung, dass Männer keinen Sinn für Technik haben und daher Frauen die Wissenschaften auf Cardassia beherrschen. Erst ihre Zusammenarbeit mit Chief Miles O'Brien schwächt ihre Vorurteile ab. (DS9: Trekors Prophezeiung)
Bei den Tavnianern werden Söhne von den Vätern erzogen, weil Männer als disziplinierter als Frauen gelten, während diese als zu emotional angesehen werden. (DS9: Die Muse)
2373 fragt Q Kathryn Janeway, ob die USS Voyager ein Schiff der Walküren sei oder ob die Menschenfrauen ihre Männer endgültig abgeschafft haben. Dann offenbart Quinn, dass er dafür verantwortlich ist, dass die Männer verschwunden sind und Q lässt sie wieder erscheinen. (VOY: Todessehnsucht)