Chronoton-Torpedos haben neben der Sprengkapsel einen sogenannten Chronotonen-Generator an Bord. Der Generator emittiert Chronton-Partikel, welche eine temporale Phasenvarianz erzeugen. Durch diese einmalige Eigenschaft, sind diese Torpedos nicht von herkömmlichen Sensoren zu entdecken, da sie sich außerhalb des Raum-Zeit-Gefüges bewegen.
Entdeckt wurde diese Technik 2374, von der Crew der USS Voyager im Gefecht mit dem Krenim-Zeitschiff. Dabei traf ein solcher Torpedo die Voyager, aber explodierte nicht.
Das in der Nähe befindliche Crewmitglied Seven of Nine, konnte die geeichte Varianz des Chronotonen-Generators, auf 1,047 Sekunden ermitteln.