Folter ist die Zufügung von physischer oder psychischer Gewalt zum Beispiel zur Beschaffung von Informationen, als Strafe oder aus Sadismus. Manchmal gibt es dafür speziell eingerichtete Folterkammern und Folterinstrumente.
Die Folter wird meist in Verhören von Kulturen, die nicht der Vereinigten Föderation der Planeten angehören oder deren ethisches Denkmodell nicht dem der Föderation entspricht, angewandt. (TNG: Geheime Mission auf Celtris Drei, Teil II)
2152 lehnt Phlox Malcolm Reeds Experimente mit EM-Strahlung an der netzartigen Lebensform ab, da dies Folter sei. (ENT: Vox Sola)
2153 sperrt Captain Jonathan Archer den Osaarianer Orgoth in die Luftschleuse der Enterprise (NX-01) und lässt diese langsam dekomprimieren. Als die Luft knapp wird, kooperiert Orgoth. Reed kommt mit einem Sicherheitsteam hinzu und fragt, was los sei. Archer öffnet nun die Luftschleuse und Orgoth bekommt wieder Luft. (ENT: Anomalie)
2154 wird Ensign Hoshi Sato durch die Xindi-Reptilianer von der Enterprise (NX-01) entführt und gefoltert, damit sie die Codes der anderen Xindi-Spezies dechiffriert, die die Xindi-Superwaffe aktivieren. Die Reptilianer verwenden dabei spezielle Neuralparasiten, die den Neokortex schädigen und den Gefolterten gefügig machen. (ENT: Countdown)
Die Todesstrafe auf Argelius II wird durch langsames Foltern vollstreckt. (TOS: Der Wolf im Schafspelz)
Allerdings kommt es auch vor, dass Offiziere der Sternenflotte Personen foltern:
2153 steckt Captain Jonathan Archer einen Piraten nach einer ergebnislosen Befragung in eine Luftschleuse der Enterprise und foltert ihn dort durch Entzug der Atemluft, um ihn zur Herausgabe einer Information zu zwingen. (ENT: Anomalie)
2364 stellt Q die Offiziere der USS Enterprise (NCC-1701-D) vor ein Gericht der postatomaren Schreckenszeit. Als sich Jean-Luc Picard nicht zur Anklage äußern will, fragt er Q, ob sie eingefroren oder gefoltert werden, wenn sie sich nicht äußern. (TNG: Der Mächtige)
2369 wird Jean-Luc Picard von den Cardassianern nach Celtris III gelockt, dort gefangen genommen und durch Gul Madred gefoltert um die Verteidigungspläne für Minos Korva zu erhalten. (TNG: Geheime Mission auf Celtris Drei, Teil II)
2370 schlägt Geordi La Forge Data scherzhaft vor, dass er seine Katze Spot erziehen könnte, indem er einen Phaser benutzt. Data lehnt dies jedoch ab, da er sie nicht foltern könne. (TNG: Die Raumkatastrophe)
2371 wird Tom Paris wegen vermeintlichen Mordes verurteilt, die Gedächtnisengramme seines Opfers Tolen Ren zu erhalten und so den Mord wieder und wieder zu erleben. Dadurch erleidet er allerdings neurologische Schäden. Nachdem Kathryn Janeway die Baneaner darüber informiert, sagt Minister Kray, dass dies als Strafe und nicht als Folter gedacht war. Daher wollen sie eine alternative Strafe prüfen. (VOY: Die Augen des Toten)
2373 droht Tieran Tuvok, ihn mithilfe der kognitiven Fähigkeiten der von ihm übernommenen Kes zu foltern. (VOY: Der Kriegsherr)
Im Holoroman Die Abenteuer des Captain Proton wird Buster Kincaid von den Zwillingsschwestern des Bösen gefoltert, um zu erfahren, wo Captain Proton sich aufhält. (VOY: Dreißig Tage)
2376 foltert Captain Kathryn Janeway auf der USS Voyager einen Crewman der USS Equinox, in dem sie ihn durch Deaktivierung eines Kraftfeldes den Geistern des Glücks aussetzt, um von ihm den Standort der Equinox zu erfahren. (VOY: Equinox, Teil II)
2377 stellt Q seinem Sohn Q einen Test, in dem er sich als Chokuzaner ausgibt. Als Q junior und Icheb das chokuzanische Schiff angreifen, wird Icheb verletzt. Um Icheb zu retten, stellt sich Q den Chokuzanern und erklärt, dass er jede Strafe akzeptieren wird. Der Chokuzaner fragt, was ist, wenn dies Hinrichtung oder Folter bedeutet, doch Q junior bleibt standhaft. Daraufhin gibt sich der Chokuzaner als Q zu erkennen und ist zufrieden, dass er seine Prüfung bestanden hat. (VOY: Q2)