Ökosystem bezeichnet das Wechselspiel zwischen biologischem Leben und dessen Umwelt.
2368 droht das Ökosystem von Penthara IV zerstört zu werden, nachdem es auf dem Planeten durch den Einschlag eines Asteroiden zu einem nuklearen Winter kommt. (TNG: Der zeitreisende Historiker)
2371 ist erkundigt sich Miles O'Brien während des Dankbarkeitsfestes bei seiner Frau, wie die Landvermessungen auf Bajor verlaufen. Keiko erwidert, dass das Ökosystem viel anspruchsvoller ist, als im Orbitalscan vorhergesehen und deshalb ist die Arbeit anstrengend. Allerdings, so die Frau, hat sie eine tolle Zeit. (DS9: Das Festival)
2372 meint Kathryn Janeway auf Neue Erde zu Chakotay, dass sie bei ihren Forschungen nach einem Heilmittel gegen die Krankheit, mit der sich beide infiziert haben, auch viel über das Ökosystem des Planeten erfahren könnte. (VOY: Entscheidungen)
2374 beschreibt Harry Kim Seven of Nine die Erde als pefekten Planeten, auf dem es jedes Ökosystem gebe. (VOY: In Furcht und Hoffnung)