Eine Antimaterieexplosion kann durch einen Bruch der Materie-Antimaterie-Reaktionskammer bzw. der Antimateriekammer ausgelöst werden. Aus dem Verlust der Eindämmung resultiert die Interaktion beider Stoffe, welche sich beide gegenseitig vernichten und dadurch in kürzester Zeit große Mengen an Energie freisetzen. Antimaterieexplosionen sind eine sehr ernstzunehmende Gefahr für Schiffe mit Materie/Antimaterie-Antrieben.
2365 trifft die USS Enterprise (NCC-1701-D) auf ihr eigenes Shuttle El-Baz, das durch eine Antimaterieexplosion beschädigt wurde. Man findet heraus, dass es mehrere Stunden aus der Zukunft stammt. (TNG: Die Zukunft schweigt)