Ein Magnetsturm ist eine astrophysikalisches Phänomen, das sowohl im Weltall aber auch in der Atmosphäre von Planeten auftritt. Dort hat es dann tatsächlich die Form eines schweren Sturms. Tatsächlich handelt es sich jedoch um elektromagnetische Entladungen, die für alle elektromagnetisch anfälligen Geräte, insbesondere Sensoren und Transporter, sehr gefährlich sein können. Ein Ionensturm ist ein Subtyp eines Magnetsturms, der sich durch starke Ionisierung der Atmosphäre auszeichnet. (TOS: Die Frauen des Mr. Mudd, Ein Parallel-Universum)
2065 gerät die SS Valiant in einen magnetischen Raumsturm, der so stark ist, dass die Impulstriebwerke ohne Nutzen sind und das Schiff erst ein halbes Lichtjahr außerhalb der Galaxie wieder unter die Kontrolle der Besatzung gebracht werden kann. (TOS: Die Spitze des Eisberges)
Auf Rigel XII kommt es häufig zu heftigen Magnetstürmen. Als Eve McHuron 2266 in einen Magnetsturm läuft kann die im Orbit befindliche USS Enterprise (NCC-1701) sie nur ungenau mit Infrarotscannern lokalisieren. Ben Childress rettet sie zu Fuß aus dem Orkan. (TOS: Die Frauen des Mr. Mudd)
2267 wird Halkan von einem Magnetsturm vom Standard-Ionen-Typ getroffen, der auch die im Orbit befindliche USS Enterprise heftig durchschüttelt. Als der aus Captain Kirk, Lieutenant Commander Scott, Lieutenant Uhura und Dr. McCoy bestehende Landetrupp hochgebeamt wird kommt es zu einem Transporterunfall, der den Trupp ins Spiegeluniversum auf die ISS Enterprise versetzt. (TOS: Ein Parallel-Universum)
2353 wird die Heimatwelt der Kohl durch eine Sonneneruption zerstört. Dabei fegen Magnetstürme über den Planeten und vernichten fast alles Leben. (VOY: Das Ultimatum)
Ein Magnetsturm erzeugt 2373 auch für den Ionenblitz, der die Sacajawea von der USS Voyager trifft und so für ihren Absturz sorgt. (VOY: Der Wille)