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Der Maquis ist eine Widerstandsgruppe, die von Föderationsbürgern gegründet wurde, nachdem ihre Planeten in einem Friedensvertrag mit den Cardassianern diesen zugesprochen wurden.

Ziel des Maquis ist es, die Unterdrücker durch Angriffe mit der Guerilla-Taktik zu stürzen. Der erste dieser Anschläge findet im Jahr 2370 auf den cardassianischen Frachter Bok'Nor statt.

Mit klingonischer Hilfe, nicht zuletzt durch Waffenlieferungen, gelang es dem Maquis bis 2373 beinahe die Cardassianer zu besiegen, doch der Beitritt Cardassias ins Dominion bringt die Wende.

2371 strandet ein Maquis-Schiff unter Führung von Chakotay im Delta-Quadranten. Um wieder nach Hause zu gelangen, muss sich die Crew der USS Voyager anschließen.