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Assimilationskammern sind jene Orte innerhalb eines Borgschiffes, in denen der Assimilationsvorgang an, noch nicht assimilierten, Individuen begonnen wird. Ebenso dienen diese Kammern dazu, wesentliche Schritte während der Assimilation, die von einigen Tagen bis hin zu mehreren Wochen und Monaten dauern kann, zu prüfen, zu kontrollieren und die Assimilation der Drohnen abzuschließen.

Die Kammern sind, wie alles an Bord eines Borgschiffes, absolut auf Funktionalität ausgerichtet. So findet man zentral in jedem dieser Räume mehrere Schrägen, die den Biobetten der Sternenflotte ähneln. Auf diese Betten werden die zur Assimilation vorgesehenen Individuen gefesselt und erhalten durch chirurgische Eingriffe erste Kortikal-, Okular-, Audio- und gleidmaßenersetzende Implantate. Ebenso wird ihnen hier ihre Körperpanzerung angepasst. Durch die Injektion speziell programierter Nanosonden werden in dem darauf folgenden Reifungsprozess weitere Implantate ausgebildet. Somit werden weitere Eingriffe von außen umgangen und die Assimilationskammer muss von den Drohnen nur noch zur Kontrolle und zum Abschluss ihrer Assimilation aufgesucht werden.

Die Kammern werden von mehreren Drohnen beaufsichtigt, die gleichzeitig die Eingriffe an den zu Assimilierenden vornehmen. Geschützt werden die Kammern durch starke Kraftfelder, was es beinahe unmöglich macht, Gefangene heraus- oder einen Befreiungstrupp hineinzubeamen.

Somit gehören die Assimilationskammern zu den am besten geschützten und wichtigsten Einrichtungen der Borg, da ihre Gesellschaft nur durch die Assimilation neuer Individuen weiterbestehen kann, welche in diesen Kammern abläuft.