Antimaterie weist die gleichen Eigenschaften wie Materie auf. Allerdings ist die Ladungsverteilung entgegengesetzt, bei Antimaterie befinden sich, im Gegensatz zur „normalen“ Materie, die negativ geladenen Elementarteilchen im Kern und die positiven in der Schalen. Die positiven Elektronen heißen Positronen , die negativen Protonen heißen Antiprotonen.
Treffen Antimaterie und Materie aufeinander, kommt es zur Annihilation, der Materie-Antimaterie-Reaktion, das heißt, dass Antimaterie und Materie vollkommen, nach Albert Einsteins Energie-Masse-Äquivalenz, in Energie umgewandelt werden. Durch die extremen Energiemengen, die dabei entstehen, dienen Antimaterie und Materie, genauer Deuterium und Antideuterium, als „Brennstoff“ für die meisten Raumschiffe. Da Antimaterie bei Kontakt mit Materie sofort anfangen würde zu reagieren, kann sie nicht in normalen Tanks gelagert werden, weil diese eben aus Materie bestehen. Um die Antimaterie zunächst von der Materie zu trennen, wird sie im Vakuum in einem Magnetfeld gehalten, da sie die entgegengesetzten magnetischen Eigenschaften von Materie hat. Daher muss die Antimaterie in speziellen Eindämmungskammern gelagert werden.
Die Materie-Antimaterie-Reaktion findet im Warpreaktor beziehungsweise Warpkern des Raumschiffes statt. Die Antimaterie gelangt durch den Antimaterie-Injektor in die Reaktionskammer.