Der Warpkern ist das Herz des Warpantriebs. Die Hauptaufgabe des Kerns ist es die riesigen Energiemengen zu erzeugen, welche für den Antrieb benötigt werden. Desweiteren ist er auch der primäre Enrgiegenerator mit dem die anderen Schiffssysteme versorgt werden. Im Warpkern wird Energie erzeugt, indem Materie mit Antimaterie kontrolliert zusammengeführt wird. Auf Schiffen der Föderation wird dafür Deuterium und Antideuterium verwendet.
Der Warpkern besteht aus mehreren Teilen: die eigentliche Reaktorkammer, in der die Materie-Antimaterie Reaktion stattfindet, den Zuleitungen und den Primären EPS-Leitungen. Die Reaktorkammer befindet sich auf dem meisten Schiffen im Maschinenraum. Die Lagertanks für das Deuterium befinden sich mehrere Decks darüber. Das Antideuterium befindet sich in stark abgeschirmten und gut gesicherten Tanks auf dem untersten Deck, sodass sie im Notfall abgeworfen werden können. Zugeführt werden die Stoffe der Reaktorkammer über lange Röhren, die mit magnetischen Querschnittsverengersegmenten versehen sind. An den Enden befinden sich der Materie- bzw der Antimaterie-Injektor mit denen die zugeleitete Menge dosiert wird. Diese fokussieren mit Hilfe von Magnetfeldern das Deuterium und das Antideuterium auf den Dilithiumkristall und verhindern, dass die Antimaterie mit der Leitung in Berührung kommt. Im Dilithiumkristall findet dann eine kontrollierte Reaktion statt und hochenergetisches Plasma entsteht, sogenanntes Elektro-Plasma. Durch die Form des Kristall wird das Plasma in zwei Ströme aufgeteilt, die über die Primären EPS-Leitungen direkt zu den Warpgondeln geleitet werden. Ein Teil des Plasmaswird an Verteiler in das EPS-Netzwerk eingespeist, welches sich im ganzen Schiff erstreckt, werden alle Systeme mit Energie versorgt.
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