Ein Transwarpzentrum ist ein Ort, an dem viele Transwarpkanäle aufeinandertreffen. An diesen können die Borg von einem Transwarpkanal zum nächsten wechseln, ohne dabei eine eventuell Lichtjahre weite Strecke mit regulärem Antrieb zurücklegen. Insgesamt verfügen die Borg um wenigstens sechs bekannte Transwarpzentren, die alle direkt von der Borg-Königin kontrolliert werden.
Erstmalig bekannt wurde man auf ein Transwarpzentrum im Jahr 2378, als die Voyager zufällig in einem Nebel auf eine größere Ansammlung von Borgkuben gestoßen ist. Durch ihre enorme Größe und den vielen Absicherungen gegen Störungen, die eine solche Einrichtung ständig gefährden könnten, ist ein einzelnes Transwarpzentrum so gut wie gar nicht zu zerstören. Der einzig bisher bekannte Weg, um zumindest ein solches Zentrum zu zerstören, ist es, die Queen mit einem neuralen Virus zu infizieren, der sie buchstäblich auseinanderfallen lässt. Dadurch wird die Verbindung zum Hive-Bewusstsein abgetrennt und das Tor kann durch einen Transphasentorpedo aus der Zukunft und der daraus resultierenden Schockwelle zerstört werden.
Ob es denn tatsächlich so passiert ist, ist unklar, auch, ob alle Transwarpzentren und Borg dabei zerstört wurden. Schließlich konnte nachweislich eine Sphäre diese ultimative Zerstörung überstehen. Sie wurde zwar von der Föderationsflotte und der Voyager in Sektor 001 zerstört, aber wenn auch nur eine Sphäre, ein Kubus, oder eine andere noch so kleine Einheit der Borg übrig geblieben ist, so ist das Kollektiv noch nicht zerstört (VOY: "Endspiel, Teil I").