Der Transphasentorpedo ist eine Waffe, die speziell für den Einsatz gegen die Borg entwickelt wurde. Sie wird wahrscheinlich in einer alternativen Zeitlinie von Captain Janeway und der Crew der USS Voyager entwickelt.
Als erstes Sternenflottenschiff wurde die USS Voyager durch die aus der Zukunft kommende Admiral Janeway neben einer ablativen Armierung mit Transphasentorpedos ausgestattet, um den Borg entgegenzutreten und durch einen Transwarpkanal in den Alpha-Quadranten fliehen zu können. Die Borg waren auf den Einsatz dieser Waffe aus der Zukunft nicht vorbereitet und verloren eines ihrer sechs in der Galaxie verteilten Transwarpzentren (VOY: "Endspiel, Teil II") .
- Was aus den Torpedos wurde die nach der Heimkehr der Voyager übrig geblieben sind, ist unklar. Da in Star Trek: Nemesis nichts mehr davon zu hören war ist es fraglich ob diese Technologie in irgenteiner From von der Sternenflotte übernommen wurde.