Der Transphasentorpedo ist das Nachfoldermodell des Quantentorpedo. Er vereint in sich die Multiphasentechnologie mit der Quantentechnologie.
Ähnlich dem Quantentorpedo, beinhaltet der Transphasentorpedo mehrere Raum-Zeit-Strings, die beim Aufprall auf das Zielobjekt in sich zusammenfallen und somit eine gewaltige Explosion hervorrufen. Der wesentliche Unterschied zum Quantentorpedo ist jedoch die Tatsache, dass bei einem Transphasentorpedo kurz nach dem Abschuss die Frequenzphasen dieser Strings überlagert werden, was zu einem "Verschwimmen" ihrer Polarität führt. Trifft der Torpedo nun auf sein Ziel, werden Zeitgleich mit der Detonation der Raum-Zeit-Strings enorme Energien frei, da die wechselnde Stringpolarität plötzlich gestoppt und der String extrem instabil wird. Der größte Teil der freiwerdenden Energie tritt bei der Detonation des Torpedos durch den Subraum aus und erzeugt somit heftigsten Schaden am getroffenen Objekt.
Obwohl der Transphasentorpedo eindeutig seine Zerstörungskraft durch eine Verbindung mit dem Subraum erreicht, fällt er nicht unter das Khitomer-Abkommen, da er weder den Subraum beschädigt, noch das getroffene Schiff in den Subraum zerrt. Auf oder an dem getroffenen Objekt werden auch nach heftigstem Transphasenbeschuss keine Subraumanomalien auftreten.
Als erstes Föderationsschiff wurde die USS Voyager in der Folge Endspiel, Teil II durch Admiral Janeway neben einer Ablative Armierung mit Transphasentorpedos ausgestattet, um den drohenden Borg entgegentreten und durch ihre Transwarpkanäle in den Alpha-Quadranten fliehen zu können. Die Borg waren auf den Einsatz dieser Waffe aus der Zukunft nicht vorbereitet und verloren ihren wichtigsten Transwarpknoten im Delta-Quadranten, da sie nicht im Stande waren die futuristische Technologie zu assimilieren.
Somit ist der Transphasentorpedo eine der mächtigsten Waffen, die je von der Sternenflotte entwickelt wurden.