Das Sternenflottenkommando ist die höchste Kommandobehörde der Sternenflotte und wird geführt vom Oberbefehlshaber der Sternenflotte. Dieser untersteht dem Chef des Stabes beim Minister für Erforschung und Verteidigung (Secretary of Exploration & Defense). Nur der Präsident der UFP und der Förderationsrat, sind Weisungsbefugt. Dem Befehlshaber sind alle stationären und fliegenden Verbände der Sternenflotte unterstellt.
Das Kommando, der so genannte Admiralstab, setzt sich zusammen aus den Chefs (meist Admiräle) der Abteilungen/Bereiche [ Fleet Command, Starbase Command, Starfleet Secrurity, Judge Advocate General, Starfleet Medical, Scientific Command, Inspector General, Starfleet Intelligence, Starfleet Tactical Command].
Der Befehlshaber (Oberbefehlshaber) der Sternenflotte, ist ein Admiral, im Range eines Fleet-Admiral (vgl. 5-Sterne-Admiral bzw. Flottenadmiral d. USN). Das Kommando hat seinen Sitz in San Francisco auf der Erde.
2375 griffen die Breen im Zuge ihrer Allianz mit dem Dominion überraschend das Hauptquartier der Sternenflotte in San Francisco an und beschädigten sowohl die Einrichtung als auch die Golden Gate Bridge (DS9: "Im Angesicht des Bösen").