Die SS Botany Bay war ein Schläferschiff der DY-100-Klasse und stammt von der Erde aus dem späten 20. Jahrhundert.
1996 floh der genetisch veränderte Khan Noonien Singh mit seinen Gefolgsleuten nach den Eugenischen Kriegen mit diesem Schiff von der Erde.
Im 22. Jahrhundert hielt man die Botany Bay für einen Mythos, da alle Beweise für den Start des Schiffes vernichtet wurden (ENT: "Die Augments").
2267 wurde die Botany Bay antriebslos von der USS Enterprise im Mutara-Sektor gefunden. Nach einem erfolglosen Kaperversuch von Khans Gefolgsleuten wurden die Frachcontainer der Botany Bay auf Ceti Alpha V ausgesetzt (TOS: "Der schlafende Tiger").
Erst 2285 wurde die ausgesetzte Mannschaft von der Besatzung der USS Reliant entdeckt und unbeabsichtigt befreit ("Star Trek II: Der Zorn des Khan").