Die Omega-Direktive ist inoffiziell die oberste Direktive der Sternenflotte. Als Reaktion auf die erste durch Omega-Moleküle verursachte Katastrophe in den 2270ern, wird die Direktive gebildet, um sämtliche bekannten Omega-Moleküle zu zerstören. Sie ist nur den Captains und Admirälen der Sternenflotte bekannt.
Wenn Omega von den Sensoren eines Schiffes der Sternenflotte entdeckt wird, werden automatisch alle Computersysteme an Bord gesperrt. Dabei erscheint auf den LCARS-Interfaces das griechische Omega. Allein der Captain hat die nötigen Zugriffcodes, um die Computerblockade aufzuheben. Er muß nach Entdeckung des Moleküls sofort das Sternenflottenkommando benachrichtigen. Dieses schickt anschließend ein Spezialteam zu den entsprechenden Koordinaten und beginnt mit der Zerstörung des Moleküls.
Aufgrund der extrem hohen Gefahr, die von dem Omega-Molekül ausgeht, setzt die Omega-Direktive die offizielle oberste Direktive, die Nicht-Einmischung in andere Kulturen, außer Kraft.
Als die USS Voyager im Delta-Quadranten auf ein Vorkommen von Omega-Molekülen trifft, informiert Captain Kathryn Janeway ihre Führungsoffiziere über die Omega-Direktive, da ein Kontakt zur Sternenflotte nicht möglich ist (VOY: Die Omega-Direktive).
Die Borg sind über diese Direktive informiert, da sie Captains der Sternenflotte und damit deren Wissen assimiliert haben, zum Beispiel Locutus beziehungsweise Jean Luc Picard (TNG: In den Händen der Borg). Seven of Nine bestätigt in einem Gespräch mit Captain Janeway, dass die Borg Kenntnis von der Omega-Direktive haben, nachdem Janeway Seven zu sich gerufen hat, da sie dies bereits vorausgeahnt hat. (VOY: Die Omega-Direktive)