Ein In-Joke ist ein sogenannter "Insider", also ein Witz, eine Anspielung, zu der man bestimmte Vorkentnisse benötigt, um sie zu verstehen.
So zum Beispiel die "Unendliche Unwahrscheinlichkeitserzeugung" auf dem Hauptdisplay des Impulsantriebs im Maschinenraum der USS Enterprise (NCC-1701-D). Auch der Name der D7-Klasse soll auf einen In-Joke zwischen William Shatner und Leonard Nimoy zurückgehen.
Ein Klassiker ist auch der Große Vogel der Galaxis. So lautete eigentlich der Spitzname von Gene Roddenberry, dann wurde der Begriff aber auch in TOS: Das Letzte seiner Art tatsächlich verwendet. In der ersten Staffel von TNG erschien sogar ein Okudagramm, das den Großen Vogel der Galaxis zeigte: Ein Papagei in Sternenflottenuniform und mit dem Gesicht von Gene Roddenberry!
Was noch dazu kommt sind die Äußerungen der jeweiligen Ärzte Marke "Ich bin Arzt und kein..." Diese stellen eine Anspielung auf TOS dar in der Dr. McCoy des Öfteren sagte "Jim ich bin Arzt und kein... (Liste aller "Ich bin Arzt und kein..." Sprüche). Durch ihre allgemeine Verbreitung gehören die Sprüche dieser Kategorie allerdings nicht mehr zu den echten In-Jokes.
Die (Film-)Crew hinter den Kameras verewigt sich gern auf den Widmungsplaketten der Schiffe