Die Handelsmarine ist eine Organisation innerhalb der Föderation, die Frachter und Erkundungsschiffe kontrolliert.
Eines der Schiffe der Handelsmarine war die SS Beagle unter dem Kommando von Captain R.M. Merrick. Merrick trat der Handelsmarine nach bei, nachdem er die Qualifikationen der Sternenflotten-Akademie nicht erfüllte (TOS: "Brot und Spiele").
Der Geologe Carstairs untersuchte vor 2268 mit einem Schiff der Handelsmarine mehrere Planeten in dem Sektor, in dem das Alpha Carinae System liegt (TOS: "Computer M5").
Es liegt nahe zu vermuten, dass die SS Biko und weitere in Star Trek erwähnte Schiffe der Föderation, die nicht zur Sternenflotte gehörten, von der Handelsmarine betrieben wurden.