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Wenig später lässt Chakotay Harry Kim die Position eines binären Sterns im Computer vermerken, da er ein guter Bezugspunkt für die Navigation in diesem Sektor ist. Man trifft auf die [[Nerada|''Nerada'']], ein Raumschiff der [[Nasari]]. Nachdem Kim dieses Raumschiff beschießt, übernimmt er die [[Operationsstation|Ops]]. Wenig später meldet er, dass der Antrieb ausgefallen ist. Nachdem der Angriff abgewehrt wird, fliegt das Schiff nach Taresia. Chakotay meldet, dass sich die Nasari-Schiffe immer weiter nähern. Jedoch werden die Nasari von einem [[Taresianisches Raumschiff|taresianischen Schiff]] vertrieben. Nachdem Kim auf dem Planeten zurückbleibt, verhandelt die ''Voyager'' mit den Nasari. Diese sind bereit sie ziehen zu lassen, wenn kein Taresianer an Bord ist. Anschließend kehrt man nach [[Taresia]] zurück. Jedoch werden sämtliche Kommunikationsversuche blockiert. Chakotay und Janeway werden vom Doktor informiert, dass die taresianische DNA nicht bei Kim angeboren ist. Sie erkennen, dass Kim bei einer Außenmission mit der DNA infiziert wurde und die Taresianer versuchen, ihn dazu zu veranlassen, auf dem Planeten zu bleiben. Nachdem die ''Voyager'' das taresianische Gitter durchdrungen hat, versucht er Kim zu orten. Es gelingt ihm Kim an Bord zu beamen. Da es zu einem Kampf zwischen Taresianern und Nasari kommt, kann die ''Voyager ''entkommen. ({{VOY|Die neue Identität}}){{Alternative Zeitlinie|In einer [[Alternative Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] übernimmt Chakotay [[2373]] das Kommando über die ''Voyager'' und wird zu ihrem [[Captain]]. Als Kes das [[Morilogium]] durchläuft, sucht er sie auf der Krankenstation auf. Er ist erstaunt über das schnelle Fortschreiten des [[Morilogium]]s. Da der Doktor die Zustimmung der Familie hat, gestattet Chakotay Doktor van Gogh die Behandlung von Kes mit der [[Biotemporale Kammer|biotemporalen Kammer]] fortzusetzen. ({{VOY|Temporale Sprünge}})}}Als man Kontakt mit einer [[Raumstation]] der [[Vostigye]] aufnehmen will, muss man feststellen, dass diese zerstört wurde. Mit Kim analysiert er die Sensordaten. Darauf aufbauend, folgt man einer Subraumspur, die das Schiff zu einem [[Astralwirbel]] führt. Als dieser erscheint, lässt er Paris einen Blitzstart vorbereiten, um den Auswirkungen entkommen zu können. Nachdem sie einen Weg gefunden haben, um Paris an Bord zu holen, übernimmt er die [[Conn]] und der Plan kann erfolgreich realisiert werden. ({{VOY|Das wirkliche Leben}})
Nachdem zwei getarnte Voth auf dem Schiff entdeckt werden, geht er mit einem Sicherheitsteam zu deren Standort, um sie festzunehmen. Er enttarnt die beiden Voth und wird von [[Tova Veer]] mit einer Kralle beschossen, die ihn betäubt. Daraufhin beamt sich [[Forra Gegen]] mit Chakotay weg. Gegen befragt Chakotay zu seiner Herkunft. Sie tauschen sich aus und erfahren mehr über die jeweils andere Spezies. Sie fliegen zum Stadtschiff, um sich gegen die Vorwürfe zu verteidigen. Chakotays und Gegens Argumente werden von der Vorsitzenden der Sitzung, [[Odala]], nicht anerkannt. Stattdessen lässt sie Tova Veer hereinkommen, der den Irrtum bestätigt. Daraufhin greift Gegen Odala direkt an und lässt sich auch von einem Zwischenruf Chakotays beeinflussen. Chakotay ergreift das Wort und meint, dass Odala auch starrsinnig ist. Er betont, dass ihr Volk unglaubliche Leistungen vollbracht hat. Odala lässt sich davon jedoch nicht beeindrucken. Sie verurteilt Gegen zum [[Exil]] und ordnet die Zerstörung der ''Voyager'' und die Internierung der Mannschaft an. Daraufhin widerruft Gegen seine Lehre und wird zur metallurgischen Analyse versetzt. Chakotay darf auf sein Schiff zurückkehren und ihr [[Territorium]] verlassen. Zum Abschied schenkt er Gegen noch eine Nachbildung der Erde, die dieser freudig annimmt. ({{VOY|Herkunft aus der Ferne}})
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