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→Delta-Quadrant
Bei seinem ersten [[Mission|Einsatz]] dient er auf einem [[Raumschiff]], welches den Erstkontakt mit den [[Tarkannaner]]n herstellen soll. Er hat dieses Volk gründlich [[Studium|studiert]] und nervt nun den Captain solange, bis dieser ihn in das [[Diplomatie|diplomatische]] Team aufnimmt. Als die Delegierten der Tarkannaner an Bord des Schiffes kommen, begrüßt er sie mit der [[:Kategorie:Gesellschaft und Kultur|traditionellen]] Geste für <q>Hallo</q>. Er streckt einen [[Arm]] aus, umschließt mit der anderen [[Hand]] dessen Handgelenk und lässt nun den Arm kreisen. Er weiß jedoch nicht, dass es für [[Geschlecht|Männer und Frauen]] unterschiedliche Gesten gibt. Somit hat er der [[Botschafter]]in der Tarkannaner einen <q>unsittlichen Antrag</q> gemacht. ({{VOY|Unschuld}})
Er nimmt auch an einer [[Ausgrabung]] auf [[Ktaria VII]] teil. Als Andenken an diese Mission, nimmt er einen Stein aus einer Grabstätte mit. Später erkannte er, dass es ein heiliger Stein war. Unwissentlich hatte er das Grab entweiht. ({{VOY|Das Unvorstellbare}})
Das letzte Mal, dass Chakotay das [[Sternenflottenhauptquartier]] besucht, ist der 3. März [[2368]]. Er legt an diesem Tag sein [[Offizierspatent]] nieder und beendet somit seine [[Karriere]] bei der [[Sternenflotte]]. ({{VOY|In Fleisch und Blut}})
== Delta-Quadrant ==
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Im Delta-Quadranten müssen er und seine Crew mit [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|der]] der [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] wegen hoher Verluste an Menschenleben und der Zerstörung des Maquisschiffes durch die [[Kollision]] mit der Raumstation des [[Fürsorger]]s zusammenarbeiten, um einen Weg zurück in den [[Alpha-Quadrant]]en zu finden.
Während Janeway sich mit Neelix über die [[Baneaner]] und [[Numiri]] unterhält, hat er das Kommando über die Brücke und ruft den Captain hinzu, als sich ein Patroullienschiff der Numiri nähert. Als wenig später die Numiri die ''Voyager'' angreifen, lässt er Torres ein Maquis-Manöver anwenden, um die [[Numiri Patroullienschiff|Patroullienschiffe der Numiri]] kampfunfähig zu schießen. ({{VOY|Die Augen des Toten}})
Nachdem die [[Sensor]]en der ''Voyager'' auf einem Planeten [[Element 247]] entdecken, leitet Chakotay das Außenteam, welches Proben dieses Elements sammeln soll. Dabei entdecken sie eine große Anzahl an Leichen. Chakotay empfiehlt daraufhin die Totenruhe zu wahren und die Leichname nicht zu scannen, sondern nur visuell zu analysieren. Nachdem sich eine Subraumvakuole bildet, lässt er dennoch scannen. Durch diese Vakuole kann Harry Kim nicht mit dem restlichen Außenteam hochgebeamt werden. Stattdessen wird der Körper von Ptera materialisiert, welche vom Doktor wiederbelebt werden kann. Nachdem Torres eine Möglichkeit findet, Kim mithilfe von Ptera zurückzuholen, weist er sie in den Gebrauch eines Subraumtransponders ein. ({{VOY|Das Unvorstellbare}})
Als sich kurze Zeit später ein Raumschiff von [[Sikaris]] nähert und einen [[Notruf]] aussendet, ruft er Janeway auf die Brücke. Später ist er auch bei der Lagebesprechung wegen der sikarianischen [[Raumtrajektor|Trajektortechnologie]] anwesend und weist auf die Möglichkeit hin, dass man die Trajektormatrix nach 30.000 Lichtjahren rekonfigurieren könnte, um nach Hause zu gelangen. Nachdem Janeway klar wird, dass [[Gathorel Labin]] nie vorhatte, ihnen die Trajektortechnologie zu überlassen, befiehlt sie Chakotay die Besatzung auf das Schiff zurückbeamen zu lassen. Chakotay informiert sie darüber, dass es Stunden dauern wird, da ihre Besatzungsmitglieder über beide Hemisphären von Sikaris verstreut sind. ({{VOY|Das oberste Gesetz}})
Auch wenn er nicht immer dieselbe Meinung wie [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] hat, wird er im Laufe der Zeit zum engsten Vertrauten des Captains.
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{{alt|In einer [[Alternative Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] übernimmt Chakotay [[2378]], nachdem [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] zu Beginn des [[Jahr der Hölle|Jahres der Hölle]] getötet worden ist, das Kommando über die ''Voyager'' und wird zu ihrem [[Captain]]. ({{VOY|Temporale Sprünge}})}}