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Als der Kortikalknoten von Seven of Nine versagt, will Captain Janeway in einem Borgtrümmerfeld einen neuen besorgen. Chakotay, Tuvok und Paris äußern dabei ihre Bedenken und setzen durch, dass der Pilot und der taktische Offizier den Captain begleiten. ({{VOY|Unvollkommenheit}})
Nachdem [[Tabor ]] bewusstlos auf dem Holodeck entdeckt wird, fragt der Doktor, ob er in den letzten Wochen an Außenmissionen teilgenommen und dabei gefährlichen Substanzen ausgesetzt war. Chakotay sieht daher Tabors Dienstplan ein. Kim findet unterdessen heraus, dass Jemand die Sensorlogbücher des Holodecks manipuliert hat, was Chakotay dem Captain mitteilt. Anschließend macht er eine Diagnose der internen Sensoren des Schiffs. Wenig später finden sie Jor bewusstlos im Kasino. Chakotay erkennt, dass alle Opfer ehemalige Maquis sind und informiert Janeway darüber. Daraufhin gehen die Maquis nur noch in Zweiergruppen durch das Schiff. Wenig später entdecken er und [[~/Person/VOY/7x04/1|eine Kollegin]] jedoch Chell allein im Flur. Dieser berichtet, dass Torres allein in Frachtraum 2 gegangen ist. Daraufhin schickt Torres seine Begleitung mit Chell mit und geht selbst dorthin. Er findet Torres bewusstlos vor und trifft Tuvok an, der meint, es sei eine heilige Zeit. Daraufhin greift dieser Chakotay an und betäubt auch diesen, ehe er die Sicherheit zu Hilfe rufen kann. Er macht eine Gedankenverschmelzung mit Chakotay, durch welche dieser ins Koma fällt. Nach 29 Stunden erwacht er wieder und erfährt von Janeway, dass sie nicht wissen, warum sie sich erholt haben. Sie zeigt ihm auch den Brief, welchen Tuvok erhielt und in dem eine Nachricht versteckt war, die Tuvoks neurale Bahnen beeinflussen sollte. Er erkennt den Mann auf der Aufzeichnung: Es ist [[Teero Anaydis]],ein bajoranischer [[Vedek]] im Maquis, der hinausgeworfen wurde, weil er Gedankenkontrolle zur Agentengewinnung einsetzen wollte. Chakotay erwähnt auch, dass Teero drohte, sich zu rächen. Als er mit Seven of Nine in der Astrometrie arbeitet wird er von Tuvok gerufen, der ihm die bajoranische Beschwörung nennt. Daraufhin verlässt Chakotay zielstrebig die Astrometrie und aktiviert bei den anderen Maquis durch Aufsagen der Beschwörungsformel eine Konditionierung. Dadurch meutern die Maquis und versuchen das Schiff zu übernehmen. Chakotay bringt Janeway selbst in die Arrestzelle. Dort schließt sich ihm Tuvok an. Anschließend lässt er Kurs auf einen Planeten der M-Klasse setzen, um die Sternenflottencrew aussetzen zu können. Um Tuvoks Loyalität zu testen, lässt er Captain Janeway hereinbringen und gibt dem Vulkanier einen Phaser und sagt ihm, dass dieser auf "Töten" gestellt ist. Tuvok feuert den defekten Phaser ab und Janeway bleibt unverletzt. Chakotay ist nun von Tuvoks Loyalität überzeugt, jedoch betäubt ihn der Vulkanier, sobald sie allein auf der Brücke sind und initiiert eine Gedankenverschmelzung. Dadurch wird Teeros Kontrolle über Chakotay gebrochen und die Rebellion endet. Anschließend besucht er mit einem großen Teil der Crew das Holodeck und sieht dort einen Film. ({{VOY|Verdrängung}})
Nachdem das MHN vom Schiff gestohlen wird, nimmt die ''Voyager'' die Verfolgung eines Händlers auf, der zum Zeitpunkt des Diebstahls an Bord gewesen ist. Als die Warpspur plötzlich endet, fragt Chakotay Tuvok nach der Ursache. Man findet die Warpspur jedoch wieder und folgt ihr. Als man Gars Schiff erreicht, schlägt Chakotay einen Überraschungsangriff vor, dem Janeway zustimmt. Er beamt mit Torres an Bord des Hospitalschiffs und befreit den Doktor. ({{VOY|Kritische Versorgung}})
Chakotay nimmt an einer Besprechung der Führungsoffiziere mit dem Hologramm von [[Reginald Barclay (Hologramm 2377)|Reginald Barclay]] teil, welches die Sternenflotte scheinbar mit dem Datenstrom zur Voyager geschickt hat und das der Crew eine Heimkehrmöglichkeit offeriert. Nachdem man Kurs auf die geodätische Falte setzt, befiehlt er der Astrometrie die verbesserten Schilde zu aktivieren. ({{VOY|Eingeschleust}})
Als das Schiff von den [[Lokirrim]] angegriffen wird, stellt Chakotay fest, dass diese mit einer Art photonischem Disruptor auf ihre Holodecks feuern. Nachdem der Angriff abgewehrt wurde, schaltet er auf Janeways Befehl die Holodecks ab, um die Lokirrim zu einem Kompromiss zu bewegen. Als man wenig später versucht den Doktor, Kim und Seven of Nine zu befreien, deaktiviert er die Schilde des lokirrimischen Schiffes. Nachdem ein erster Befreiungsversuch scheitert, kontaktiert er Seven direkt über ihre Implantate und veranlasst sie den Doktor zu aktivieren. Dadurch kann der Kampf letztlich zugunsten der ''Voyager'' entschieden werden. ({{VOY|Körper und Seele}})
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