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Als sich kurze Zeit später ein Raumschiff von [[Sikaris]] nähert und einen [[Notruf]] aussendet, ruft er Janeway auf die Brücke. Später ist er auch bei der Lagebesprechung wegen der sikarianischen [[Raumtrajektor|Trajektortechnologie]] anwesend und weist auf die Möglichkeit hin, dass man die Trajektormatrix nach 30.000 Lichtjahren rekonfigurieren könnte, um nach Hause zu gelangen. Nachdem Janeway klar wird, dass [[Gathorel Labin]] nie vorhatte, ihnen die Trajektortechnologie zu überlassen, befiehlt sie Chakotay die Besatzung auf das Schiff zurückbeamen zu lassen. Chakotay informiert sie darüber, dass es Stunden dauern wird, da ihre Besatzungsmitglieder über beide Hemisphären von Sikaris verstreut sind. ({{VOY|Das oberste Gesetz}})
Zur Suche von Nahrungsmitteln führt Chakotay ein Außenteam auf einen Planeten. Nachdem Joe Carey ihm eine [[Kaylo]] zeigt, weist Neelix die beiden darauf hin, dass die Frucht giftig ist. Daraufhin gibt er Chakotay eine Leola-Wurzel zum probieren. Der Geschmack sagt Chakotay nicht zu. Nachdem die ''Voyager'' ein fremdes Raumschiff im Orbit entdeckt, erkundigt sich Janeway bei Chakotay, ob sie auf dem Planeten Besuch bekommen haben. Chakotay kann jedoch keine [[Lebenszeichen]] feststellen und lässt das Außenteam sich sammeln. Jedoch kann Seska nicht gefunden werden. Daraufhin macht sich Chakotay auf die Suche nach ihr, während der Rest des Außenteams aufs Schiff gebeamt wird. Er findet Seska schließlich in einer [[Höhle]], in der Nähe der Kazon. Sie werden von zwei Kazon überrascht. Sie können die Kazon betäuben, jedoch wird auch Chakotay von diesen niedergeschossen. Seska lässt sie daraufhin raufbeamen. Nach seiner Verletzung erholt sich Chakotay in seinem Quartier. Dabei wird er von Seska mit [[Pilzsuppe]] bewirtet. Jedoch verzichtet er auf diese, als er erfährt, dass sie die Zutaten aus Neelix' [[Küche]] gestohlen hat und streicht für alle Beteiligten, auch sich selbst zwei Tage lang die [[Replikator]][[Ration|rationen]]. Als kurze Zeit später ein Kazon-Schiff einen [[Notruf]] aussendet, führt Chakotay das Außenteam an. Dieses entdeckt, dass Jemand Föderationstechnologie an die Kazon übergeben hat. Nachdem sie den einzigen Überlebenden auf die Krankenstation gebracht haben, bespricht Chakotay die Situation mit Janeway und Tuvok. Tuvok verdächtigt Seska, die Technologie übergeben zu haben, woraufhin Chakotay betont, dass ihre Schuld nicht bewiesen ist. Es wird beschlossen, dass ein Außenteam die Technologie bergen soll. Chakotay beordert Seska nicht ins Außenteam, woraufhin sie ihm wutentbrannt entgegnet, dass er ihr damit vor der Mannschaft das Misstrauen ausgesprochen habe. Seska widersetzt sich jedoch dem Verbot und begibt sich auf das Kazon-Schiff. Nachdem sie beim Versuch die Konsole zu bergen verletzt und auf die Krankenstation gebeamt wird, begibt sich Chakotay umgehend dorthin. Da die Transmission in den Maschinenraum zurückverfolgt werden kann, wird Lt. Carey von ihm, Janeway und Chakotay befragt. Er wird bis zum Ende der Untersuchung in seinem Quartier bleiben. Als Janeway Careys hervorragende Personalakte hervorhebt und Seskas feindliche Einstellung zur Föderation dem gegenüberstellt, wirft Chakotay ein, dass er selbst der Föderation auch die letzten Jahre feindlich gegenüber stand. Nachdem der Doktor feststellt, dass Seska alle [[Bajoraner|bajoranischen]] Blutfaktoren fehlen und ihre [[Physiologie]] [[Cardassianer|cardassianisch]] zu sein scheint, will er vor einer offiziellen Beschuldigung, mit Seska sprechen. Diese erklärt ihre physiologischen Besonderheiten mit der Orkettschen Krankheit. Sie sei durch die [[Knochenmark]]spende einer Cardassianerin gerettet worden. Außerdem beteuert sie ihre Gefühle für Chakotay. Er deutet an, dass Tuvok alle Spuren verfolgen wird, um den Verräter zu finden. Nach dem Verlassen der Krankenstation, meint er zu Tuvok, dass sie nur noch hoffen können, dass jemand den [[Köder]] schnappt. Während der Wartezeit spielt er mit Tuvok [[Gin-Rommé]]. Nachdem der Täter auf die Materialdatenbank mit Seskas Sicherheitscode zugreift, ist sich Chakotay noch nicht sicher und verfolgt den Sicherheitscode zur Konsole auf der Krankenstation zurück und entlarvt so Seska als Verräterin. Daraufhin konfrontiert er sie mit dieser Information. Seskas offenbart sich als cardassianische Agentin und bezeichnet ihn als Narren, ehe sie sich auf ein Kazon-Schiff beamt. Chakotay spricht mit Tuvok im Kasino und fragt ihn, ob er nachlässig war. Tuvok meint, dass seine Wachsamkeit immer angemessen war und Seska auch ihn getäuscht hat. Chakotay ist mit dieser Antwort zufrieden und erläutert Tuvok, dass geteiltes Leid, halbes Leid ist. ({{VOY|Der Verrat}})
Nachdem Harry Kim verschwindet, recherchieren Chakotay und Tuvok, was Harry zuletzt gemacht hat. Chakotay findet heraus, dass Harry Holodeckzeit gebucht hatte und er seither nicht mehr gesehen wurde. Da das Holodeck nicht gescannt werden kann, begibt er sich mit Tuvok dorthin. Sie begegnen dem Hologramm [[Freya]], welches sie zu [[König]] [[Hrothgar]] führt. Sie können den König überzeugen, die Nachtwache übernehmen zu dürfen. Ihre Analyse bringt Tuvok zu dem Gedanken, dass Harry möglicherweise in Energie umgewandelt wurde. Einige Momente später scannen er und Tuvok ein Objekt mit einem Durchmesser von einem Meter, [[Grendel]]. Als Grendel erscheint, verschwinden auch Chakotay und Tuvok. Nachdem der Doktor die Proben Grendel auf dem Holodeck übergeben hat, werden Chakotay und die beiden anderen Offiziere wieder freigelassen.({{VOY|Helden und Dämonen}})