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Als die von [[Tieran]]s Geist besetzte Kes [[~/Person/VOY/3x10/10|einen Botschafter]] der [[Ilari]] erschießt, schickt er Tuvok in den Transporterraum. Kurz darauf wird er von Kim informiert, dass ein Shuttle gestohlen wird. Er lässt dieses mit einem Traktorstrahl erfassen, jedoch kann es trotzdem entkommen. Er lässt einen Verfolgungskurs setzen, jedoch kann Paris das Shuttle nicht lokalisieren. Daraufhin wird eine Konferenz der Führungsoffiziere mit [[Demmas]], dem ältesten Sohn des [[Autarch]]en abgehalten. Als Tieran sie ruft und ihnen offenbart, dass er ihren Plan vorhergesehen hat, fragt Chakotay, weshalb er sie warnt. Bei einer Befreiungsaktion kann er mit Demmas, Janeway und Neelix in die Regierungshalle eindringen. Kes kann von Tierans Geist befreit und seine Anhänger können überwältigt werden. ({{VOY|Der Kriegsherr}})
Kurz darauf beobachtet man eine [[Supernova]]. Als der [[Stern]] explodiert applaudieren alle Offiziere auf der Brücke. Er wird bald darauf von Janeway informiert, dass Q in ihrem Quartier erschienen war und vermutlich wiederkommt. Er spricht nochmals mit Janeway und erfährt, dass er anfragte, ob er sich mit ihr paaren darf. Wenig später gerät das Schiff jedoch in die Schockwellen mehrerer Supernovä. Chakotay ruft den Captain daher auf die Brücke. Das Schiff gerät in die Schockwelle von drei Supernovä. Dabei wird Chakotay, wie auch andere Besatzungsmitglieder, leicht verletzt. Er befragt Q, weshalb es zu diesen Supernovas kommt. Sie berichtet, dass der Bürgerkrieg diese auslöst und auch ihre Kräfte beeinträchtigt. Chakotay schlägt vor, dass sie sich gegenseitig helfen. Sie fliegen in eine Supernova um ins Kontinuum zu gelangen. Dort befreien Chakotay, Tuvok und Paris mit den Nordstaaten-Q Q und Janeway. Nachdem ein Waffenstillstand ausgehandelt wurde, vereinigen sich Q und [[Q (weiblich)|Q]] und der Bürgerkrieg endet. Die Offiziere werden wieder auf die ''Voyager'' versetzt.({{VOY|Die "Q"-Krise}})
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