Mit Hilfe von Soval warnt Tucker Shran vor dem vulkanischen Angriff. Allerdings glaubt Shran Tucker nicht und er entführt Soval von Bord der Enterprise. Shran verhört Soval und Soval bestätigt ihm den Angriff auf Andoria. Als die ''Enterprise'' die Andorianer angreift, lässt Shran Soval wieder frei und Shran bittet Tucker, dass sich der ''Enterprise'' seiner Flotte anschließt. Es kommt kurz darauf zum Gefecht zwischen beiden Flotten, der [[Schlacht von Andoria]], welche sehr zu Ungunsten der Andorianer verläuft. Die ''Enterprise'' fliegt zwischen die Fronten um ein Gefecht zwischen beiden Völkern zu unterbinden. Die Vulkanier greifen auch die ''Enterprise'' an, doch Shran rettet diese. In der Zwischenzeit findet Captain Archer das [[Kir'Shara]], ein vulkanisches Heiligtum von [[Surak]]. V'Las versucht dieses zu verhindern und Archer gelingt es zusammen mit [[T'Pau]], die anderen Minister des Oberkommandos zu überzeugen, dass in Wirklichkeit V'Las für den Anschlag und den Angriff auf Andoria verantwortlich ist. V'Las wird verhaftet und der Angriff auf die Andorianer wird abgebrochen. T'Pau wird in Folge dieser Ereignisse zur Ministerin ernannt und das Oberkommando wird aufgelöst. Die Vulkanier versprechen sich von nun an nicht mehr in die Missionen der ''Enterprise'' einzumischen. ({{ENT|Kir'Shara}})

Eine Woche später befindet sich [[Emory Erickson]] an Bord, um einen neuen [[Subquanten-Transporter]] zu testen. Für den Test begibt sich die ''Enterprise'' in eine Region, welche [[die Öde]] genannt wird. Dort kommt es zu Anomalien und eine durchfliegt das Waffendeck und tötet Ensign [[Burrows]]. Es stellt sich aber heraus, dass die Anomalie in Wirklichkeit ein Transportersignal von Ericksons Sohn [[Quinn Erickson|Quinn]] ist. Erickson will in der Öde das Signal seines bei einem [[Transporterunfall]] verschollenen Sohns stabilisieren. Erickson bittet Archer um Hilfe und Archer hilft ihm seinen Sohn zu retten. Mit Archers und Tuckers Hilfe gelingt Erickson zwar, Quinns Signal zu stabilisieren, aber kurz darauf stirbt Quinn an den Folgen des Langzeittransports. ({{ENT|Daedalus}})

Wenig später kommen heimlich zwei [[Organier]] an Bord der ''Enterprise''. Einer von den Organier übernimmt den Körper von Reed und der andere den Körper von Mayweather, um das Verhalten der Menschen zu studieren. Zur selben Zeit infizieren sich Tucker und Sato während einer Außenmission mit einem unbekannten [[Silizium-Virus]]. Die beiden werden in die Dekontaminationskammer gebracht und die Organier beobachten, wie sich die Crew bei dieser gefährlichen Situation verhält. Der Organier im Körper von Reed glaubt, die Menschen verhalten sich nicht anders als die Klingonen oder [[Cardassianer]], doch der andere Organier bezweifelt dies und glaubt an Archer und seine Crew. Trotz der Nachforschungen kann Phlox und kein Heilmittel finden, ohne die beiden zu töten. Während die Organier die Crew beobachten, übernehmen diese auch kurzzeitig den Körper von Archer. Als Tucker und Sato im Sterben liegen, opfert sich Archer, um den beiden zu helfen, indem er sich selbst mit der Krankheit infiziert. Aufgrund seines selbstlosen Verhaltens helfen die Organier Archer und geben ihm ein Heilmittel für die Krankheit. Somit können die drei gerettet werden. Da aber die Organier ihre Erinnerungen verändern, kann sich kein Crewmitglied mehr an sie erinnern. ({{ENT|Beobachtungseffekt}})

[[Datei:Enterprise Columbia parallel.jpg|thumb|Die ''Enterprise'' und die ''Columbia'' im selben Warpfeld]]