Als die Sternenflotte [[2151]] schließlich, trotz der Einwände des Oberkommandos, ein [[Raumschiff]] für die [[Tiefenraum]]fahrt entwickelt und einsetzt, setzt das Oberkommando alles daran, die [[Mission]] der [[Enterprise (NX-01)|''Enterprise'' (NX-01)]] zu kontrollieren. So gelangt die Vulkanierin [[Subcommander]] [[T'Pol]] als Beobachterin an Bord. ({{ENT|Aufbruch ins Unbekannte, Teil I}})

Nachdem die ''Enterprise'' (NX-01) auf die ''[[Vahklas]]'' trifft, äußert Captain Jonathan Archer gegenüber deren Captain [[Tavin]] die Vermutung, dass dieser nicht zum Oberkommando gehört, was der Vulkanier sogleich bestätigt. ({{ENT|Die Verschmelzung}})

Des Weitern mischt sich Captain Archer in weitere Konflikte auf fremden Welten ein, was dem Oberkommando sehr missfällt. Als Anfang [[2152]] die [[Crew]] der ''Enterprise'' für die Vernichtung der [[Bergbau]]kolonie auf [[Paraagan II]] verantwortlich gemacht wird, sorgt das Oberkommando dafür, dass die Sternenflotte die Mission der ''Enterprise'' beendet. Auch nachdem Captain Archer [[Beweis|beweisen]] kann, dass in Wirklichkeit die [[Suliban]] für diesen Anschlag verantwortlich gewesen sind, will das Oberkommando trotzdem die Mission der ''Enterprise'' beenden, da sie die Menschen weiterhin für zu unreif halten, den Weltraum zu erforschen. Doch Subcommander T'Pol setzt sich für die Menschen und ihre Forschungsmission ein, da sie in dem Jahr auf der ''Enterprise'' die Menschen besser kennengelernthat, und die Sternenflotte setzt die Mission der ''Enterprise'' fort. ({{ENT|Die Schockwelle, Teil I|Die Schockwelle, Teil II}})

Mitglieder des Oberkommandos nehmen auch am [[Interstellares Austauschprogramm für Ärzte|Interstellaren Austauschprogramm für Ärzte]] teil. Einige [[Arzt|Ärzte]] nehmen auch an der [[Konferenz]] auf [[Dekendi III]] teil. Als bei T'Pol die [[Symptom]]e des [[Pa'nar-Syndrom]]s stärker werden, versucht sich [[Doktor]] [[Phlox]] an die vulkanischen Ärzte zu wenden. Doch diese weigern sich, Phlox zu helfen, da das Pa'nar-Syndrom beim Oberkommando als Stigma gilt, da diese [[Krankheit]] nur durch die verbotene [[Gedankenverschmelzung]] übertragen werden kann. Phlox wird deswegen sogar durch die Vulkanier verboten weiter an der Konferenz teil zu nehmen. Als die Vulkanier erfahren, dass T'Pol unter dieser Krankheit leidet, soll diese zurück nach Vulkan reisen, da sie dort für die verbotene Gedankenverschmelzung [[Urteil|verurteilt]] werden soll. Erst als das Oberkommando erfährt, dass bei T'Pol die Gedankenverschmelzung gegen ihren Willen durchgeführtworden ist, wird diese frei gesprochen. ({{ENT|Stigma}})

Während es zu einem weiteren Konflikt zwischen den Andorianern und den Vulkaniern auf Weytahn kommt, fordert der Andorianer [[Shran]] Captain Archer als neutralen Vermittler, da er den Menschen vertraut. Obwohl das Oberkommando nicht davon begeistert ist, dass die Menschen als Vermittler fungieren, müssen diese Archer in ihren Konflikt mit einbeziehen. Durch die Vermittlung von Archer wird ein [[Waffenstillstand]] zwischen den Vulkaniern und Andorianern verhandelt. ({{ENT|Waffenstillstand}})

Als die Erde [[2153]] von einer [[Xindi-Sonde]] angegriffen wird, sind die Vulkanier dagegen, dass die ''Enterprise'' in die [[Delphische Ausdehnung]] fliegt, da die Vulkanier einen weiteren Angriff der [[Xindi]] für unwahrscheinlich halten. T'Pol will auf der ''Enterprise'' bleiben, um Captain Archer bei der Kontaktaufnahme mit den Xindi zu helfen. Doch das Oberkommando duldet dies nicht und T'Pol ist gezwungen, ihren [[Dienststellung|Posten]] beim Oberkommando niederzulegen, um an Bord der ''Enterprise'' bleiben zu dürfen. ({{ENT|Die Ausdehnung}})

Nachdem es Archer gelungen ist, in Kontakt mit den Xindi zu treten und zu verhindern, dass die [[Sphärenbauer]] die Erde vernichten, bedankt sich der vulkanische Botschafter [[Soval]] bei Captain Archer für diesen Einsatz. Soval hat nämlich erfahren, dass die Sphärenbauer den Weltraum verändern und diesen so für jede [[Lebensform]] unbewohnbar machen und dass eines Tages auch Vulkan davon betroffen wäre. ({{ENT|Zuhause}})

[[2154]] beginnt das Oberkommando mit der Unterdrückung der [[Syrrannit]]en. [[Administrator]] [[V'Las]] lässt einen Anschlag auf die irdische [[Botschaft]] auf Vulkan verüben und hinterlässt gefälschte [[Beweis]]e, die auf die Syrranniten hindeuten sollen. Captain Archer und seine Crew untersuchen diesen Vorfall auf Vulkan. Zur selben Zeit lässt das Oberkommando das [[T'Karath-Heiligtum]] im [[Glühofen]] bombardieren, in dem sich das Lager der Syrranniten befindet. Zu der Zeit finden Archer und T'Pol auf Vulkan Beweise, dass die Syrranniten nichts mit dem Anschlag zu tun haben. Auch an Bord der ''Enterprise'' finden Botschafter Soval und [[Commander]] [[Charles Tucker III|Charles Tucker]] Beweise, dass in Wirklichkeit das Oberkommando für diesen Anschlag verantwortlich ist. Als die beiden sich darauf mit Administrator V'Las in Verbindung setzen, [[Befehl|befiehlt]] V'Las Tucker, dass dieser mit der ''Enterprise'' den [[Orbit]] von Vulkan verlassen soll, oder die ''Enterprise'' wird angegriffen. V'Las nutzt den Angriff auf die Syrranniten als Ablenkung für seine wahren Pläne; er will die Andorianer angreifen. Inzwischen warnen Tucker und Soval Shran und die Andorianer vor einem Angriff der Vulkanier. Auf Vulkan gelingt es Archer mit den Syrranniten das [[Kir'Shara]], ein Heiligtum mit den wahren Lehren [[Surak]]s zu finden. Diese Lehren der Friedfertigkeit bringt Captain Archer zum Oberkommando, doch V'Las sieht eine Gefahr in diesen Lehren und will das Kir'Shara vernichten. Doch [[Minister]] [[Kuvak]] kann dies gerade noch verhindern und V'Las wird seines Amtes enthoben. Kuvak lässt sofort den Angriff auf die Andorianer abbrechen. Nach dieser [[Vulkanische Reformation|Reformation]] wird das vulkanische Oberkommando in seiner bisherigen Form aufgelöst. Die Vulkanier bilden mit Kuvak und der Syrrannitin [[T'Pau]] eine neue Regierung, welche sich nun auch nicht mehr in die Belange der Menschheit einmischt und der Menschheit ihren eigenen Weg gehen lässt. ({{ENT|Der Anschlag|Zeit des Erwachens|Kir'Shara}})

Durch die Umstrukturierung der Regierung kann die Ministerin T'Pau vorerst nur 23 Schiffe schicken, um während der [[Marodeur-Krise]] das [[romulanisches Drohnenschiff|romulanische Drohnenschiff]] aufzuspüren. ({{ENT|Babel|Vereinigt}})

Der Vulkanier [[Lorot]], ein Mitglied des Oberkommandos, wird von den [[Borg]] [[Assimilation|assimiliert]]. ({{VOY|Das Vinculum}})

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