[[2308]] wurde Bajor von den [[Cardassianer]]n [[Cardassianische Besetzung von Bajor|besetzt]]. Ihre blutige Unterdrückungspolitik führte zum [[Bajoranischer Widerstand|bajoranischen Widerstand]], der mit Guerilla- und Sabotage-Aktionen [[2369]] die Unabhängigkeit erkämpfte. (''[[{{TNG]]: "[[|Fähnrich Ro]]"}}; [[{{DS9]]: "[[|Der Abgesandte, Teil I|Der Abgesandte]]", "[[|Die Khon-Ma]]"''}})

Nach dem Abzug der [[Cardassianer]] von Bajor im Jahr [[2369]] bildete sich die [[Bajoranische provisorische Regierung|Provisorische Regierung]], die in den folgenden Jahren die Entscheidungen traf. Ihre erste Krise erlebte die neue Regierung bereits knapp ein Jahr nach ihrer Installation, als einer ihrer führenden Minister, [[Jaro]], mit Hilfe einer Untergrundorganisation, genannt der [[Kreis]], kurzzeitig die Macht übernahm und die Kontakte zur [[Föderation]] abbrach. Diese Revolte wurde jedoch mit Hilfe von [[Commander]] [[Benjamin Sisko]] fast unblutig niedergeschlagen. (''[[{{DS9]]: "[[|Der Abgesandte, Teil I]]", "[[|Die Heimkehr]]", "[[|Der Kreis]]", "[[|Die Belagerung]]"''}})

[[2370]] starb der Premierminister; [[Kai]] [[Winn Adami]], religiöse Führerin von Bajor, übernahm für kurze Zeit seine Aufgaben, was nicht nur Sisko missfiel, da ihre Rolle während des Kreis-Putsches ungeklärt war und ihr Einverständnis für eine Mitgliedschaft Bajors in der Föderation nie besonders groß war. Aus den folgenden Wahlen ging der ehemalige Widerstandskämpfer [[Shakaar Edon|Shakaar]] als neuer Premier hervor. Er und seine Regierung forcierten die Bemühungen um eine Aufnahme Bajors in die Föderation. (''[[{{DS9]]: "[[|Das Baby]]"''}})

[[2373]] sollte Bajor aufgenommen werden. Als Sisko jedoch forderte, Bajor müsse damit noch warten, zog Shakaar den Antrag einstweilen zurück. Zu Beginn des [[Dominion-Krieg]]es schloss Bajor einen [[Nichtangriffspakt]] mit den [[Gründer]]n, um nicht zwischen die Fronten zu geraten. Die Rückeroberung von [[Deep Space 9]] durch die Föderation und die [[Klingonen]] führte jedoch zu dessen Aufhebung und zu einem Kriegseintritt auf Seiten der Föderation. (''[[{{DS9]]: "[[|Heilige Visionen]]"''}})