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Wenig später beamt sie mit Captain Janeway, eine Probe aus einem Protostern mit ungewöhnlicher, photonischer Aktivität in einen Probenbehälter im Maschinenraum. Für die Analyse der Proben, bittet sie um die Unterstützung von Harry Kim. Jedoch kann der Computer Harry nicht auf dem Schiff lokalisieren. Während daraufhin Chakotay und Tuvok Kim auf dem Holodeck suchen, überwacht Torres mit Captain Janeway die Holodeckkontrollen von der Brücke aus. Als die Holofigur [[Grendel]] erscheint, ist Torres jedoch nicht in der Lage, sie mit dem Transpoter zu erfassen. Bei der Analyse dieses Vorfalls, kommt Torres zu dem Schluss, dass in den [[Materieumwandlungsknoten]] eine Fehlfunktion vorhanden ist. Nachdem der Doktor auf dem Holodeck mit einem Trikorder Daten über das Phänomen gesammelt hat, welches für das Verschwinden der Offiziere verantwortlich ist, analysiert sie diese. Ebenfalls untersucht sie eine Probe der Materie des Protosterns. Diese zeigt dabei Eigenschaften einer intelligenten Lebensform und entkommt. Zusammen mit Janeway und dem Doktor erkennt sie, dass die Lebensform ihre Offiziere gefangen genommen hat, um die Freilassung der Proben zu erlangen. Nachdem der Doktor die Proben an die Lebensform übergeben hat, ortet sie auf der Brücke die Lebenszeichen der drei freigelassenen Offiziere. ({{VOY|Helden und Dämonen}})
Nachdem Chakotay bei einer Außenmission schwer verletzt wird und ihm alle neurale Energie entzogen wird, muss er auf der Krankenstation behandelt werden. Torres benutzt daraufhin ein [[Medizinrad]], um ihm zu helfen. Als sie dabei einen Stein so setzt, dass er Chakotay in das Gebirge der Antilopenfrau führen würde, bemerkt der Doktor dies und korrigiert sie. Als das Schiff wenig später eigenmächtig den Kurs ändert, analysiert sie die Situation und meldet Captain Janeway, dass Tom Paris in der Nähe der Navigationskontrollen war, als dies geschah. Wenig später wird der Warpkern abgeschalten und Captain Janeway kommt in den Maschinenraum und verlangt von Torres eine Erklärung. Diese kann sich jedoch nicht daran erinnern, den Kern ausgestoßen zu haben. Nach eine Untersuchung durch den Doktor stellt sich heraus, dass eine fremde Hirnwelle sie zu diesem Zeitpunkt kontrollierte. Um weitere Manipulationen zu verhindern, werden die Kommandocodes auf den Doktor transferiert, während Torres, Tuvok und Janeway versuchen den Warpantrieb wieder in Funktion zu bringen. Gleichzeitig sucht man nach einer Möglichkeit den Eindringling zu lokalisieren. Torres schlägt dazu einen Magnetonblitzscan vor. Nachdem das Wesen mehrfach versucht das Kommando auf dem Schiff zu übernehmen, ruft sie Captain Janeway in den Maschinenraum. Sie berichtet ihr, dass die Sensorlogbücher absichtlich gelöscht wurden und das Shuttle nicht angegriffen, sondern von einer Energienetladung aus dem Nebel selbst beschädigt wurde. Als Tuvok daraufhin das Kommando über die Brücke übernimmt, stellt sich heraus, dass dieser von den Komar kontrolliert wird. Bald darauf wird auch Torres besetzt und stößt den Warpkern aus. Dadurch wird Janeway bewusst, dass Commander Chakotay Torres kontrolliert haben muss, da Torres keine Kommandoautorisation hat, um den Kern auszustoßen. Nachdem es gelingt die Komar zu vertreiben, wird Chakotays Bewusstsein wieder in seinen Körper integriert. Torres ist mit Janeway und dem Doktor auf der Krankenstation, als dieser wieder zu sich kommt und von seinen Erlebnissen berichtet. ({{VOY|Bewußtseinsverlust}})
Bei einer späteren Gelegenheit wird B'Elannas von einem [[Vidiianer|vidiianischen]] [[Wissenschaftler]] namens [[Sulan]] [[Entführung|entführt]], der hofft, im klingonischen Anteil ihres [[Gen]]oms ein [[Heilmittel]] gegen die [[Fresszelle]] zu finden. Dazu trennt Sulan ihre klingonische von ihrer menschlichen [[DNA]]. Es entsteht eine rein menschliche und eine rein klingonische B'Elanna. Die Klingonin kann fliehen und trifft auf den Menschen B'Elanna. Sie geraten in Streit darüber, wie man nun vorgehen soll. Sie erkennen aber, dass sie nur entkommen können, wenn sie zusammenarbeiten. Als sie einen [[Alarm]] auslösen, stellt sich die Klingonen vor ihre menschliche Seite und wird [[Tod|getötet]]. [[Der Doktor]] fügt nach B'Elannas Befreiung die klingonische DNA wieder in die [[Zelle (Biologie)|Zellen]] des Menschen B'Elanna ein, da sie ohne diese nicht überleben würde. Torres meint im Rückblick, sie habe sich nie so mit sich im Reinen gefühlt, wie in der Zeit als Mensch, aber auch bemerkt, dass sie so unvollkommen ist. ({{VOY|Von Angesicht zu Angesicht}})