In zahlreichen Episoden und Filmen werden Themen wie [[Vorurteil]]e, [[Krieg]], [[Rassismus]], [[Sexismus]], [[Menschenrechte]], [[Religion]], [[Justiz]], [[Diplomatie]], [[Wissenschaft|wissenschaftliche]] [[Ethik]], kulturelle Unterschiede und die damit verbundenen Komplikationen, soziale UngleichheitKonflikte, Ausbeutung und Unterdrückung, [[Profit]]streben oder problematische gesellschaftliche und [[Politik|politische]] Konventionen und Praktiken behandelt. Diese Motive spielen häufig eine Schlüsselrolle in Konflikten innerhalb des Star-Trek-Universums. Das betrifft sowohl Konfrontationen zwischen Gruppen als auch Gewissenskonflikte einzelner Individuen. Oftmals nehmen die Star-Trek-Macher hierbei einen humanistischen Standpunkt ein, indem sie die Hauptcharaktere, meist nach einer harten Auseinandersetzung mit ihren Kollegen oder sich selbst, letztendlich die richtige Entscheidung treffen lassen. Zumeist besteht die Aussage der Handlung darin, dass Menschen das Potenzial haben, sich zu entwickeln und mit Fehlern der Vergangenheit abzuschließen. Gelegentlich stehen die Hauptfiguren auch vor der Entscheidung, in Bürgerkriege oder ähnliche Auseinandersetzungen einzugreifen. In der Regel versuchen sie, für keine Seite Partei zu ergreifen.

Darüber hinaus vertritt Star Trek vertritt mit der utopischen Vision einer friedlich harmonisierenden Vereinten Föderation der Planeten mit über 150 Mitgliedswelten und etlichen Milliarden Individuen die idealisierte Vorstellung einer von Armut, Hunger und [[Krieg]] befreiten zukünftigen Gesellschaft.<ref>[http://de.wikipedia.org/wiki/Star_Trek#Idee_und_Grundkonzept Star Trek in der Wikipedia:] <q>Star Trek beschreibt eine utopische Zukunft, in der die Menschheit enorme soziale und technische Fortschritte erzielt hat. Erzählt werden die Geschichten von Schiffsmannschaften und Mitreisenden auf Raumschiffen und -stationen der militärischen und wissenschaftlichen Sternenflotte. Von besonderer Bedeutung ist die Errungenschaft des Warp-Antriebs, der die quasi-überlichtschnelle interstellare Raumfahrt und somit den Kontakt zu extraterrestrischen Spezies überhaupt erst ermöglicht. Darüber hinaus hat die Menschheit die meisten der heutigen Probleme, wie etwa soziale Ungleichheit, Rassismus, Intoleranz, Armut und Krieg, überwunden. Auch Kapitalismus und Geldfunktion existieren nicht mehr. Die Menschheit ist zu einer globalen Einheit herangewachsen und besiedelt über die Erde hinaus weitere Planeten. Dabei verfolgt sie das Prinzip der friedlichen Koexistenz mit anderen Lebensformen. In diesem Sinne schloss sie sich mit einer Vielzahl weiterer Spezies zur 2161 gegründeten Vereinigten Föderation der Planeten zusammen. Obwohl mit der Sternenflotte eine militärische Organisation herausgebildet wurde, gilt die friedliche Erforschung fremder Welten und Zivilisationen als Leitmotiv. Die Menschheit und die Föderation werden jedoch von anderen Spezies, die zumeist imperialistische Motive verfolgen, als Konkurrenz wahrgenommen, was zu neuen Kriegen führt.