Allerdings existiert seit der Gründung der Föderation eine geheime Unterorganisation Art Geheimbund namens [[Sektion 31]], dessen Mitglieder sich in vielen Teilen der Föderation und der Sternenflotte befinden. Ihre Existenz wird offiziell geleugnet und ist sogar in der Sternenflotte und der Regierung weitgehend unbekannt. Sie ist nicht an bestimmte Regelwerke gebunden die für den offiziellen Geheimdienst gelten. Ihre Arbeitsweise folgt dem Motto: ''"Alles Erdenkliche zu tun, um den Fortbestand der Föderation und ihrer Mitbürger zu sichern"''. Dabei schrecken ihre Mitglieder auch vor moralisch fragwürdigen Aktionen nicht zurück. ({{DS9|Inquisition|Unter den Waffen schweigen die Gesetze}})