Nachdem die ''Enterprise'' durch eine [[Delphische Anomalie|Anomalie]] schwer beschädigt worden ist, wird das Schiff von [[Räuber]]n angegriffen. Archer lässt die Spur des Schiffes der [[Osaarianer]] verfolgen und findet es bei einer [[Delphische Sphäre|Delphischen Sphäre]]. Mit einer Fähre fliegt ein Außenteam in die Sphäre. Zu dem Außenteam gehört auch Mayweather, welcher Hinweise über einer geklauten Xindi-[[Datenbank]] bei den Osaarianern findet. Das Außenteam findet außerdem einen großteil der geklauten Daten. Als die Osaarianer die ''Enterprise'' angreifen, gelingt es Hoshi Sato, eine Xindi-[[Datenbank]] vom Schiff sicherzustellen. ({{ENT|Die Anomalie}})

Durch diese Datenbank erhält Archer Informationen über einen Planeten, auf dem sich vor kurzem einige Xindi befunden haben. Archer, T'Pol, Reed und Sato erforschen diesen Planeten. Plötzlich mutiert die [[DNS]] des Außenteams. Alle mit Ausnahme vom Subcommander werden durch einen Virus in eine andere Spezies, genannt [[Loque'eque]], umgewandelt. Auch T'Pol wird von dieser Umwandlung betroffen, jedoch ist die Mutation bei ihr nicht so umfassend. T'Pol behält, entgegen dem Rest des Teams die Kontrolle über sich und informiert die ''Enterprise'' darüber. Zu der Zeit hat Mayweather das Kommando und er versucht zusammen mit Phlox und Tucker ein Heilmittel für die mutierten Crewmitglieder zu finden. Tucker begibt sich mit einigen MACOs in einem Raumanzug auf die Oberfläche und er nimmt Reed mit an Bord der ''Enterprise''. Da T'Pol gegen diesen Virus fast immun zu sein scheint, versucht Phlox mit Hilfe ihrer DNS ein Heilmittel zu finden. Plötzlich taucht ein fremdes Schiff auf und ihr Kommandant [[Tret]] warnt die ''Enterprise'' vor dem Virus auf der Planetenoberfläche und das sie jeden infizierten töten. Doch Phlox findet schließlich ein Heilmittel und kann somit das infizierte Außenteam zu heilen, bevor dieses von den Fremden getötet wird. Captain Archer übergibt Tret eine Probe von dem Heilmittel. ({{ENT|Transformation}})  Einige Zeit später flüchtet die Sklavin [[Rajiin]] von ihrem Besitzer und sucht Schutz auf der ''Enterprise''. Doch in Wirklichkeit hat Rajiin den Auftrag, anatomische Daten über die Menschen zu sammeln, damit die Xindi eine Biowaffe bauen können. Plözlich tauchen Schiffe der Xindi auf und die Reptilianer wollen Rajiin wieder zurückholen, was ihnen auch gelingt. Mayweather soll die Schiffe der Xindi verfolgen, doch diese verschwinden in einen [[Subraumwirbel]]. ({{ENT|Rajiin}}) Wenige Wochen später erhält die ''Enterprise'' einen Notruf vom vulkanischen Raumschiff [[Seleya|''Seleya'']]. Das Schiff ist in einem [[Asteroidenfeld]] mit hohen Trellium-D-Vorkommen gestrandet. Archer und ein Außenteam fliegen mit einer Fähre zum Schiff, um den Vulkaniern zu helfen. Zur selben Zeit versuchen Tucker und Mayweather einige Proben von dem Trellium-D an Bord zu beamen, doch diese Proben beschädigen den Transporter. Darauf fliegen Tucker und Mayweather auf einen der Asteroiden, um dort Proben zu sammeln. Der Asteroid gerät plötzlich in eine Anomalie und droht mit einem anderen Asteroiden zusammen zu stoßen. Im letzten Moment gelingt es Tucker und Mayweather mit der Fähre zu entkommen. Später kehrt auch Archer und sein Außenteam von der ''Seleya'' zurück. Doch das Trellium-D hat einen gefährlichen Einfluss auf die Vulkanier an Bord der ''Seleya'' und die Crew der ''Seleya'' kann nicht mehr gerettet werden. Kurz darauf wird die ''Seleya'' zerstörrt. ({{ENT|Impulsiv}}) Mayweather steuert die ''Enterprise'', als ein Außenteam mit einer Fähre [[Sphäre 2]] untersucht. ({{ENT|Exil}})