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[[Datei:Test der Xindi Waffe.jpg|thumb|Tucker, T'Pol und Phlox testen eine Waffe der Xindi.]]
Nach ihrer Genesung untersucht T'Pol die Anomalien in der Ausdehnung. Anhand der Vorkommnisse der Anomalien entdeckt sie eine [[Sphäre 2|weitere Delphische Sphäre]]. Die Analyseergebnisse lassen T'Pol vermuten, dass es noch weitere Spähren Sphären in der Ausdehnung geben muss. ({{ENT|Exil}})
Während Archer auf einer Kolonie nach den Ursprüngen der Xindi-Sonde sucht, übernimmt T'Pol das Kommando über die ''Enterprise''. Sie und Tucker untersuchen eine Handfeuerwaffe der Xindi und T'Pol rät Tucker zur äußersten Vorsicht bei dem Umgang mit der Xindi-Waffe. Diese jedoch überlädt sich nach ihrer Aktivierung und zerstört sich selbst. Tucker gelingt es, die Waffe im letzten Moment vor ihrer Explosion in den Weltraum zu beamen. Zur selben Zeit findet Archer auf der Oberfläche in dem [[Xindi-Arborealer]] [[Gralik Durr]] einen wertvollen Verbündeten. Dieser verspricht, etwas gegen den Bau der Super-Waffe zu unternehmen. ({{ENT|Die Ladung}})
[[Datei:T'Pol weint.jpg|thumb|T'Pol weint über den Verlust von Archer.]]
Schließlich erreichen sie nach mehreren Wochen Azati Prime, wo die [[Xindi-Superwaffe]] gebaut wird. Das System ist von einem undurchdringbaren [[Sensorengitter]] geschützt. Tucker und Mayweather erkunden das System mit einem geborgenen [[Insektoiden-Shuttle]] und finden schließlich die Waffe, welche auf einem Planeten unter [[Wasser]] gebaut wird. Archer beschließt, mit dem Shuttle in die Waffe einzudringen und sie von Innen heraus zu zerstören. Kurz vor der Mission bringt Daniels den Captain in die [[26. Jahrhundert|Zukunft]] und zeigt ihm dort die Auswirkungen der Spähren Sphären und dass die Xindi mit den Menschen zusammenarbeiten werden, um diese zu vernichten. Archer soll daraufhin mit den Xindi verhandeln und nicht sein eigenes Leben opfern. Um das von Daniels gesagte zu beweisen, gibt er Archer eine [[Xindi-Initiationsmedaille]] mit. Dieser hört jedoch nicht auf Daniels und begibt sich auf die [[Selbstmord]]mission. Der Captain überträgt das Kommando an T'Pol. Nachdem er sich von T'Pol verabschiedet hat, verliert diese ihre emotionale Kontrolle und beginnt über den bevorstehenden Tod ihres Freundes zu [[weinen]]. Nachdem Archers Mission gescheitert ist, wird er von den Xindi gefangen genommen und verhört. Als die Crew feststellen muss, dass die Mission wohl gescheitert ist, übergibt T'Pol das Kommando der ''Enterprise'' an Tucker und will mit den Xindi verhandeln. Sie will mit einer Fähre zu den Xindi fliegen. Als der Commander sie aufhalten will, reagiert sie ungewöhnlich aggressiv auf ihn. Das Streitgespräch der beiden wird jedoch von Lieutenant Reed unterbrochen, welcher T'Pol über den Anflug mehrerer Xindischiffe informiert. Diese greifen, ohne zu zögern, die ''Enterprise'' an. Im darauffolgenden Gefecht wird das Schiff schwer beschädigt und etliche Crewmitglieder kommen ums Leben. T'Pol kommandiert das Schiff in dieser aussichtslosen Situation. Letztendlich wird die ''Enterprise'' so schwer beschädigt, dass sie manövrierunfähig im Raum treibt. ({{ENT|Azati Prime}})
[[Datei:T'Pol auf der beschädigten Enterprise.jpg|thumb|left|T'Pol kommandiert die schwer beschädigte ''Enterprise''.]]
[[Datei:T'Pol beichtet Phlox.jpg|thumb|T'Pol beichtet Phlox ihre Sucht.]]
Die nächsten Tage leidet T'Pol unter den Entzugserscheinungen, während sich die ''Enterprise'' mit Degra trifft. Archer gelingt es schließlich, ihn davon zu überzeugen, dass die Beschützer der Xindi für den Bau der Spähren Sphären verantwortlich sind. Anhand der vorliegenden Beweise glaubt Degra dem Captain. Tucker macht Degra für den Bau der Xindi-Sonde, bei deren Angriff auch Tuckers Schwester [[Elizabeth Tucker|Elizabeth]] getötet worden ist, schwere Vorwürfe. T'Pol hilft dem Commander in dieser Zeit, seinen [[Schmerz]] zu verarbeiten und tröstet ihn. Degra schlägt zeitgleich vor, die ihm vorliegenden Beweise dem Xindi-Rat zu präsentieren, um so den [[Start]] der Xindi-Superwaffe zu verhindern. ({{ENT|Die Vergessenen}})
Während eines Fluges durch einen [[Subraumkorridor]], um sich mit Degra zu treffen, erscheint plötzlich eine zweite ''Enterprise''. Ihr Kommandant [[Lorian]] warnt Archer davor weiterzufliegen, da das Schiff ansonsten zurück in das Jahr [[2037]] geschleudert wird und in der Vergangenheit festsitzt. Er kommt an Bord des Schiffes und erzählt, was mit der anderen ''Enterprise'' geschehen ist. Es stellt sich heraus, dass Lorian der Sohn von Tucker und T'Pol ist. Sie kann es nicht glauben, dass sie und der Commander ein Paar geworden sind. Mit Hilfe der Daten der alten T'Pol, kann der [[Impulsantrieb]] so modifiziert werden, dass die ''Enterprise'' nicht in die Vergangenheit geschleudert werden wird. T'Pol trifft sich kurz darauf mit ihrem alten Ich. Diese berichtet ihr, dass sie durch den Einfluss des Trellium-D ihre Emotionen behalten wird und das dies unheilbar ist. Die alte T'Pol rät ihrem jüngeren Ich, sich Tucker anzuvertrauen, da dieser ihr helfen kann ihre Gefühle zu bewältigen. Später gelingt es der ''Enterprise'' durch den Korridor zu fliegen ohne in die Vergangenheit geschleudert zu werden. Das weitere Schicksal von Lorians ''Enterprise'' ist ungewiss. Kurz darauf trifft sich die Crew mit Degras Schiff. ({{ENT|E²}})