Wie schon beim letzten Film bedienten sich J.J. Abrams und seine Autoren bekannter Zitate und Elementen aus anderen Filmen und Serien des Star Trek Universums, beispielsweise der ''[[Sektion 31]]''. Das Ende des Films war zu einem großen Teil an das Ende von {{film|2}} angelehnt, nur dass diesmal Kirk und Spock die Rollen getauscht haben.

Obwohl es schon in {{film|11}} Klingonen ursprünglich gegeben hatte, fiel diese Szene, welche auf dem Gefängnisplaneten [[Rura Penthe]] spielt, dem Schneideraum zum Opfer, so dass erst in diesem Film Klingonen mit leicht erneuerter Maske zu sehen waren.