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Im [[Sternenflottenhauptquartier|Hauptquartier der Sternenflotte]] bekommen Spock und Kirk von [[Admiral]] [[Christopher Pike (Neue Zeitlinie)|Pike]] eine saftige [[Moralpredigt]], weil sie die oberste Direktive schon allein damit verletzt haben, dass sie die Bewohner des Planeten Niburu vor dem Untergang gerettet haben, obwohl sie den Planeten nur beobachten hätten sollen. Besonders James Kirk muss sich den Vorwurf gefallen lassen, die Konsequenzen seiner Handlungen zu ignorieren. Zur [[Strafe]] wird Spock auf ein anderes Schiff [[Versetzung|versetzt]] und Kirk soll zurück an die [[Sternenflottenakademie|Akademie]]. Restlos [[Depression|depremiert]] zieht sich Kirk in eine [[Bar]] zurück um seinen Frust durch [[Alkohol]] und [[Sex|Frauen]] zu erleichtern. Da stößt Pike zu ihm um ihm zu versichern, dass er immer noch fest an ihm glaube und sich für ihn vor dem [[Sternenflottenkommando|Oberkommando der Sternenflotte]] eingesetzt habe, sodass Kirk als erster Offizier unter Pike auf der ''Enterprise'' bleiben darf. In dem Moment bekommt Pike die Nachricht dass eine Sitzung der obersten Offiziere der Flotte einberaumt wurde.
Unter der Leitung von Admiral [[Alexander Marcus|Marcus]] soll über das Vorgehen nach dem [[Terroranschlag]] in London beraten werden. Marcus muss zugeben, dass der [[Attentat|Attentäter]], ein Mann nammes [[John Harrison]], einer der besten [[Agent]]en der Sternenflotte war. Kirk meldet sich als erster Offizier unter Christopher Pike zu Wort, da er nicht versteht, warum ein einfaches Archiv zerstört wurde. Als ihm laut der Gedanke kommt, dass das [[Protokoll]] vorsieht, dass sich nach so einem Anschlag alle Offiziere an einem bestimmten Ort treffen sollen, erscheint hinter ihnen ein kleines Schiff und eröffnet das Feuer. Hinter dem Steuer sitz Harrison. Kirk gelingt es, das Schiff zum [[Absturz]] zu bringen, doch Harrison schafft es, sich rechtzeitig wegbeamen zu lassen. Unter den Opfern dieses Anschlages ist auch Admiral Pike. Kurz vor seinem Tod gelingt es Spock noch mittels [[Gedankenverschmelzung]] seine letzten Gedanken zu erfahren. Kirk ist schockiert über den [[Tod]] seines [[Mentor]]s und will [[Rache]] nehmen. Durch [[Montgomery Scott (Neue Zeitlinie)|Scotty]] erfährt er, dass sich Harrison mittels der von ihm aufgestellten [[Transwarpgleichung]] nach [[Kronos (Neue Zeitlinie)|Kronos]] beamen konnte, der [[Klingone|klingonischen]] [[Heimatwelt]]. Kirk bittet Admiral Marcus um die Erlaubnis, Harrison verfolgen und ausschalten zu dürfen. Dazu möchte er umbedingt Spock wieder als seinen ersten Offizier haben. Der Admiral gesteht Kirk, dass Harrson Harrison kein Archiv sondern eine geheime Basis einer Organisation der Sternenflotte namens [[Sektion 31]] zerstört habe. Marcus, der glaubt, dass ein Krieg mit den Klingonen überfällig ist, gibt Kirk die Erlaubnis und obendrein noch 72 spezielle [[Torpedo]]s, mit denen Kirk Harrison vom [[Orbit|Planetenorbit]] aus beschießen soll.
==== Akt III: Die Rache ====
Auf dem Weg zur ''Enterprise'' bekommt Kirk noch einen neuen [[Wissenschaftsoffizier]] zur Seite gestellt: [[Doktor|Dr.]] [[Carol Marcus(Neue Zeitlinie)|Carol Wallace]]. Als Scotty gegen die neuen Torpedos protestieren will, fühlt er sich nicht ernst genommen. Er quittiert den Dienst und bittet Kirk als [[Freund]], die [[Waffe]]n nicht einzusetzen. Danach verlässt er das Schiff und Kirk macht den jungen [[Russland|Russen]] [[Pavel Andreievich Chekov (Neue Zeitlinie)|Pavel Chekov]] zu seinem Nachfolger am [[Maschienendeck]]. Als die ''Enterprise'' Kronos erreicht, kommt es zu einem Maschinenschaden, der das Schiff im feindlichen Gebiet stranden läßt. Kirk besteigt mit Spock und [[Nyota Uhura|Uhura]], die er wegen ihrer [[klingonisch]]en [[Linguistik|Sprachkenntnisse]] mitnimmt, ein [[Shuttle]] und steuert auf den Planeten zu. Dort kommt es zu einer [[Verfolgungsjagd]] mit den Klingonen. Uhura versucht auf klingonisch zu erklären, dass sie einen Mann jagen der ohne [[Ehre]] ist. Als einer der Klingonen sie jedoch stark bedroht, kommt es zu einem Feuergefecht. Plötzlich erscheint ein unbekannter Mann und beginnt selbst gegen die Klingonen zu kämpfen. Es ist Harrison. Als nur noch er, Kirk, Spock und Uhura übrig sind, verlangt Kirk von Harrison, sich zu ergeben, da er sonst seine Position mit Spezialwaffen beschießen lässt. Als Harrison erfährt, dass es 72 solcher Waffen sind, gibt er auf und lässt sich [[Festnahme|festnehmen]]. Doch zuvor lässt Kirk noch seine [[Wut]] an ihm aus, indem er ihn mehrmals schlägt, was ihm jedoch nichts ausmacht.
In der [[Arrestzelle]] der ''Enterprise'' erklärt Harrison dem wütenden Kirk seine [[Motiv]]e: er habe sich ergeben, weil es an Bord 72 Gründe dafür gebe. Er sei in Wirklichkeit ein [[Augment|genetisch verbesserter Mensch]], der vor 300 [[Jahr]]en [[Kryogenische Stasis|eingefroren]] wurde und den Admiral Marcus als Waffe gebrauchen will. Außerdem sei sein Name nicht John Harrison sondern [[Khan Noonien Singh (Neue Zeitlinie)|Khan]]. Und wenn er wissen wolle, warum er die [[Föderation]] angegriffen habe, solle er die Torpedos genauer untersuchen. Zusätzlich gibt er ihm [[Koordinaten]] in der Nähe des [[Jupiter]]s. Obwohl er ihm misstraut, will Kirk Antworten haben und schickt Dr. Carol Wallace, die in Wiklichkeit die Tochter von Admiral Marcus ist, mit einem dieser Torpedos von Bord um ihn zu untersuchen. Dabei kommt heraus, dass sich in diesem eine alte [[Stasiskapsel]] befindet. Khan erklärt Kirk, dass diese insgesamt 72 Personen seine [[Mannschaft]] sind, die er beschützen wolle. Der Böse sei nicht er, sondern in Wirklichkeit Admiral Marcus. Kirk bittet Scotty über [[Funk]] als Freund sich anzusehen, was sich bei den Koordinaten, die er von Kahn erhalten hat, befindet. Als Scotty dort ankommt, traut er seinen [[Auge]]n nicht.