Im Spiel geht es im allgemeinen darum die ISS ''Excelsior '' vor der Zerstörung zu bewahren und ihr auf ihrem Flug von Janus Vortex nach Janus Ultima zu helfen, so gut man kann. Es gibt insgesamt 19 Missionen, die alle auf [[TOS|Star Trek (Raumschiff Enterprise) ]] basieren, die Handlung wurde jedoch leicht verändert. Der Spieler selbst steuert nicht etwa ein grosses [[Raumschiff ]] (wie die [[USS Enterprise(NCC-1701)|''Enterprise'']]), er steuert nur einen kleinen [[Jäger ]] aus dem [[Hangar ]] der ''Excelsior''. 

Der Teaser beginnt mit einem Blick auf die [[USS Excelsior |USS ''Excelsior'']], welche gerade mit [[Maximum Warp ]] unterwegs ist nach Janus Vortex, um die ''Enterprise'', unter dem [[Kommando ]] von [[Commander ]] [[Pavel Chekov|Chekov]], und das Sternenflottenschiff [[Sternenflotte]]nschiff ''Ranger '' zu retten.

Da die ''Excelsior '' aber viel zu schnell fliegt, zersplittern von Zeit zur Zeit immer mehr [[Antimaterie ]]-Kristalle und als die [[Crew ]] endlich am Ziel ankommt ist nur noch ein Kristall übrig. Dieser zersplittert ebenfalls worauf die ganze [[Energie ]] ausfällt und die USS ''Excelsior '' zu treiben beginnt.

Doch das geschieht erst als die ''Excelsior '' schon in Janus Vortex eingedrungen ist und die USS ''Enterprise '' fast erreicht hätte. Durch die Wucht der letzten Antimaterie -[[Explosion ]] und die Tatsache, dass sie sich in einem Riss im Universum befinden wird die Crew der ''Excelsior '' ins [[Spiegeluniversum ]] transportiert.

Als nächstes bringt die ''Excelsior '' die Notenergie online und man sieht Commander [[Pavel Chekov (Spiegeluniversum)|Chekov]] auf dem [[Hauptbildschirm|Bildschirm]], der [[Captain ]] [[Hikaru Sulu |Sulu]] davon in Kenntnis setzt das , dass sein [[Verrat ]] augeflogen ist, kurz darauf wird die ISS ''Ranger '' von Chekov zerstört. Die Energie der ISS ''Excelsior '' kommt langsam wieder online, als man Sulu's Sulus Gsicht sehen kann, es sieht genau so aus, wie jenes vom [[Hikaru Sulu (Spiegeluniversum)|Spiegel-Sulu]].

Nach dieser Sequenz folgt der Vorspann ähnlich dem aus der Original Serie (TOS), nur mit der ''Excelsior '' als Raumschiff, [[George Takei']]s Stimme und anderer Musik.[[Kategorie:Spiel]]