Obwohl das Spiel Bezug auf viele Ereignisse des Star Trek Universums nimmt, gibt es einige Kanonverstöße im Spiel. Beispielsweise befehligt ein „Amiral“ „Admiral“ Kirk die [[USS Enterprise (NCC-1701-A)|''Enterprise''-A]]. Außerdem hält es die Chronologie nicht richtig ein. Im 22. Jahrundert gibt es dort bereits ein nicht kanonisches, aber offenkundiges Föderationsschiffe des späten 23. Jahrhunderts, ebenso tauchen auch Föderationsstationen des 23. Jahrhunderts als Vulkaniereinrichtungen auf.