Als die [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] im [[Delta-Quadrant]]en auf ein Vorkommen von Omega-Molekülen trifft, informiert Captain [[Kathryn Janeway]] ihre [[Führungsoffizier]]e über die Omega-Direktive, da ein [[Subraumkommunikation|Kontakt]] zur Sternenflotte nicht möglich ist. Wenig später verschafft sich ein Voyager-Außenteam in einer wissenschaftlichen Forschungsstation, die von einem Unfall mit Omega teilweise zerstört wurde, mithilfe von [[Phaser|Phasern]] gewaltsam Zugang zu den Omega-Molekülen ({{VOY|Die Omega -Direktive}}). Dazu hebt Janeway eigens für diese Mission die [[Oberste Direktive|Obersten Direktive]] der Nichteinmischung in die Entwicklung fremder Kulturen auf.

Die [[Borg]] sind über diese Direktive informiert, da sie Captains der Sternenflotte und damit deren Wissen [[Assimilation|assimiliert]] haben, zum Beispiel [[Locutus]] beziehungsweise [[Jean-Luc Picard]] ({{TNG|In den Händen der Borg}}). Seven of Nine bestätigt in einem Gespräch mit Captain Janeway, dass die Borg Kenntnis von der Omega-Direktive haben, nachdem Janeway Seven zu sich gerufen hat, da sie dies bereits vorausgeahnt hat. ({{VOY|Die Omega -Direktive}})