Änderungen
→Deep Space 9 und die Defiant
Es ist vor allem seinem technischen Sachverstand zu verdanken, dass die Station zum [[Bajoranisches Wurmloch|Bajoranischen Wurmloch]] verlegt werden kann, was der [[Föderation]] die Kontrolle über das [[Wurmloch]] sichert und einen strategischen Vorteil bedeutet. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I}})
Seine Versetzung auf Deep Space 9 verursacht alsbald einen heftigen Ehestreit mit seiner Frau Keiko, die sich auf der Station als Botanikerin nutzlos fühlt und die gemeinsame Tochter Molly nicht dort aufwachsen sehen will. O'Brien bietet Keiko an, sich versetzen zu lassen. Doch sie lehnt es ab, da ihr Mann in diesem Fall auf seine Beförderung verzichten müsse. Auch weitere Vorschläge, wie die Bepflanzung des Promenadendecks oder die Errichtung eines Arboretums, finden nicht ihren Zuspruch. ({{DS9|Unter Verdacht}})
Auf der von den Cardassianern sabotierten Station ist er eines der wichtigsten Besatzungsmitglieder. Bei der Reparatur der [[Replikator]]en aktiviert er jedoch versehentlich eine alte Falle des [[Bajoranischer Widerstand|Bajoranischen Widerstands]], durch den ein [[Aphasie-Virus]] freigesetzt wird, an dem er fast stirbt. ({{DS9|Babel}})