Bei diesem Guerillakrieg verübt der Maquis zwar hauptsächlich Anschläge auf das cardassianische Militär, kalkuliert wenn notwendig aber auch Opfer in der cardassianischen Zivilbevölkerung und der [[Föderation]] mit ein.

Bis [[2366]] herrschte zwischen der [[Föderation]] und der [[Cardassianische Union|Cardassianischen Union]] Krieg. [[2366]] wurde zwischen den zwei Mächten Frieden geschlossen. Bis [[2370]] wurde ein Vertrag ausgehandelt der entgültig die Grenzen zwischen der Föderation und der Cardassianischen Union festlegte. An der Grenze wurde eine [[Entmilitarisierte Zone]] (EMZ) eingerichtet. In dieser Zone war der Besitz von Waffen verboten. Nach dem neuen Vertrag fielen einige Welten der Föderation an die Cardassianer und einige Cardassianische [[Kolonie]]n an die Föderation. Auch die Siedler, ehemalige Amerikanische Ureinwohner, von [[Dorvan V]] sollten umgesiedelt werden. Aber sie weigerten sich und akzeptierten, dass sie nun den Cardassianern unterstellt waren. ({{TNG|Am Ende der Reise}})

Die erste große Angriff des Maquis war die Zerstörrung des cardassianischen Frachter [[Bok'Nor]]. [[Commander]] [[Benjamin Sisko]] und [[Lieutenant Commander]] [[Calvin Hudson]] versuchten herauszufinden wer hinter den Angriff auf die Bok'Nor steckte. Hudson war Sternenflotten-Attaché der Föderationskolonien in der [[Entmilitarisierte Zone|Entmilitarisierten Zone]]. In dieser Zeit fanden immer mehr Kämpfe zwischen den Kolonisten und den [[Cardassianer]]n Cardassianern statt. Die Kolonisten rüsteten alte Kurierschiffe auf und griffen Cardassianische Schiffe an. Später erhielt man auf [[Deep Space Nine]] eine Nachricht, von einer Gruppe, die sich Maquis nannte. Sie übernahmen die Verantwortung für die Zerstörrung der Bok'Nor. Sisko fand auch heraus, dass Hudson zum Maquis übergelaufen war. Der Maquis entführte auch [[Gul]] [[Dukat]]. Die [[Sternenflotte]] konnte ihn aber befreien. Nicht nur der Maquis rüstete in der EMZ auf, auch die Cardassianer. Der Maquis wollte ein cardassianisches Waffendepot auf der [[Bryma]] Kolonie vernichten. Um den Frieden mit den Cardassianern zu bewahren flog Sisko mit drei [[Runabout]]s dorthin, um den Maquis aufzuhalten. Der Maquisangriff wurde von Hudson geleitet. Der Maquis griff die Runabouts an. Die [[Liste der Föderationsraumschiffe|Föderationsschiffe ]] schossen zwei Maquis-Schiffe kampfunfähig. Hudson konnte auch zwei Runabouts kampfunfähig schießen. Am Ende konnte Sisko Hudson überzeugen, dass der Angriff sinnlos ist und es zu einem totalen Krieg zwischen der Föderation, den Cardassianern und dem Maquis kommt. Hudson brach darauf den Angriff ab und ließ seinen alten Freund Sisko ziehen.

Der Kampf zwischen dem Maquis und den [[Cardassianer]] ging weiter. Für den Cardassianischen Bereich der EMZ war [[Gul]] [[Evek]] verantwortlich und für den Föderationsbereich der EMZ war [[Vizeadmiral]] [[Alynna Nechayev]] verantwortlich. Beide Seiten unterwanderten den Maquis. Die Cardassianer unterwanderte den Maquis mit [[Seska]]. Die Föderation schickte z.B [[Tuvok]] und [[Ro Laren]] um den Maquis zu unterwandern. Während Ro Laren den Maquis unterwanderte begann sie für den Maquis zu sympathiesieren und schließlich lief sie zum Maquis über.({{TNG|Die Rückkehr von Ro Laren}})

Uns das war erst der Anfang immer mehr Sternenflotten Offiziere liefen zum Maquis über, darunter [[Commander]] [[Chakotay]] und [[Thomas Riker]]. Mitte [[2371]] gelang es Thomas Riker sogar die ''[[USS Defiant]]'' zu entführen. Aber Sisko konnte zusammen mit der Cardassianischen Regierung die Defiant zurück bekommen und Riker wurde von den Cardassianern verhaftet.

Für Sisko war es ein harter Schlag als sein Sicherheitschef [[Lieutenant Commander]] [[Michael Eddington]] [[2372]] zum Maquis über lief. Sisko sah das als Hochverrat an der [[Sternenflotte]] und nahm den Verrat als persönliche Angelegenheit. Er begann Eddington zu jagen.({{DS9|In eigener Sache}})

Mitte [[2373]] war der Maquis kurz davor, den Kampf gegen die [[Cardassianer]] zu gewinnen. Der Maquis hatte mit den [[Klingone]]n einen starken Allierten gefunden. Der Kampf gegen die Klingonen hatte die Cardassianer geschwächt, und die Klingonen versorgte den Maquis mit Waffen. Aber dann traten die Cardassianer dem [[Dominion]] bei. Innerhalb kürzester Zeit vernichteten die [[Jem'Hadar]] sämtliche Schiffe und Kolonien des Maquis. Die wenigen Überlebenden versteckten sich in den [[Badlands]].

Anfang [[2371]] wurde [[Chakotay]] von den Cardassianer Gul [[Evek]] verfolgt. Chakotay und seine Crew flohen mit ihrem Schiff in die Badlands als sie dann in den [[Delta-Quadrant]]en gezogen worden. [[Captain]] [[Kathryn Janeway]] bekam den Auftag mit der [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] nach dem Maquis zu suchen. In den Badlands wurde die Voyager auch in den Delta-Quadrant gezogen. Dort fanden sie die Maquis Crew. Janeway war gezwungen die Phalanx des [[Fürsorger]]s zu zerstören. Damit die Technologie nicht den [[Kazon]], einem einheimischen und agressiven [[Volk]], in die Hände fiel. Beim Kampf gegen die Kazon wurde das Maquisschiff zerstörrt. ({{VOY|Der Fürsorger, Teil I|Der Fürsorger, Teil II}})

Im gefährlichen Delta-Qudrant mußten beide Crews zusammen arbeiten. Es gab oft streiteren. Es kam einmal vor das [[Lieutenant]] [[B'Elanna Torres]] [[Lieutenant]] [[Carey]] die Nase brach. Später wurde sie trotz des Vorfalls Chefingenieur.({{VOY|Die Parallaxe}})

Für den Fall der Fälle bereitete der Sicherheitschef [[Lieutenant]] [[Tuvok]] ein Trainigsprogramm für den Fall einer Maquis Revolte vor. Er nannte das Programm "Rebellion Alpha". ({{VOY|Rebellion Alpha}})

Der Maquis selbst war der [[Sternenflotte]] und dem [[Cardassia]]nischen Millitär weit unterlegen. Aber der Maquis wusste um die Schwächen der Technologie und Taktiken der Föderation und nutzte diese geschickt aus. Sie infiltrierten und bestahlen föderative Einrichtungen.