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Nach der [[Scheidung]] von seiner [[Ehe]]frau, entschließt sich McCoy im Jahr [[2255]] zur [[Sternenflottenakademie]] zu gehen. Als sein Freund James Tiberius Kirk bei einem Sternenflottentest schummelt, impft McCoy ihn damit Kirk trotz seines Hausarrestes auf der Enterprise mitfliegen kann. Unter dem Kommando von Captain Spock wird er, nach dem im Kampf gegen Nero der 1. medizinische Offizier gefallen ist, zum Chefarzt ernannt. Er ist gegen die Entscheidung Spocks, Kirk auf Delta Vega auszusetzen. Später dient er als [[Chefarzt]] unter dem jungen [[Captain]] [[James Tiberius Kirk (Neue Zeitlinie)|James T. Kirk]] auf der [[USS Enterprise (Neue Zeitlinie)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701)]].({{film|11}})
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===Akademie===
McCoy kennt Kirk jetzt seit drei Jahren und ist von seiner Idee, nachdem er schon zwei Mal durch den [[Kobayashi-Maru-Test]] geflogen ist, diesen ein drittes Mal zu machen, nicht begeistert und erklärt seinem Freund, dass noch niemand diesen Test geschafft hat. Kirk ignoriert den Einwand lächelnd und meint nur, dass er jetzt noch lernen müsste, was McCoy mit einen Kommentar ab tut, da er weiß, das Kirk niemals lernt.
Am nächsten Tag sitzt er zusammen mit der Übungscrew im Simulator und gibt (genervt) die Ankunft mehrer klingonischer Warbirds weiter. Als Krik erwidert, dass dies kein Problem darstellt, tauchen noch mehr Warbirds auf. Da Kirk in diesem Moment aber noch keine Befehle, weder zur Flucht, noch zum Angriff, gibt, fragt McCoy fassungslos warum er so ruhig bleiben kann. Dann plötzlich fällt der Strom aus. Danach sind die Warbirds ohne Schutzschilde und somit wehrlos.
Nach der Anhörung, die damit endet, dass sämtliche Kadetten und Offiziere zu den Schuttlerampen gerufen werden; erfährt McCoy, dass er auf die Enterprise versetzt wurde. Auf den Weg zum Shuttle trifft er auf Kirk, der wegen der Manipulation und des noch nicht geklärten Falles zu Stubenarrest verdonnert wurde.
<br/>Um ihn auf ein Schiff zu bekommen, verabreicht ihn McCoy einen Impfstoff, damit Kirk die Symptome der Krankheit aufweißt und als medizinischer Notfall zählt. Diese List funktioniert, wobei McCoy Kirk auf der Enterprise angekommen mit einen Beruhigungsmittel außer Gefecht setzt.
===Vulkan===
Während der schiffsweiten Übertragung mit den Parametern der Mission schreckt Kirk auf und wird von den Nebenwirkungen des Impfstoffes gequält. McCoy versucht ihn zu behandeln, da Kirk aber gleichzeitig versuch das Schiff zu retten (da dieses in eine Falle fliegt), gestaltet sich dies sehr schwierig.
<br/>Nachdem Kirk auf die Brücke gerannt ist, versucht er diesen zurück zur Krankenstation zu bringen, wird aber von Captain Pike aufgehalten.
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