Auf dem Planet [[Camus II]] tauschen Kirk und Dr. [[Janice Lester]] ihre Körper. Die übrigen Mitglieder des Außenteams bekommen davon nichts mit. Lester/Kirk will auf diese Art Kontrolle über ''Enterprise'' erlangen. Währenddessen wird die bewusstlose Kirk/Lester auf die Krankenstation gebracht. McCoy will Kirk/Lester behandeln, aber da Lester/Kirk nicht aufliegen will, befiehlt der falsche Kirk, dass [[Arthur Coleman]], welcher in Lesters Plan eingeweiht ist, die falsche Lester behandelt. McCoy befolgt widerwillig den Befehl des falschen Kirks. Zur selben Zeit bemerken McCoy und die anderen Crewmitglieder ein seltsames Verhalten an Kirk. McCoy will darauf Kirk vollständig untersuchen, er kann allerdings nichts an ihm vorfinden. Spock führt zur selben Zeit eine Gedankenverschmelzung mit Lester durch und erkennt, dass sich Kirk in ihrem Körper befindet. Als Spock den falschen Kirk diesen Sachverhalt vorwirft, klagt Kirk Spock wegen Meuterei an. Damit Lester/Kirk das Kommando behalten kann, verurteilt er Spock und Kirk/Lester zum Tode und will beide hinrichten lassen. Das seltsame Verhalten des Captain verunsichert allerdings auch McCoy und Scott. Die beiden stimmen gegen den Captain und der falsche Kirk verurteilt auch McCoy und Scott zum Tode. Durch das seltsame Verhalten des Captains beginnen nun auch Sulu und Chekov zu meutern. Kurz vor der Hinrichtung gelangt Kirk wieder in seinem Körper und bekommt wieder die Kontrolle über die ''Enterprise''. Lester bricht darauf hysterisch zusammen und Coleman verspricht sich um sie zu kümmern. ({{TOS|Gefährlicher Tausch}})

Bei [[Questar M-17]] entdeckt die ''Enterprise'' ein [[Questar-M-17-Pod-Schiff|unbekanntes Schiff]]. Kirk beamt mit einem Außenteam, darunter auch McCoy an Bord. Dort angekommen stellt man fest, dass die Besatzung, das Schiff anscheinend selbst zerstört hat. Das Außenteam entdeckt, dass das Schiff von einem [[Körperloses Wesen|fremden Wesen]] übernommen worden ist. Das Wesen vernichtet das Schiff und im letzten Moment kann das Außenteam wieder an Bord der ''Enterprise'' gebeamt werden. Leider kommt auch das Wesen mit an Bord und übernimmt die Kontrollen über die ''Enterprise''. Kirk gelingt es darauf das Wesen zu überlisten und kann so die ''Enterprise'' retten. ({{TAS|Das körperlose Wesen}})

Spock erschafft bei der Untersuchung von [[Orion (Planet)|Orions]] Vergangenheit mit Hilfe des Wächters der Ewigkeit, eine [[alternative Zeitlinie]], in der Spock in jungen Jahren gestorben ist. In dieser Zeitlinie erkennt McCoy Spock nicht mehr. Spock muss die Zeitlinie korrigieren und er reist in die Vergangenheit um sein eigenes Leben zu retten. Als Spock darauf auf die ''Enterprise'' zurückkehrt, freut sich McCoy Spock wieder zusehen. ({{TAS|Das Zeitportal}})

Die ''Enterprise'' bekommt den Auftrag einen [[Sektor|Raumsektor]] zu untersuchen, in dem alle exakt 27,346 Jahre Raumschiffe verschwinden. Als der Moment gekommen ist empfängt die ''Enterprise'' ein Signal. Plötzlich beginnen sich alle Männer an Bord seltsam zu benehmen. Sie wirken verliebt und verträumt. Kirk setzt einen Kurs auf das [[Taurean-System]], wo das Signal herkommt. Kirk beamt mit einen Außenteam, zu dem auch McCoy gehört, auf den [[Taurus II (Taurean-System)|Planet]]. Auf dem Planeten leben allerdings nur Frauen. McCoy und die anderen werden den Frauen unterwürfig. Die Frauen saugen den Männern ihre Lebensenergie ab und McCoy und die anderen beginnen rapide zu altern. Uhura kann mit einem Außenteam, welches aus Frauen besteht, McCoy und die anderen retten. Die Technik welche für das Verhalten und die Alterung der Männer verantwortlich ist, wird vernichtet und es wird ein friedlicher Kontakt aufgenommen. Der Alterungsprozess der Männer kann wieder umgekehrt werden. ({{TAS|Das Lorelei Signal}})

Wenig später wird Cyrano Jones von den Klingonen verfolgt, allerdings wird dieser von der ''Enterprise'' gerettet. Allerdings hat Jones auch einige Tribbles dabei, doch Jones versichert Kirk, dass sich diese Tribbles nicht vermehren. McCoy untersucht die genetisch veränderten Tribbles, kann allerdings vorerst nichts vorfinden. Mit der Zeit beginnen die Tribbles jedoch zu wachsen und sie werden immer größer. McCoy findet heraus, dass aufgrund dieser genetischen Veränderung die Klingonen immer größer werden. McCoy behandelt die riesigen mit [[Neoacillin]], dadurch zerfallen die riesigen Tribbles in hunderte von kleinen Tribbles. ({{TAS|Mehr Trouble mit Tribbles}})

Einige Zeit später wird der vermisste [[Carter Winston]] an Bord der ''Enterprise'' gebeamt. McCoy bedankt sich bei Winston, dafür das er seiner Tochter vor zehn Jahren mit seinen Hilfslieferung das Leben gerettet hat. Von Kirk bekommt McCoy den Auftrag Winston zu untersuchen, doch McCoy entdeckt einige Anormale Werte bei Winston. Später stellt sich jedoch heraus, dass Winston in Wirklichkeit ein [[Vendorianer]] ist, welcher im Auftrag der [[Romulaner]] die ''Enterprise'' [[Sabotage|sabotieren]] soll. Der Vendorianer setzt McCoy außer Gefecht und nimmt dessen Gestalt an. Allerdings erkennen Kirk und Spock schnell, dass es sich bei McCoy nicht um den echten handelt und sie finden den echten McCoy in einem abgesperrten Raum. Kirk und Spock suchen weiter nach dem Vendorianer, als plötzlich die Romulaner auftauchen. Als die Romulaner die ''Enterprise'' angreifen, hilft der Vendorianer der ''Enterprise'' den Romulanern zu entkommen. Der Vendorianer hat nicht nur die Gestalt von Winston angenommen, er hat auch Teile der Persönlichkeit und die auch Güte für die Winston berühmt ist übernommen. ({{TAS|Der Überlebende}})

Auf dem Planeten [[Phylos]] gehört McCoy zum Außenteam. Dort wird Sulu von einer [[Retlaw-Pflanze]] vergiftet und McCoy kann nicht viel für ihn tun. Allerdings wird Sulu von einem [[Phylosier]] behandelt und McCoy ist erstaunt wie schnell das Gegengift wirkt. Später wird Spock von den Phylosiern entführt und soll geklont werden. McCoy gehört mit zu dem Rettungsteam und er entwickelt ein Pflanzenvernichtungsmittel, um gegen die Phylosier kämpfen zu können. Schließlich gelingt es dem Außenteam Spock zu befreien und eine friedliche Einigung mit den Phylosiern zu finden. ({{TAS|Das Superhirn}})

Kurz darauf fliegt die ''Enterprise'' ins [[Galaktischer Kern|Zentrum der Galaxie]], um dort Forschungen durch zu führen. Die ''Enterprise'' wird in einem geheimnisvollen Energiewirbel gefangen und verschwindet in ein anderes [[Raum-Zeit-Kontinuum]], in dem die bekannten Naturgesetze nicht gelten. Dort erscheint der Crew ein Wesen, welches sich als [[Lucien]] vorstellt. Er sieht aus wie der [[Teufel]] und freut sich auf das Treffen mit den Menschen. Er zeigt Kirk, Spock und McCoy [[Megas-Tu]], die Heimat der [[Megasier]], eine Rasse von magischen Wesen die auch vor Jahrhunderten auf der Erde gelebt haben. Als die Megasier die ''Enterprise'' entdecken, wird die Crew der ''Enterprise'' und Lucien vor ein Gericht gebracht. Lucien wird angeklagt den Menschen verraten zu haben wo Megas-Tu liegt, während die Menschen für ihre Verbrechen in der Vergangenheit angeklagt werden. Die Menschen haben in der Vergangenheit die Megasier als [[Ketzer]] und Hexen verfolgt. Kirk verteidigt, dass die Menschen sich weiterentwickelt haben und kann dies auch Beweisen. Kirk, seine Crew und Lucien werden freigelassen und ein friedlicher Kontakt kommt mit den Megasier kommt zu Stande. ({{TAS|Das Geheimnis von Megas-Tu}})

Nach den letzten Ereignissen will die Crew der ''Enterprise'' wieder auf den Landurlaubsplaneten Urlaub machen. Als das Außenteam auf den Planeten beamt, erinnern sich Sulu und McCoy an die alten Zeiten, vor allem als sie dem Kaninchen und Alice aus dem Wunderland. Vor kurzer Zeit ist der Wächter des Planeten gestorben und der Computer des Planeten übernimmt die Steuerung über die Phantasiewesen. McCoy sieht sich gerade ein Haus aus den Südstaaten an, als dieser plötzlich von der [[Herzkönigin]] und ihren Karten angegriffen wird. Im letzten Moment kann McCoy zurück auf die ''Enterprise'' gebeamt werden. Allerdings wird Uhura von dem Computer entführt. Kirk, Spock, McCoy und Sulu begeben sich zurück auf den Planeten, um dort nach Uhura zu suchen. Bei der Suche findet das Außenteam das Grab vom Wächter des Planeten. Darauf wird das Außenteam von zwei [[Pterosaurier]] angegriffen, doch das kann sich noch rechtzeitig in einer Höhle verstecken. Mit einem Trick gelingt es Kirk und Spock zum Hauptcomputer zu gelangen. Dort erfahren sie vom Computer, dass er es Leid ist anderen Vergnügen zu bereiten. Kirk kann den Computer zu einer friedlichen Koexistenz überzeugen in der sie gegenseitig von einander lernen. Der Computer lässt Uhura wieder frei und die Crew kann ihren verdienten Urlaub auf den Planeten machen. McCoy und Sulu machen darauf ein [[Picknick]] zusammen mit Alice, dem weißen Kaninchen und einem [[Drache]]n. ({{TAS|Phantasie oder Wirklichkeit}})

Als nächstes bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag, den Gauner Harry Mudd auf [[Motherlode]] zu verhaften. Kirk gelingt dies und Harry Mudd kommt in den Arrest an Bord der ''Enterprise''. Mit Hilfe von [[Liebeskristall]]en gelingt es Harry Mudd zu fliehen, währen sich die Besatzungsmitglieder der ''Enterprise'' untereinander verlieben. McCoy bemerkt, wie Spock Emotionen für Christine Chapel zeigt. Zur selben Zeit kann Harry Mudd mit einem Shuttle fliehen und nimmt Schwester Chapel als [[Geisel]]. Kirk und Spock verfolgen sie und beamen auf den Planeten, wo die beiden sich befinden. Auf den Planeten werden sie von Steinmonstern angegriffen, doch in letzter Sekunde können Kirk und die anderen mit einem [[Nottransport]] entkommen. In der Zeit steht McCoy unter dem Einfluss des Liebeskristalls und erzählt den Frauen seine Heldengeschichten. Nach wenigen Stunden lässt die Wirkung der Kristalle nach und die Crew verhält sich wieder normal. ({{TAS|Der Liebeskristall}})

Bei Vermessungsarbeiten empfängt die ''Enterprise'' einen Notruf welcher über einen alten [[Intersat-Code]] übersendet wird. McCoy hält das Signal nicht für echt, trotzdem geht Kirk diesen Notruf nach. Als die ''Enterprise'' den Planeten erreichen, von dem der Notruf stammt, da wird das Schiff von seltsamen Strahlen angegriffen. Die Strahlen bewirken, dass die ganze Mannschaft an Bord kleiner wird. McCoy muss viele Crewmitglieder behandeln, welche sich durch Stürze verletzt haben. McCoy behandelt auch Sulu, welcher sich bei einem Sturz das Bein gebrochen hat. Um den Prozess zu beenden, lässt sich Kirk auf den Planeten beamen, damit er herausfindet woher die Strahlen stammen. Durch den Transporter erhält Kirk seine normale Größe wieder. Kirk entdeckt eine kleine Stadt auf dem Planeten in dem winzig kleine Menschen leben. Sie haben mit diesen Schrumpfstrahlen versucht, mit der ''Enterprise'' zu [[Kommunikation|kommunizieren]], damit das Schiff ihre Stadt rettet. Die Bewohner nennen sich [[Terraziner]] und sie beamen einen Teil der Crew darunter auch McCoy in ihre Stadt. McCoy besichtigt mit den anderen die Stadt. Durch den Transporter erhält die Besatzung ihre normale Größe wieder. Außerdem wird die Stadt der Terraziner an Bord gebeamt und wird auf einen anderen Planeten in Sicherheit gebracht. ({{TAS|Die Rettungsmission}})

Darauf bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag zu erkunden, warum im [[Delta-Dreieck]] Raumschiffe verschwinden. Als die ''Enterprise'' das Delta-Dreieck erreicht, wird das Schiff von den Klingonen angegriffen. Während des Kampfes verschwindet erst das Klingonen-Schiff und darauf die ''Enterprise''. Die ''Enterprise'' und die Klingonen befinden sich in einem unbekannten Gebiet. Kirk ist gezwungen mit den Klingonen zusammen zu arbeiten, obwohl McCoy dies nicht gefällt. Gemeinsam gelingt es, dass beide Schiffe aus dem Delta-Dreieck entkommen können. ({{TAS|Die Zeitfalle}})

McCoy gehört mit zum Außenteam, welches mit einem [[Aquashuttle]] den Planeten [[Argo (Planet)|Argo]] erforscht. Aber das Shuttle wird von einem riesigen im [[Wasser]] lebenden Bestie angegriffen. Das Außenteam kann sich vor dem Monster retten, mit Ausnahme von Kirk und Spock. Die Bestie verschwindet mit dem Shuttle, in dem sich die beiden befinden. McCoy und Scott suchen fünf Tage die Oberfläche ab und finden die beiden schließlich. Aber bei Kirk und Spock wurde der [[Stoffwechsel]] verändert, die beiden besitzen [[Kieme]]n und brauchen Wasser zum atmen. McCoy versucht alles, um dies rückgängig zu machen, aber er scheitert. Kirk und Spock suchen auf den Planeten nach dem Bewohnern, welche ihnen das angetan haben. Kirk und Spock finden bei den [[Aquaner]]n eine Formel, welche sie wieder zu Luftatmern macht. McCoy injiziert das Gegenmittel und Kirk und Spock werden wieder zu Luftatmern. ({{TAS|Die Entführung}})

Im Orbit von [[Lactra VII]] bekommt Kirk den Auftrag nach den vermissten Crewmitgliedern der [[USS Ariel|USS ''Ariel'']] zu suchen. Kirk beamt mit einem Außenteam auf den Planeten. Auf der Oberfläche wird das Außenteam von einer riesigen Echse angegriffen. Kirk und Spock gelingt es die Echse außer Gefecht zu setzen, allerdings begräbt diese dabei McCoy. Kirk und Spock graben McCoy unter der Echse heraus. Wenig später werden die drei von den [[Lactraner]] gefangen genommen. Das Außenteam wird in eine Art [[Zoo]] gebracht und dort für die Lactraner ausgestellt. Dort werden sie In dem Zoo befindet sich auch die Crew der ''Ariel''. McCoy kümmert sich dort um die kranke [[Nancy Randolph]] und bittet die Lactraner um seine medizinische Ausrüstung. Kirk gelingt es wenig später mit einem entwendeten Kommunikator Kontakt mit der ''Enterprise'' aufzunehmen. Er versucht an Bord zu beamen, aber statt ihm wird ein junger Lactraner an Bord gebeamt. Scott kann an Bord der ''Enterprise'' einen friedlichen Kontakt mit dem Lactraner aufnehmen. Kurz darauf wird das Außenteam und die Crew der ''Ariel'' frei gelassen und diese kehren auf die ''Enterprise'' zurück. ({{TAS|Auf der Suche nach Überlebenden}})

=== 2270 ===

Anfang [[2270]] erkrankt Spock an der [[Choriozythose]] und liegt im Sterben. McCoy benötigt die passenden Medikamente, um Spock behandeln zu können. Die [[USS Huron|SS ''Huron'']] bringt das lebensrettende Medikament zur ''Enterprise'', aber das Schiff wird auf den Weg dorthin von den [[Orioner]] überfallen. Die ''Enterprise'' verfolgt darauf die Orioner. McCoy versucht in dieser Zeit Spock bei Kräften zu halten, doch er macht sich Sorgen um seinen Freund. Später kommt es zu einem Kampf zwischen den Orionern und Kirk. Kirk gewinnt den Kampf und kann die Orioner für den Angriff auf die ''Huron'' festnehmen. Mit dem Medikament kann Spocks Leben gerettet werden. ({{TAS|Die Piraten von Orion}})

Die ''Enterprise'' durchfliegt wenig später ein geheimnisvolles [[Energie]]feld und kurz darauf finden merkwürdige Ereignisse an Bord statt. Der Computer treibt seine Scherze mit der Crew und die Besatzung findet heraus, dass das geheimnisvolle Energiefeld den Computer der ''Enterprise'' übernommen hat. Zu der Zeit befinden sich McCoy, Sulu und Uhura im [[Erholungsraum]] um sich zu entspannen. Der Computer baut dort mehre Fallen in das Programm ein und verwandelt die Landschaft in eine Eiswüste, woraufhin die drei zu erfrieren drohen. Später verwandelt sich der Erholungsraum auch noch in ein [[Irrgarten]]. Schließlich können die drei aber wieder befreit werden und Kirk überlistet des Computer. Die ''Enterprise'' wird daraufhin wieder freigegeben. ({{TAS|Wüste Scherze}})

Während einer Routinemission auf [[Dramia]] wird McCoy verhaftet. McCoy wird vorgeworfen, durch falsche Impfungen auf Dramia II für den Tod von vielen Personen verantwortlich zu sein, da sich darauf eine Seuche ausgebreitet hat. Kirk begibt sich nach Dramia II, um dort McCoys Unschuld zu beweisen. Zur selben Zeit wird McCoy in Arrest genommen und er wartet auf seinen Prozess. Kirk kann mit der Zeugenaussage von Kol-tai die Unschuld von McCoy beweisen, allerdings bricht auf der ''Enterprise'' wie auf Dramia II die Auroraseuche und die gesamte Crew droht daran zu sterben. Im Orbit von Dramia, bittet Spock die Regierung McCoy vorläufig frei zu lassen, damit er ein Mittel gegen die Krankheit finden kann. Doch die Regierung will McCoy nicht frei lassen und Spock ist gezwungen McCoy aus dem Gefängnis zu befreien. McCoy weigert sich zuerst mit zu kommen, da er gegen das Gesetz verstoßen wird. Als McCoy jedoch erfährt, dass sich die Crew in Lebensgefahr befindet, begleitet er Spock auf die ''Enterprise''. Zusammen mit Spock findet McCoy ein Heilmittel gegen die Krankheit und er kann so die Crew retten. Später wird McCoy von der Regierung auf Dramia frei gesprochen und er wird für seine Verdienste für die Bekämpfung der Auroraseuche ausgezeichnet. ({{TAS|Dr. McCoy unter Anklage}})

Nachdem eine geheimnisvolle [[Sonde]] im [[Sol-System]] erschienen ist bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag die Spur der Sonde zu verfolgen. Auf einmal erscheint ein fremdes Raumschiff. Fähnrich [[Dawson Walking Bear|Walking Bear]] erkennt die Form des Schiffes, es ist [[Kulkulkan]], ein Gott der [[Maya (Volk)|Maya]]. Plötzlich werden Kirk, McCoy, Scott und Walking Bear an Bord des Schiffes gebeamt. Dort treffen sie auf Kulkulkan. Dieser berichtet von seiner Sonde, die er geschickt hat, um zu sehen ob die Menschen die er in der Vergangenheit die großen Bauwerke ihn zu seinen [[Ehre]]n gebaut haben. Aber dies ist nicht geschehen und Kulkulkan ist enttäuscht über die Menschheit. Kulkulkan zeigt dem Außenteam seinen Zoo in der er einzigartige Tiere eingefangen hat. Kirk erklärt gegenüber Kulkulkan dass sich die Menschen im Vergleich zur damaligen Zeit weiter entwickelt haben und nicht behütet werden müssen wie diese Tiere. Kulkulkan sieht das ein und lässt die Menschen ihre eigenen Wege ziehen. ({{TAS|Kulkulkan – Der Mächtige}})

== Spätere Karriere ==

=== An Bord der USS Enterprise (NCC-1701) ===

Nach dem Ende der Fünf-Jahres-Mission unter Captain Kirk verlässt McCoy die Sternenflotte und [[Schwur|schwört]] niemals zur Sternenflotte zurück zu kehren. Auf der Erde macht McCoy eine Privatpraxis auf und arbeitet als einfacher Landarzt. ({{Film|1}})

[[2273]] nähert sich eine unbekannte Wolke der Erde. Da die Sternenflotte eine große Bedrohung in dieser Wolke sieht, wird die umgerüstete ''Enterprise'' zu der Wolke geschickt, um diese zu erforschen. Der zum [[Rear Admiral]] beförderte Kirk übernimmt wieder das Kommando über die ''Enterprise''. Für diese Mission benötigt Kirk, allerdings den Rat seines Freundes McCoy. Mit Hilfe von [[Admiral]] [[Nogura]] beruft Kirk McCoy wieder in den aktiven Dienst bei der Sternenflotte. Als McCoy darauf auf die ''Enterprise'' gebeamt werden soll, weigert sich McCoy, da er es hasst gebeamt zu werden und schließlich muss Kirk McCoy persönlich an Bord beamen. An Bord der ''Enterprise'' muss McCoy feststellen, dass seine Krankenstation vollständig umgebaut worden ist und das seine ehemalige Krankenschwester Christine Chapel nun Ärztin ist.

Während die ''Enterprise'' zu der Wolke fliegt, bemerkt McCoy das Kirk mit [[Willard Decker]], dem ehemaligen Kommandanten der ''Enterprise'' konkurriert. McCoy spricht offen seinen Freund auf das seltsame Verhalten gegenüber Decker an. Wenig später gelangt Spock mit einer [[Vulkanische Langstreckenfähre|vulkanischen Langstreckenfähre]] auf die ''Enterprise'' und McCoy ist sehr erfreut Spock wieder zu sehen, doch Spock bleibt wie immer ganz ruhig. Spock erklärt Kirk und McCoy, dass ihn diese seltsame Wolke gerufen hat und er an Bord nun mit dieser Wolke Kontakt aufnehmen will.

Schließlich erreicht die ''Enterprise'' diese Wolke und fliegt in diese hinein. In der Wolke befindet sich ein gigantisches Schiff. Das Schiff scannt die ''Enterprise'' und Lieutenant [[Ilia]] wird von diesen Strahlen erfasst und verschwindet darauf. Wenig später erscheint ein Androide von Ilia auf der ''Enterprise''. McCoy untersucht den Androiden und stellt fest, dass der Androide ein perfektes Duplikat von Ilia ist. Die [[Ilia-Sonde]] erklärt, dass sie im Auftrag von [[V'Ger]] an Bord der ''Enterprise'' gekommen ist. Spock stiehlt inzwischen einen [[Raumanzug]], um damit in Kontakt mit V'Ger treten zu können. Dabei erfährt Spock, dass V'Ger eine gigantische Maschine ist. V'Ger will mit seinem Schöpfer Kontakt auf der Erde aufnehmen, doch der Schöpfer antwortet nicht. Darauf will V'Ger alles Biologisches Leben auf der Erde vernichten.

Kirk blufft darauf er kennt den Schöpfer und will diesen erst preisgeben, wenn V'Ger die Erde verschont. Kirk begibt sich darauf ins Zentrum des Schiffes, wo sich V'Ger befindet. Kirk wird dabei von Spock, McCoy, Decker und der Ilia-Sonde begleitet. Als das Außenteam das Zentrum erreicht hat, erkennt dieses das es sich bei V'Ger um die vermisste [[NASA]]-Sonde [[Voyager VI]] handelt. Decker setzt die Frequenz frei mit der die Sonde aktiviert wird. Dabei Vereinen sich Decker, die Ilia-Sonde und V'Ger und es entwickelt sich daraus eine neue Lebensform. V'Ger ist nun keine Bedrohung mehr für die Erde und McCoy ist stolz bei der Geburt einer neuen Lebensform dabei zu sein. ({{Film|1}})

McCoy dient die nächsten Jahre auf dem [[Schulschiff]] ''Enterprise'', unter dem Kommando von Captain Spock und hilft bei der Ausbildung von jungen [[Kadett]]en. [[2285]] macht sich McCoy sorgen um seinen Freund Kirk, da dieser als Admiral noch im Büro arbeitet und er kein Kommando über ein Schiff hat. Zu seinem Geburtstag besucht McCoy Kirk und schenkt ihm eine [[Brille]] und [[Romulanisches Ale]]. Bei seiner [[Geburtstag]]sfeier spricht McCoy darauf an, dass er meint das sich Kirk sehr zurück gezogen hat und er dringend wieder ein Kommando über ein Raumschiff benötigt.

Wenig später begleitet McCoy Kirk bei einer Trainingsmission an Bord der ''Enterprise''. Während des Fluges erhält die ''Enterprise'' einen Notruf von der Raumstation [[Regula I]]. Kirk übernimmt als ranghöchster Offizier das Kommando über die ''Enterprise'' und geht diesem Notruf nach. Auf dem Weg dorthin trifft die ''Enterprise'' auf die [[USS Reliant|USS ''Reliant'']], welche von Khan Noonien Singh übernommen wurde, nach dem er von Ceti Alpha V entkommen ist. Die ''Reliant'' greift die ''Enterprise'' an. Khan will seine Rache an Kirk ausüben, weil dieser ihn auf dem Planeten ausgesetzt hat. Die ''Enterprise'' wird bei diesem Kampf schwer beschädigt und McCoy muss sich um die vielen Verletzten kümmern, von denen er nicht alle retten kann. Kirk gelingt es zur selben Zeit Khan zu überlisten und die ''Enterprise'' fliegt schwer beschädigt nach Regula I.

Kirk beamt mit McCoy und [[Saavik]] auf die Raumstation, allerdings wurden dort alle Wissenschaftler von Khan ermordet, da dieser an die Daten für das [[Genesis-Projekt]] und das [[Genesis-Projektil]] als Waffe gelangen will. Als einzige Überlebende findet das Außenteam Chekov und Captain [[Clark Terrell]] vor. Diese berichten dem Außenteam von den Gräueltaten, welche Khan an den Wissenschaftlern begangen hat. Kirk entdeckt im Transporter der Station Koordinaten auf dem Planetoiden [[Regula I]] und beamt dort hin. Das Außenteam trifft dort auf die Wissenschaftler [[Carol Marcus]] und ihren Sohn [[David Marcus|David]]. Allerdings stellt sich heraus, dass Chekov und Terrell unter dem Einfluss von Khan stehen und diese fordern nun das Genesis-Projektil. Doch bevor die beiden ihre Tat vollenden, werden diese wahnsinnig. Terrell begeht Selbstmord, während McCoy Chekov noch rechtzeitig behandeln kann und dabei stellt dieser fest, dass aufgrund eines [[Ceti-Aal]]s Chekov unter dem Einfluss von Khan gestanden hat. Allerdings gelingt es Khan dennoch das Genesis-Projektil an Bord der ''Reliant'' zu beamen.

Das Außenteam beamt zurück auf die ''Enterprise'' und diese verfolgt die ''Reliant''. Es kommt zum Kampf im [[Mutara-Nebel]] und dabei werden beide Schiffe schwer beschädigt. Bei der ''Enterprise'' fällt der Warpantrieb vollständig aus. Als Khan erkennt das er verloren hat, aktiviert er das Projektil um die ''Enterprise'' mit zu vernichten. Zur selben Zeit kümmert sich McCoy um die Verletzten im Maschinenraum, da dort Strahlung austritt. Spock begibt sich in den Maschinenraum, um den Warpantrieb zu reparieren, doch McCoy hält ihn auf, er kann ihn aufgrund der hohen Strahlung nicht herein lassen. Doch Spock setzt McCoy mit einem vulkanischen Nackengriff außer Gefecht und er überträgt per Gedankenverschmelzung seine Katra in den Körper von McCoy. Spock repariert den Antrieb und McCoy muss hilflos mit ansehen wie Spock verstrahlt wird. Kurz vor der Explosion des Genesis-Projektils kann die ''Enterprise'' aus dem Mutara-Nebel entkommen.

Aus der Materie des Nebels entsteht ein neuer Planet, der [[Genesis (Planet)|Genesis-Planet]]. Doch während der neue Planet entsteht, liegt Spock im Sterben und McCoy ruft Kirk in den Maschinenraum, damit sich dieser von Spock verabschieden kann. McCoy nimmt später an der [[Gedenkfeier]] von Spock teil, bei der sein Leichnam auf den neu entstanden Planeten geschossen wird. ({{Film|2}})

Nach Spocks Tod kehrt die ''Enterprise'' zur Erde zurück. Allerdings beginnt sich in dieser Zeit McCoy seltsam zu verhalten. Kirk trifft McCoy verwirrt in Spocks Quartier. McCoy erwähnt, dass er auf Genesis zurück gelassen wurde und zum [[Berg Seleya]] auf Vulkan gebracht werden muss. Kirk versteht das seltsame Handeln von McCoy nicht und lässt diesen vorerst medizinisch versorgen. Von Spocks Vater Sarek erfährt Kirk, dass Spock vor seinem Tod seine Katra übertragen hat und beide finden heraus, dass Spock seine Katra in McCoy transferiert hat. Kirk muss McCoy und Spocks Leichnam nach Vulkan bringen, damit beide gerettet werden können.

Kirk versucht nach Genesis zu gelangen, aber inzwischen ist der Genesis-Planet zur Sperrzone erklärt worden und es wird Kirk verboten zu dem Planeten zu fliegen. Zur selben Zeit versucht McCoy selbst einen Frachter nach Genesis zu chartern, aber er wird dabei vom [[Föderationssicherheitsdienst|Sicherheitsdienst der Föderation]] verhaftet. McCoy kommt in Arrest und soll in eine Psychiatrische Klinik verlegt werden. Doch Kirk und Sulu befreien ihn aus dem Arrest und bringen ihn zur ''Enterprise''. Zusammen mit Scott, Sulu und Chekov stiehlt Kirk die ''Enterprise'' um nach Spocks Leichnam zu suchen.

Im Orbit des Planeten befindet sich der Klingone [[Kruge]] mit seinem [[Klingonischer Bird-of-Prey|Bird-of-Prey]], welcher ebenfalls sämtliche Daten über die Genesis-Waffe sammeln will. Als die ''Enterprise'' den Planeten erreicht, kommt es zum Kampf zwischen beiden Schiffen. Die ''Enterprise'' ist zwar im Kampf überlegen, allerdings hat Kruge auf der Planetenoberfläche Geiseln, darunter auch der durch den Genesiseffekt zum Leben erweckte Spock und Kirk muss vor Kruge kapitulieren. Die Klingonen beginnen auf die ''Enterprise'' zu beamen. Allerdings verlassen Kirk und seine Männer das Schiff und sie aktivieren die Selbstzerstörung. Die Explosion der ''Enterprise'' reißt fast die komplette Crew Kruges in den Tod. Auf der Oberfläche muss McCoy mit den anderen ansehen, wie die [[Trümmer]] der ''Enterprise'' in der Atmosphäre verglühen.

Auf der Oberfläche finden die Offiziere Saavik und einen jungen Spock, welcher wie der Planet rapide altert. Kruge beamt auf die Oberfläche und lässt Kirks Männer mit Ausnahme von Spock auf sein Schiff beamen. Es kommt zu einem Kampf zwischen Kirk und Krug, da Kruge noch immer sämtliche Informationen über Genesis will. Kirk gewinnt den Kampf und Kruge stürzt in den Tod in eine Lavagrube. Darauf werden Kirk und Spock auf den Bird-of-prey gebeamt. Da es nur einen [[Maltz|überlebenden Klingonen]] gibt übernehmen Kirks Männer das Schiff und fliegen nach Vulkan. Auf Vulkan führt die Hohe Priesterin T'Lar das [[Fal-Tor-Pan]] durch und überträgt so die Katra von McCoy wieder in Spocks Körper. Obwohl sich McCoy der großen Gefahr bewusst ist vollzieht er das Ritual. McCoy und Spock überstehen das Ritual gut, allerdings fehlen Spock noch teilweise seine Erinnerungen. Trotzdem freuen sich die ehemaligen Offiziere der ''Enterprise'' Spock wohlbehalten wieder zu sehen. ({{Film|3}})

Nach einem dreimonatigen Exil auf Vulkan wollen sich Kirk und seine Offiziere für ihre Taten vor einem [[Gericht]] verantworten. McCoy gibt dem eroberten Bird-of-Prey den Namen [[HMS Bounty|HMS ''Bounty'']]. Inzwischen hat Spock sein Training vollständig abgeschlossen und hat seine meisten Erinnerungen wieder erlangt, allerdings traut McCoy in Bezug auf seinem Gedächtnis noch nicht. Während die ehemaligen Offiziere zur Erde fliegen, wird der Planet von der [[Walsonde]] bedroht, welche Kontakt zu [[Buckelwal]]en herstellen will. Durch die Kommunikation der Sonde verdampfen die [[Ozean]]e. Spock findet heraus, dass die Sonde mit den Walen in Kontakt treten will, aber die Buckelwale sind im 23. Jahrhundert ausgestorben. Um die Erde zu retten machen Kirk und seine Crew einen Zeitsprung in das Jahr [[1986]].

In der Vergangenheit bekommen McCoy, Scott und Sulu den Auftrag einen Tank in den Bird-of-Prey einzubauen. Während sich Spock und Kirk um die Wale und Chekov und Uhura um die Energie für den Bird-of-Prey kümmern. Damit die Offiziere in dieser Zeit zurecht kommen, besorgt Kirk ihnen erstmal Geld, indem er die Brille welche er von McCoy geschenkt bekommen hat bei einem Antiquitäten Händler verkauft.

Bei der Firma [[Plexicorp]] wollen Scott und McCoy die Materialien für den Tank beschaffen. Scott stellt sich beim Leiter Doktor [[Nichols]] als Professor Scott aus [[Edinburgh]] vor. Scott bezeichnet McCoy als seinen Assistenten vor, was McCoy gar nicht gefällt. Jedoch hat Scott seine Freude daran. Nichols ist von Scotts Wissen beeindruckt und Scott beginnt wegen den Material für den Wassertank zu verhandeln. Scott gibt Nichols die Formel für [[Transparentes Aluminium]] im Austausch für das [[Plexiglas]], welches Scott und McCoy für die Wassertanks verwenden wollen. McCoy beunruhigt, dass die beiden mit diesem Austausch die [[Zeitlinie]] verändern, doch Scott argumentiert, dass das transparentes Aluminium vielleicht von Nichols erfunden worde.

Kirk und Spock treffen auf [[Gillian Taylor]] und können über sie an ein Walpärchen heran gelangen. Allerdings haben Uhura und Chekov weniger Glück, ihnen gelingt es an Bord des [[atom]]betriebenen [[Schiff]]s [[USS Enterprise (CVN-65)|USS ''Enterprise'' (CVN-65)]] an Energie zu gelangen, aber dabei wird Chekov vom Militär verhaftet. Uhura kann mit gestohlenen Energie an Bord des Bird-of-Prey gebeamt. Als Chekov flieht stürzt er vom Schiff und verletzt sich. Darauf wird Chekov ins [[Mercy Hospital]] gebracht. McCoy will Chekov nicht der primitiven Medizin des [[20. Jahrhundert]]s aussetzen und zusammen mit Kirk und Taylor begibt er sich in das Mercy Hospital.

McCoy und Kirk verkleiden sich als Ärzte und Taylor fungiert als Patientin. Im Krankenhaus heilt McCoy sofort eine Patientin, welche [[Dialyse]] hat, mit einer einfachen Tablette. Als McCoy im Fahrstuhl zwei Ärzte über die Behandlung mit der [[Chemotherapie]] sprechen hört, ist dieser entsetzt über die [[Mittelalter|mittelalterlichen Methoden]]. Auch mit dem Arzt, welcher Chekov behandeln will streitet McCoy über seine primitive Arbeitsmethoden. Kirk sperrt darauf das Ärzteteam in einen Nebenraum ein und McCoy kann Chekov behandeln. Nachdem Chekov sich erholt hat werden die Offiziere zurück auf dem Bird-of-Prey gebeamt.

=== An Bord der USS Enterprise (NCC-1701-A) ===

Während [[2287]] an der ''Enterprise'' noch Reparaturen und Wartungsarbeiten durchgeführt werden verbringen Kirk, Spock und McCoy ihren Landurlaub im [[Yosemite-Nationalpark]]. Kirk besteigt den [[El Capitan]] einem Berg in dem Nationalpark. McCoy beobachtet mit einen [[Fernglas]] nervös Kirks Kletterei. Er kann nicht verstehen wie sich Kirk sinnlos in Lebensgefahr begibt. Plötzlich stürzt Kirk ab, aber er kann von Spock mit Hilfe seiner [[Jetschuh]]e gerettet werden. Selbst am Abend mach McCoy Kirk noch Vorwürfe wie leicht er sein Leben aufs Spiel setzt. Trotzdem verbringen die drei einen schönen Abend am [[Lagerfeuer]] und sie singen sogar Lieder am Feuer.

Auf den Planeten [[Nimbus III]] kommt es zu einer [[Geiselnahme]] und die ''Enterprise'' wird beauftragt die Geiseln zu befreien. Kirk leitet eine Rettungsmission, um die Geiseln aus der Gewalt des Vulkaniers [[Sybok]] zu befreien. McCoy gehört auch zu diesem Befreiungskommando und diesem gelingt es die Stadt [[Paradise City]] einzunehmen. Als Kirk allerdings die Geiseln befreien will, muss dieser feststellen, dass diese unter dem Einfluss von Sybok stehen. Somit werden dem Außenteam die Waffen abgenommen und Sybok zwingt Kirk ihn und seine Männer mit dem Shuttle an Bord der ''Enterprise'' zu bringen. An Bord der ''Enterprise'' gelingt es Sybok mit seinen mentalen Kräften die [[Liste von Crewmitgliedern der USS Enterprise (NCC-1701-A)|Crew]] auf seine Seite zu ziehen. So übernimmt Sybok die ''Enterprise'' und fliegt mit dieser zur [[Große Barriere|Großen Barriere]], um dort nach [[Sha Ka Ree]], den Ort der auch das Paradies genannt wird, zu suchen.

Kirk, Spock und McCoy werden währenddessen von Sybok in eine Arrestzelle gesperrt. Die Fluchtversuche von Kirk scheitern, allerdings werden die drei von Scott befreit. Die drei klettern den Turboschacht hinauf, allerdings versagen bei McCoy bald die Kräfte. Doch inzwischen hat Spock seine Jetschuhe geholt und die Drei fliegen den Schacht hinauf. Allerdings werden die Drei schnell von Sybok und seinen Anhängern gefangen genommen. Sybok will nun die drei auf seine Seite ziehen und demonstriert seine Mentale Kräfte. Sybok lässt McCoy nochmals den Tod seines Vaters durchleben. McCoy muss nochmals seinen Vater von seinen Schmerzen erlösen und leistet [[Sterbehilfe]]. McCoy macht es vor allem Fertig das wenig später ein Heilmittel gegen die Krankheit seines Vaters gefunden worden ist. Als McCoy diese Ereignisse wieder erlebt, bietet Sybok ihn an mit ihm diesen großen Schmerz zu teilen. Nachdem Sybok ihm diesen Schmerz abgenommen hat, ist McCoy bereit Sybok zu folgen. Doch als sich Kirk Sybok nicht anschließen, entschließt sich McCoy bei seinem Freund Kirk zu bleiben und Sybok nicht zu folgen.

Währenddessen durchfliegt die ''Enterprise'' die Barriere und wie Sybok vermutet befindet sich der der Planet Sha Ka Ree. Sybok erlaubt Kirk ihn mit auf den Planeten zu begleiten. In einem Shuttle fliegen Kirk, Spock, McCoy und Sybok auf die Planetenoberfläche. Auf den Planeten treffen sie auf den angeblichen [[Gott (Sha Ka Ree)|Gott]]. McCoy ist erstaunt Gott zu sehen. Der Gott verlangt ein Raumschiff, damit dieser die Barriere verlassen kann. Kirk wundert sich allerdings warum Gott ein Raumschiff benötigt und er fragt Gott danach. McCoy ist über Kirks Verhalten entsetzt, da er Gott so eine Frage stellt. Doch plötzlich greift dieses sein wahres Gesicht und greift erst Kirk und dann Spock an. McCoy ist entsetzt wie ein angeblicher Gott seine Freunde quälen kann. Es stellt sich heraus, dass dieser angebliche Gott ein bösartiges Wesen, welches auf den Planeten gefangen ist.

Sybok opfert sich und verbindet sich mit diesem Wesen und darauf feuert, auf Befehl von Kirk die ''Enterprise'' einen Torpedo auf diese Kreatur. Kirk, Spock und McCoy versuchen mit dem Shuttle zu fliehen, doch der Antrieb versagt. Scott gelingt es inzwischen teilweise den Transporter zu reparieren und er beamt auf Befehl von Kirk zuerst McCoy und Spock auf die ''Enterprise''. Dann fällt der Transporter wieder aus und Kirk ist auf den Planeten gefangen. McCoy macht große Sorgen um Kirk, da dieser nun der feindlichen Kreatur ausgesetzt ist. Allerdings gelingt es Kirk mit Hilfe eine plötzlich auftauchenden Bird-of-Prey zu retten. Nach diesen Ereignissen findet auf der ''Enterprise'' ein Empfang für die Crew und Klingonen statt. Kirk, Spock und McCoy denken dabei über Gott und ihre Familienbande nach. Einige Zeit später setzen die drei ihren Campingurlaub fort und singen gemeinsam am Lagerfeuer. ({{Film|5}})

[[2293]] plant McCoy in den Ruhestand zu gehen, da er merkt das er langsam zu alt für diese Arbeit wird. Er ist zwar noch unter guter körperlicher Verfassung, allerdings leidet McCoy unter einer leichten [[Arthritis]]. Zu der Zeit explodiert der klingonische Mond [[Praxis]]. Als Folge der Explosion droht die Auflösung der [[Ozonschicht]] auf [[Qo'noS]]. Die Klingonen benötigen die Hilfe der Föderation. Die ''Enterprise'' bekommt den Auftrag, den [[Klingonischer Kanzler|klingonischen Kanzlers]] [[Gorkon]] zur Erde zu einer Friedenskonferenz zu eskortieren. McCoy nimmt am Empfang, welcher für den Kanzler an Bord der ''Enterprise'' geben wird, teil. Beim Essen hat McCoy allerdings Schwierigkeiten mit der klingonischen Delegation zurecht zu kommen und er ist froh als diese wieder zurück beamen.

Wenig später sieht es so aus, dass die ''Enterprise'' das [[IKS Kronos Eins|klingonische Schiff]] angreifen. Es beamen zwei Attentäter von der ''Enterprise'' auf das klingonische Schiff und diese erschießen den klingonischen Kanzler. Kirk und McCoy beamen auf das klingonische Schiff um Hilfe zu Leisten. Da McCoy sich aber nicht mit der klingonischen Anatomie auskennt, kann dieser nicht mehr viel für den Kanzler tun und Gorkon stirbt. Nach dem Tod von Gorkon werden Kirk und McCoy verhaftet. Beide kommen darauf vor ein klingonisches Gericht. Dort wird den beiden die Ermordung des Kanzlers vorgeworfen. Der Ankläger [[General]] [[Chang (General)|Chang]] wirft McCoy aufgrund seines Alter bzw. da kurz vorher romulanisches Ale Getrunken hat fahrlässig gehandelt hat und somit mit für Tod des Kanzlers verantwortlich ist. Das Gericht erklärt die beiden, trotz Indizienbeweise, für Schuldig. Kirk und McCoy werden zu Lebenslanger Strafarbeit auf [[Rura Penthe]], auch bekannt als der „''Fremdenfriedhof''“, verurteilt.

Auf Rura Penthe müssen die beiden schwere Arbeiten durchführen und auch um ihr Überleben kämpfen. Dort lernen die beiden [[Martia]], eine [[Chamäleonid]]in welche ihre Gestalt ändern kann, kennen. Martia hilft Kirk und McCoy zur Flucht aus dem Gefängnis. Die drei wollen außerhalb des Kraftfeldes gelangen, damit die ''Enterprise'' Kirk und McCoy orten und zurück beamen kann. Kirk wird aber während der Flucht misstrauisch gegenüber Martia und stellt sie zur Rede. Sie erklärt, dass sie den beiden zur Flucht helfen sollte, damit Kirk und McCoy während der Flucht einfach getötet werden können. Martia nimmt die Gestalt von Kirk an, setzt McCoy außer Gefecht und kämpft gegen Kirk, als plötzlich die klingonischen Wärter auftauchen. Die Wärter töten als erstes Martia, damit es keine Zeugen für die Ermordung von Kirk und McCoy gibt. Gerade als Kirk und McCoy getötet werden sollen, werden die beiden an Bord der ''Enterprise'' gebeamt.

Kirk und die anderen Offiziere an Bord der ''Enterprise'' finden heraus, dass einige Offiziere der Sternenflotte und einige Klingonen zusammenarbeiten um den Frieden zwischen der Föderation und den Klingonen zu verhindern. Die ''Enterprise'' fliegt darauf nach [[Khitomer]] um ein weiteres Attentat, diesmal auf den [[Föderationspräsident]]en zu verhindern. Im Orbit von Khitomer, wird die ''Enterprise'' von einen [[Changs Bird-of-Prey|getarnten Bird-of-Prey]] angegriffen. Bei den Kämpfen erleidet die ''Enterprise'' schwere Schäden. Spock rüstet schließlich zusammen mit McCoy einen Photonentorpedo um, damit dieser die [[Plasma]]spur von den Bird-of-Prey aufspüren kann. Der Torpedo detoniert beim Bird-of-Prey und die ''Enterprise'' kann zusammen mit der zu Hilfe geeilten [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']] den Bird-of-Prey vernichten.

=== Flaggoffizier ===

Obwohl McCoy in den Ruhestand gehen wollte, bleibt dieser in der Sternenflotte und er wird sogar zum Admiral befördert. McCoy ist auch im hohen Alter von 137 Jahren noch als Admiral im aktiven Dienst der Sternenflotte. Er besucht [[2364]] die [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-D)]] und inspiziert dort die Krankenstation. Auch im hohen Alter hasst dieser noch immer sich beamen zu lassen. [[Data]] bekommt den Auftrag Admiral McCoy mit einem Shuttle zur [[USS Hood (Excelsior-Klasse)|USS ''Hood'']] zu bringen. Die beiden kommen dabei ins Gespräch und McCoy findet das die neue ''Enterprise'' ein schönes Schiff ist und der [[Liste von Crewmitgliedern der USS Enterprise (NCC-1701-D)|Crew]] gut dienen wird. ({{TNG|Der Mächtige}})

{{Meta|In der von der [[FASA]] herausgegebenen ''[[Star Trek: The Next Generation Officer's Manual]]'' wird Adm. McCoy's Rang als "Branch Admiral" bezeichnet. Dieser ist aber – da er in dem Film nicht ausgesprochen wird – nach unseren [[Memory Alpha:Canon Policy|Canon-Regeln]] als nicht kanonisch anzusehen.}}

=== Wissenswertes ===

Nach Fontanas Geschichte fällte McCoy den Entschluss zur Sternenflotte zu gehen, als seine Frau sich von ihm scheiden ließ. Diese Idee wurde dann später in {{Film|11}} als Gesprächsthema genutzt, als sich Kirk und McCoy der neuen Zeitlinie bei Eintritt in die Akademie kennenlernen.