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Nachdem man auf eine künstliche Lebensform getroffen ist, welche stark beschädigt ist, wird diese an Bord gebracht. Gegen Tuvoks Bedenken lässt Janeway die Lebensform, welche sich als [[Automatische Einheit 3947]] vorstellt, reparieren. Nach der Reparatur bittet die Automatische Einheit Torres, ihnen zu helfen, sich reproduzieren zu können. Dies bespricht sie mit dem Captain, der dies wegen der obersten Direktive ablehnt. Wenig später trifft man auf das Raumschiff der Automatischen Einheit, diese entführt jedoch Torres auf ihr Schiff. Daraufhin fordert Janeway zunächst verbal die Freilassung ihrer Chefingenieurin und lässt, als das wirkungslos bleibt, die Waffen laden. Nach einem kurzen Gefecht, ist die ''Voyager'' verteidigungsunfähig und wird nur durch B'Elannas Einwilligung, einen reproduktionsfähigen [[Prototyp]]en einer Automatischen Einheit zu bauen, gerettet. Unterdessen plant Janeway mit den [[Führungsoffizier]]en die Befreiung ihrer Ingenieurin. Bevor sie ihren Plan umsetzen können, trifft ein weiteres Raumschiff ein und greift das [[Pralor]]-Raumschiff an. Janeway wird aufgefordert, sich [[Rückzug|zurückzuziehen]]. Sie hält ihre Position und schickt Paris mit einem Shutte los, um B'Elanna durch eine Lücke in den [[Schild]]en, welche durch den Beschuss entsteht, rauszubeamen. Dieses Manöver kann erfolgreich durchgeführt werden. Anschließend unterhält sie sich mit Torres und meint, dass es schwierig gewesen sei, zu zerstören, was sie erschaffen hat. Darauf antwortet Torres, dass es jedoch notwendig gewesen sei. ({{VOY|Prototyp}})
Als die ''Voyager'' bei einem Angriff der Kazon schwer beschädigt wird, entschließt sie sich zu Verhandlungen mit mehreren Kazon-Sekten über eine Allianz. Sie selbst spricht mit Culluh und Seska, um sie einzuladen. Diese treffen auf der ''Voyager'' ein und sind einer Allianz gegenüber aufgeschlossen. Jedoch beharrt Culluh auf einem Austausch von Besatzungsmitgliedern, was Janeway kategorisch ablehnt. Daher scheitern die Verhandlungen. Nachdem Neelix überfällig ist, will sie zunächst zwei Stunden warten, ehe sie nach Sobras fliegen. Gerade als sie aufbrechen wollen, trifft eine Flotte von Trabe-Schiffen mit Neelix ein. Sie verhandelt mit Mabis, dem Gouverneur der Trabe und sie schließen eine Allianz. Unter diesem Eindruck kommt es zu neuen Verhandlungen mit Seska und Culluh. Diese Verhandlungen, scheitern jedoch, da die Trabe einen Anschlag auf die Konferenz verüben. Janeway wird rechtzeitig hochgebeamt mit dem Außenteam. Nachdem der Gouverneur auf sein Schiff gebeamt wurde, bricht die ''Voyager'' auf. In einer Ansprache vor den Führungsoffizieren beteuert Janeway, dass die Prinzipien der Föderation als Stabilität in einer Region, in der sie sich auf nichts verlassen können, die besten Alliierten sind, die sie haben. ({{VOY|Allianzen}})
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