Nach seinem Abschluß an der Sternenflottenakademie, läßt lässt sich Bashir im [[Rang]] eines [[Lieutenant Junior Grade]] auf den neuen Sternenflottenaußenposten auf Deep Space Nine versetzen. Er möchte auf diesem entlegenden Außenposten neue Abenteuer erleben. [[2369]] wird er mit einem [[Weitere Schiffe der Oberth-Klasse|Föderationsraumschiff]] zur Station gebracht. Auf den Flug zur Station lernt er [[Jadzia Dax]] kennen, diese wird ebenfalls nach Deep Space Nine versetzt. Er freundet sich mit ihr an und will sich gleich mit ihr verabreden. Auf der Station zeigt ihr [[Major]] [[Kira Nerys]] die [[Krankenstation]]. Obwohl die Krankenstation schwer beschädigt ist, ist Bashir davon begeistert. Genau sowas hat sich Bashir erhofft, dass er sich was neues Aufbauen kann und den armen [[Bajoraner]]n helfen kann. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I}})

Nach einer Expedition in den Gamma-Quadrant, wird eine junge Frau namens [[Vash]] mit nach Deep Space Nine gebracht. Die [[Offizier]]e an Bord der Station können sich nicht erklären, wie sie ohne das Wissen von den Wurmloch in den Gamma-Quadrant gekommen ist. Bashir untersucht sie nach Krankheiten, aber er stellt fest, dass sie gesund ist. Bashir zeigt ein Intresse an ihr. Es stellt sich heraus, dass Vash mit [[Q]] zusammen im Gamma-Quadrant gewesen ist. Bashir besucht Vash in ihrem [[Quartier]] und will sich darauf im Replimat mit ihr verabreden. Q erscheint heimlich hinter Bashir und schneidet Grimassen ohne das es Bashir bemerkt. Kurz darauf wartet Bashir auf Vash im Replimat. Da erscheint Q als [[Kellner]] und will ihm die Verabredung ausreden. Als sich Bashir dies nicht ausreden läßtlässt, wird Bashir durch den Einfluss von Q müde und legt sich schlafen. Bashir verschläft die darauf folgenden Ereignisse die beinah zur Vernichtung der Station geführt hätten. ({{DS9|Q - Unerwünscht}})

Als eine Delegation von [[Botschafter]]n der Föderation an Bord der Station kommen, hat Bashir die Aufgabe die Botschafter die Station zu zeigen. Bashir hat Probleme mit ihnen, da die Botschafter ihn nicht respektieren. Bashir bittet Sisko ihn von dieser Aufgabe abzuziehen, aber Sisko läßt lässt das nicht zu. Durch eine Fehlfunktion kommt es zu einem [[Feuer]], welches Bashir und die Botschafter einschließt. Durch sein schnelles Handeln kann Bashir die Botschafter retten. Er wird darauf von den Botschaftern zum Dank für eine Auszeichnung vorgeschlagen. ({{DS9|Persönlichkeiten}})

Nach diesen Ereignissen werden die [[Führungsoffizier]]e von Deep Space Nine durch eine [[Telepathie|telepatische]] [[Matrix]] der [[Saltah'na]] infiziert. Es kommt durch den Einfluss der Matrix zu einem Machtkampf zwischen Kira und Sisko auf der Station. Die Offiziere stellen sich entweder auf die Seite von Sisko oder Kira. Obwohl auch Bashir infiziert ist, verhält sich dieser in diesem Konflikt neutral. Auch Odo bemerkt diese Vorgänge und berichtet dieses Bashir. Bashir beginnt nach einem Heilmittel zu suchen. Er findet schließlich nach langer Forschung ein Gegenmittel. Odo lockt darauf die infizierten Offiziere in die [[Andockschleuse|Andockschleuse 4]]. Dort aktiviert Odo Bashirs Programm, welches die fremde Matrix bekämpft. Die Offiziere werden von der Matrix befreiht und Odo läßt lässt diese Matrix in den [[Weltraum]] entweichen. ({{DS9|Meuterei}})

Kurz darauf wird Deep Space Nine aufgrund eines [[Plasmasturm]]s vollständig evakuiert. Nur eine Notbesatzung, darunter auch Bashir bleibt zurück. Auch Quark bleibt wegem seinem Latinum auf der Station zurück. Quark versucht weiter Geschäfte zu machen und hat mit einem Söldner namens [[Yeto]] Kontakt. Quark manipuliert für ihn die [[Andockrampe]]n. Kurz darauf erhält die Station einen Notruf von einem Schiff und Sisko läßt lässt es an die Station andocken. Aufgrund von Quarks manipulation können die Söldner, welche von dem Trill [[Verad]] angeführt werden, bewaffnet auf die Station eindringen. Bashir wird gezwungen Odo in einem Behälter zu sperren und in die [[Stasiskammer]] einzuschließen. Später wird Bashir gezwungen den [[Trill-Symbiont|Symbiont]] von Jadzia zu entfernen und in Verad reinzusetzen. Die Operation verläuft zwar erfolgreich, aber aufgrund des Verlustes des Symbionten liegt Jadzia im sterben. Bashir tut alles um sie am Leben zu erhalten. Quark, der wie die anderen Offiziere gefangen gehalten wird erkennt seinen Fehler und das er für den Tod von Jadzia verantwortlich sein wird. Er greift den Klingonen [[T'Kar]] an und wird beim Angriff leicht verletzt. Auf der Krankenstation tut Quark, als ob er schwer verletzt ist und so gelingt es ihm und Bashir den Klingonen Yeto zu überwältigen und Odo zu befreihen. Odo und Sisko gelingt es schließlich Verad und seine Söldner aufzuhalten. Im letzten Moment kann Bashir Jadzia ihren Symbiont zurückgeben und sie wird gerettet. ({{DS9|Der Symbiont}})

Als sich Bashir und Garak im Replimat treffen wird Garak von einem cardassianische Jungen [[Rugal]] angegriffen. Der Junge ist eine Cardassianische Kriegswaise, welche auf Bajor zurückgeblieben ist. Plötzlich meldet sich [[Gul]] [[Dukat]] und zeigt große Intresse an den Jungen. Garak vermutet, dass da etwas mit Rugal nicht stimmt. Bashir und Garak forschen wegen den Kriegswaisen auf Bajor nach. In der zwischenzeit stellt sich heraus, dass Rugal der Sohn von [[Kotan Pa'Dar]] ist. Garak und Bashir finden heraus, dass Dukat hinter einer Konspiration steckt, welche Kotan Pa'Dar entmachten soll. Rugal ist das Opfer dieser Konspiration und verschwindet während der [[Cardassianische Besetzung von Bajor|Cardassianischen Besetzung von Bajor]] und wird für tot erklärt. Später soll er nach Dukat als Kriegswaise auftauchen und Kotan Pa'Dar als verantwortungslosen Vater darstellen. Damit hätte Kotan Pa'Dar seine Position in der Regierung verloren. Als Bashir Dukat dieses alles vorwürft, verläßt verlässt Dukat den Raum und gibt somit indirekt seine Schuld zu. Rugal kehrt zu seinem Vater nach Cardassia zurück. ({{DS9|Die Konspiration}})

Bashir und O'Brien arbeiten lange zusammen um alles für [[Melora Pazlar]], welche von einem Planeten mit niedriger [[Schwerkraft]] stammt, auf Deep Space Nine vorzubereiten. Melora Pazlar will aufgrund ihr Behinderung in normaler Schwerkraft keine Hilfe von Fremden. Da Bashir ihr Helfen will, ist sie auch zu ihm anfangs feindseelig. Bashir findet kurz darauf eine Methode, wie sie sich auch bei normaler Schwerkraft bewegen kann. Sie stimmt dieser Behandlung zu. Melora Pazlar macht fortschritte und kann sich mit der Zeit normal bewegen. In der Zeit wo Bashir Melora Pazlar behandelt, kommen sich die beiden näher. Die beiden verabreden sich im [[Klingonisches Restaurant|klingonischen Restaurant]]. Später küssen sich die beiden in dem [[Quartier]] von Melora. Melora Pazlar entscheidet sich später die Behandlung abzubrechen, da sie so nicht mehr auf ihrer [[Heimatwelt]] leben kann. Kurz darauf verläßt verlässt Melora Pazlar wieder die Station. ({{DS9|Das Melora-Problem}})

Um sich mit O'Brien besser anzufreunden lädt Bashir ihn zu einem Racquetballmatch ein. O'Brien nimmt an, aber verliert gegen den überlegenen Bashir. O'Brien fühlt sich in seiner [[Ehre]] verletzt und fordert Bashir einige weitere Male heraus. Obwohl O'Brien weiterhin verliert versucht er weiter gegen den Arzt zu spielen. Bashir macht sich inzwischen Sorgen um den Chief, da er nicht mehr der jüngste ist. Um O'Brien nicht zu überfordern gelingt es Bashir mit einigen Tricks die Spiele vorzeitig abzubrechen. Zu der Zeit befindet sich der [[El-Aurianer]] [[Martus Mazur]] an Bord der Station. Dieser besitz ein außerirdischen [[Glücksspiel]]gerät. Zu der Zeit weiß niemand, dass seine Spielgeräte das Glück jeder Person auf der Station beeinflusst. Mazur eröffnet ein eigenes Lokal und beginnt einen direkter Konkurenz mit Quark. Um sein Geschäft wieder aufzuleben läßt lässt Quark ein Racquetballmatch zwischen Bashir und O'Brien veranstalten. Quark nimmt die Wetteinsätze auf den Sieger entgegen, um aber selbst zu gewinnen versucht Quark Bashir mit einem Trank außer Gefecht zu setzen. Bashir durschaut aber Quark und Spiel zwischen O'Brien und Bashir findet ohne Quarks manipulation statt. Obwohl Bashir wieder überlegen ist, scheint Bashir in diesem Spiel nur Pech zu haben, während O'Brien jeden Ball trifft. Anhand dieses Spiels finden die Führungsoffiziere heraus, dass die Glücksspielgeräte von Mazur für den ganzen Zustand verantwortlich ist. ({{DS9|Rivalen}})

Während des bajoranischen [[Dankbarkeitsfest]] beginnen sich einige Personen seltsam auf der Station zu benehmen. Die betroffenen Personen beginnen sich ineinander verlieben. Sisko bemerkt dieses Verhalten, als Jadzia Dax ihre Gefühle ihm offenbart. Sisko wundert sich über ihr seltsames Verhalten und bringt sie zu Bashir. Der kann aber nichts an ihr nichts finden und entläßt entlässt sie aus der Krankenstation. Später benehmen sich immer mehr Personen seltsam und Bashir will weitere Untersuchungen durchführen. Kira begleitet ihn. Auf der Krankenstation fangen beide an sich sich innig zu küssen. Die beiden kommen nicht mehr voneinander los. Selbst als Sisko die beiden zu sich ruft küssen die beiden sich innig weiter. Sisko bemerkt schließlich, dass die [[betazoid]]ische Botschafterin [[Lwaxana Troi]] für dieses seltsame Verhalten verantwortlich ist. Troi leidet unter dem [[Zanthi-Fieber]], durch diese Krankheit übertragen sich ihre Gefühle auf andere Personen. Nach ein paar Tagen sind alle wieder genesen und Verhalten sich wieder normal. ({{DS9|Das Festival}})

Anfang [[2372]] wird Bashir zum vollen Lieutenant befördet. Nach dem Ereignis mit dem Gründer auf der ''Defiant'' werden Übungen auf Deep Space Nine durchgeführt um getarnte Gründer aufzuspühren. Alle Führungsoffiziere nehmen an dieser Übung teil. Odo stellt den Gründer da und ihm gelingt es die Offiziere mehrmals auszutricksen. Bashir läuft sogar in eine Falle von Odo und die Übung wird darauf beendet. Plötzlich erscheint eine klingonische Flotte bei Deep Space Nine welche von [[General]] [[Martok]] angeführt wird. Die Klingonen kommen darauf zu Besuch auf die Station. O'Brien und Bashir befinden sich zu der Zeit im Quarks. Quark ist der erste der bemerkt, dass etwas nicht stimmt. Für Klingonen ist es zu ruhig in der Bar. Er teilt dies den beiden mit, aber O'Brien und Bashir machen sich zu anfang nichts daraus. Später wird Garak von den Klingonen angegriffen und Bashir muß diesen behandeln. Aufgrund des seltsamen Verhaltens fordert Captain Sisko darauf [[Lieutenant Commander]] [[Worf]] an. Worf findet heraus, dass die Klingonen einen Angriff gegen die Cardassianer planen. Die Föderation stellt sich aber gegen diesen Angriff, darauf kündigen die Klingonen das [[Khitomer-Abkommen]] und die Klingonen beginnen mit der Invasion. Sisko läßt lässt die Cardassianer über Garak warnen. ({{DS9|Der Weg des Kriegers, Teil I}})

Wenige Wochen später führen Bashir und O'Brien einige Biountersuchungen auf [[Merik III]] im Gamma-Quadrant durch. Auf den Rückflug nach Deep Space Nine erhält ihr Schiff einen Notruf und die beiden Offiziere gehen diesen nach. Als sie auf dem Planeten landen, von dem der Notruf stammt, werden die beiden von den Jem'Hadar gefangen genommen. Als ihr Anführer [[Goran'Agar]] heraus findet, dass Bashir ein Arzt ist läßt lässt er Bashir und O'Brien am Leben. Goran'Agar bittet Bashir ihn bei Forschung zu Helfen. Bashir soll den Jem'Hadar bei der Befreihung vom [[Ketracel-White]] helfen. Bei der zusammenarbeit mit Goran'Agar bemerkt Bashir, dass dieser kein normaler Jem'Hadar ist und Bashir ist bereit ihm zuhelfen. Aber O'Brien sieht in Goran'Agar nur einen normalen Jem'Hadar und er versucht zu fliehen. Als die Jem'Hadar O'Brien einfangen, verschont Goran'Agar ihn. Die anderen Jem'Hadar sehen nun auch in Goran'Agar schwäche und bedrohen nun auch ihn. Bashir, O'Brien können mit Hilfe von Goran'Agar zu ihrem Schiff fliehen. Aber Goran'Agar bleibt bei seinen Männern auf den Planeten zurück. ({{DS9|Der Hippokratische Eid}})

Kurz darauf verläßt verlässt Nog Deep Space Nine um auf die Sternenflottenakademie zu gehen. Zum Abschied verkauft Nog all seine Sachen. Jadzia Dax kauft Nog ein erotisches Holosuite Programm ab und schenkt dieses Julian Bashir. Später schenken O'Brien und Bashir Nog zum Abschied einen Reiseführer über die Erde. ({{DS9|Kleine, grüne Männchen}})

Einige Zeit später befindet sich die ''Defiant'' im Gamma-Quadrant um mit den Karemma zu verhandeln. Plötzlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen. Sisko läßt lässt das Schiff in einem [[Gasriese]]n fliegen um dem Dominion zu entkommen. Bei den Kämpfen wird die ''Defiant'' schwer beschädigt. Als sich ein Riss in der Hülle bildet muß die Krankenstation evakuiert werden. Als Bashir die evakuierung leitet kommt es zu einer Explosion und Dax wird verletzt. Bashir kann Dax noch rechtzeitig in eine Jefferies-Röhre bringen, bevor das schützende [[Kraftfeld]] um die [[Schiffshülle]] nachläßtnachlässt. Die beiden sitzen in der Röhre fest, der [[Sauerstoff]] reicht nur für wenige Stunden und es wird immer kälter. Dax lehnt sich an Bashir an, damit die beiden sich gegenseitig wärmen. Für Bashir geht damit indrekt ein Wunsch in erfüllung, er hat sich immer gewünscht mit Dax in eine Notsituation zu kommen, bei der sie dann zusammen kommen. Worf gelingt es in der Zwischenzeit die Dominionschiffe zu vernichten. Ein paar Stunden später können Dax und Bashir gerettet zu werden. ({{DS9|Das Wagnis}})

Nachdem die Gründer einen Anschlag auf der Erde verübt haben, ist Bashir in schlechter Stimmung. Er macht sich Sorgen um seine Bekannten, welche auf der Erde leben. Auf der Erde findet Captain Sisko heraus, dass Amiral [[Leyton]] einen [[Militärputsch (2372)|Militärputsch]] plant. Sisko beordert die ''Defiant'' zur Erde, welche Beweise für den Putch von Leyton hat. Leyton will das verhindern und läßt lässt die ''Defiant'' [[USS Lakota|USS ''Lakota'']] angreifen. Es gibt tote und Verletzte an Bord der ''Defiant'' und Bashir muß diese behandeln. Schließlich bricht die ''Lakota'' den Angriff auf die ''Defiant'' ab, als ihr Captain den Verrat von Leyton erkennt. Schließlich ist Leyton gezwungen zurück zutreten. ({{DS9|Die Front|Das verlorene Paradies}})

[[Melora Pazlar]] ist die erste [[Elaysianer]]in in der [[Sternenflotte]]. 2370 kommt sie an Bord nach Deep Space Nine. Da Pazlar von einem Planeten mit niedriger schwerkraft stammt, ist sie in einer normalen Umgebung auf einem Rollstuhl angewiesen. Bevor sie an Bord der Station kommt bereitet sich Bashir auf sie vor und studiert ihre Krankengeschichte. Als die beiden sich kennen lernen, ist Bashir begeistert von ihr, aber Melora Pazlar will keinen Hilfe von dem Arzt. Aber Bashir gelingt es ihr Vertrauen zu gewinnen. Mit Hilfe der [[Neuromuskuläre Anpassung]], welche von Doktor [[Nathaniel Teros]] entwickelt wurde, will Bashir Melora Pazlar von ihrem Rollstuhl zu befreihen. Die Behandlung verläuft gut und Pazlar kann ihre ersten Schritte in einer normaler Umgebung durchführen. Während der Behandlung verlieben sich beide ineinander. Als Pazlar bemerkt, dass sie durch diese Behandlung nie wieder auf ihre Heimatwelt zurück kann, bricht sie die Behandlung wieder ab. Später verläßt verlässt sie Deep Space Nine und Bashir und Pazlar trennen sich. ({{DS9|Das Melora-Problem}})

In einer [[Alternative Zeitlinie|Alternativen Zeitlinie]] wird Captain Sisko durch einen Unfall in den [[Subraum]] gezogen. 2373 taucht Sisko wieder auf und Bashir untersucht ihn darauf. Aber Bashir kann nicht verhindern, dass Sisko wieder in den Subraum gezogen wird. In der Zwischenzeit verschlechtert sich die Beziehung zwischen den Klingonen und der Föderation immer mehr und schließlich verläßt verlässt die Sternenflotte Deep Space Nine. Jake Sisko versucht mehre male seinen Vater zurück zuholen, aber es gelingt ihm nicht. [[25. Jahrhundert|2422]] versuchen Jake Sisko, Jadzia Dax, Julian Bashir und Captain Nog Sisko aus dem Subraum zu befreihen. Bashir ist in dieser Zeit bereits zum Commander befördert worden. Auf der ''Defiant'' wird der Unfall, durch den Sisko in den Subraum gezogen worden ist nachzustellen. Aber auch dies misslingt Jake und ihm gelingt es nicht seinen Vater zu retten. Schließlich findet Jake heraus, dass sein Tod seinen Vater retten kann. Beim letzten Besuch von seinen Vater tötet sich Jake und Benjamin Sisko wird zu dem Moment des Unfalls zurück geschleudert. Sisko kann diesen Unfall verhindern und diese [[Zeitlinie]] wird aufgelöst. ({{DS9|Der Besuch}})