Einige Zeit später erscheint eine fremde Anomalie bei Deep Space Nine. Zu dieser Zeit hat Bashir wieder ein Date mit Dax. Bashir wird aber wieder von ihr abgewiesen. Als Bashir sich später in seinem Quartier befindet, erscheint Dax und will ihn [[Kuss|küssen]]. Bashir hält dies erst für einen Scherz, aber er gibt sich ihr hin. Die beiden werden wenige Augenblicke später auf die [[Operations Center|OPS]] gerufen. Dort befinden sich Phantasiegestalten darunter auch [[Rumpelstilzchen]] und [[Buck Bokai]]. Dax soll darauf die Anomalie analysieren, als plötzlich eine zweite Dax erscheint. Es stellt sich herraus, dass die eine Dax eine Phantasiegestalt von Bashir ist. Dax nimmt das aber Bashir nicht übel, schließlich ist sie auch mal ein junger Mann gewesen. Später stellt sich herraus, dass eine Fremde Spezies aus dem Gamma-Quarant in Form dieser Phantasiegestalten in Kontakt mit der Föderation getreten ist und das die Anomalie auch nur ein Produkt der Phantasie gewesen ist. ({{DS9|Macht der Phantasie}}) Als eine Delegation von [[Botschafter]]n der Föderation an Bord der Station kommen, hat Bashir die Aufgabe die Botschafter die Station zu zeigen. Bashir hat Probleme mit ihnen, da die Botschafter ihn nicht respektieren. Bashir bittet Sisko ihn von dieser Aufgabe abzuziehen, aber Sisko läßt das nicht zu. Durch eine Fehlfunktion kommt es zu einem [[Feuer]], welches Bashir und die Botschafter einschließt. Durch sein schnelles Handeln kann Bashir die Botschafter retten. Er wird darauf von den Botschaftern zum Dank für eine Auszeichnung vorgeschlagen. ({{DS9|Persönlichkeiten}}) [[Bild:Bashir_Botschafter_OPS.jpg|thumb|Dr. Bashir mit Botschaftern auf der OPS.]] Nach diesen Ereignissen werden die [[Führungsoffizier]]e von Deep Space Nine durch eine [[Telepathie|telepatische]] [[Matrix]] der [[Saltah'na]] infiziert. Es kommt durch den Einfluss der Matrix zu einem Machtkampf zwischen Kira und Sisko auf der Station. Die Offiziere stellen sich entweder auf die Seite von Sisko oder Kira. Obwohl auch Bashir infiziert ist, verhält sich dieser in diesem Konflikt neutral. Auch Odo bemerkt diese Vorgänge und berichtet dieses Bashir. Bashir beginnt nach einem Heilmittel zu suchen. Er findet schließlich nach langer Forschung ein Gegenmittel. Odo lockt darauf die infizierten Offiziere in die [[Andockschleuse|Andockschleuse 4]]. Dort aktiviert Odo Bashirs Programm, welches die fremde Matrix bekämpft. Die Offiziere werden von der Matrix befreiht und Odo läßt diese Matrix in den [[Weltraum]] entweichen. ({{DS9|Meuterei}}) Gegen Ende des Jahres behandelt Bashir den Cardassianer [[Aamin Marritza]] gegen die Synthome des [[Kalla-Nohra-Syndrom]]. Marritza gibt sich zu dieser Zeit als [[Gul]] [[Darhe'el]] aus, um eine Strafe für die Greultaten, welche die Cardassianer den Bajoranern angetan haben, zu verbüßen. Aber auch durch Bashirs Nachforschungen stellt sich herraus, dass Marritza nicht der Verbrecher Darhe'el ist und Marritza wird freigesprochen. ({{DS9|Der undurchschaubare Marritza}})  Ende des Jahres kommt es durch [[Vedek]] [[Winn Adami]] zu einem Konflikt zwischen der Föderation und den Bajoranern auf der Station. Zu dieser Zeit wird [[Fähnrich]] [[Aquino]] von der Bajoranerin [[Neela]] getötet. Bashir untersucht die Überreste von Aquino. Kurz darauf kann Sisko mit Hilfe von Vedek [[Bareil Antos]] diesen Konflikt beilegen. ({{DS9|Blasphemie}})